This had been discussed and decided on IRC.
Rationale:
  Therefore the space is recommended in the SI/ISO 31-0 standard, and the
  International Bureau of Weights and Measures states that "for numbers with
  many digits the digits may be divided into groups of three by a thin space, in
  order to facilitate reading. Neither dots nor commas are inserted in the
  spaces between groups of three".
(http://en.wikipedia.org/wiki/Decimal_separator#Digit_grouping)
          (integer :tag "Number of characters")
          (float :tag "Fraction of window")))
 
-(defcustom notmuch-hello-thousands-separator ","
+(defcustom notmuch-hello-thousands-separator " "
   "The string used as a thousands separator.
 
-Typically \",\" in the US and UK and \".\" in Europe."
+Typically \",\" in the US and UK and \".\" or \" \" in Europe.
+The latter is recommended in the SI/ISO 31-0 standard and by the
+International Bureau of Weights and Measures."
   :group 'notmuch
   :type 'string)