g_ptr_array_free (tags, TRUE);
     }
 
-    prompt ("Synchronize maildir flags with notmuch tags? %s: ",
-           notmuch_config_get_maildir_synchronize_flags (config) == TRUE ? "[yes]/no" : "[no]/yes");
-    if (strlen (response) > 0) {
-       if (strcasecmp (response, "yes") == 0||
-           strcasecmp (response, "y") == 0)
-           notmuch_config_set_maildir_synchronize_flags (config, TRUE);
-       else
-           notmuch_config_set_maildir_synchronize_flags (config, FALSE);
-    }
-
     if (! notmuch_config_save (config)) {
        if (is_new)
          welcome_message_post_setup ();