]> git.notmuchmail.org Git - notmuch/blobdiff - notmuch-new.c
new: Print final fatal error message to stderr
[notmuch] / notmuch-new.c
index 6df4ad9f3dee001c21fa0fea5a091cb53a9bf8e7..bf9b120949b6697650a681eb5c566b0e97bbfccb 100644 (file)
 
 #include <unistd.h>
 
+typedef struct _filename_node {
+    char *filename;
+    time_t mtime;
+    struct _filename_node *next;
+} _filename_node_t;
+
+typedef struct _filename_list {
+    unsigned count;
+    _filename_node_t *head;
+    _filename_node_t **tail;
+} _filename_list_t;
+
 typedef struct {
     int output_is_a_tty;
     int verbose;
+    const char **new_tags;
+    size_t new_tags_length;
+    const char **new_ignore;
+    size_t new_ignore_length;
 
     int total_files;
     int processed_files;
-    int added_messages;
+    int added_messages, removed_messages, renamed_messages;
     struct timeval tv_start;
+
+    _filename_list_t *removed_files;
+    _filename_list_t *removed_directories;
+    _filename_list_t *directory_mtimes;
+
+    notmuch_bool_t synchronize_flags;
 } add_files_state_t;
 
-static volatile sig_atomic_t do_add_files_print_progress = 0;
+static volatile sig_atomic_t do_print_progress = 0;
 
 static void
 handle_sigalrm (unused (int signal))
 {
-    do_add_files_print_progress = 1;
+    do_print_progress = 1;
 }
 
 static volatile sig_atomic_t interrupted;
@@ -45,53 +67,93 @@ static volatile sig_atomic_t interrupted;
 static void
 handle_sigint (unused (int sig))
 {
-    ssize_t ignored;
     static char msg[] = "Stopping...         \n";
 
-    ignored = write(2, msg, sizeof(msg)-1);
+    /* This write is "opportunistic", so it's okay to ignore the
+     * result.  It is not required for correctness, and if it does
+     * fail or produce a short write, we want to get out of the signal
+     * handler as quickly as possible, not retry it. */
+    IGNORE_RESULT (write (2, msg, sizeof(msg)-1));
     interrupted = 1;
 }
 
-static void
-tag_inbox_and_unread (notmuch_message_t *message)
+static _filename_list_t *
+_filename_list_create (const void *ctx)
+{
+    _filename_list_t *list;
+
+    list = talloc (ctx, _filename_list_t);
+    if (list == NULL)
+       return NULL;
+
+    list->head = NULL;
+    list->tail = &list->head;
+    list->count = 0;
+
+    return list;
+}
+
+static _filename_node_t *
+_filename_list_add (_filename_list_t *list,
+                   const char *filename)
 {
-    notmuch_message_add_tag (message, "inbox");
-    notmuch_message_add_tag (message, "unread");
+    _filename_node_t *node = talloc (list, _filename_node_t);
+
+    list->count++;
+
+    node->filename = talloc_strdup (list, filename);
+    node->next = NULL;
+
+    *(list->tail) = node;
+    list->tail = &node->next;
+
+    return node;
 }
 
 static void
-add_files_print_progress (add_files_state_t *state)
+generic_print_progress (const char *action, const char *object,
+                       struct timeval tv_start, unsigned processed, unsigned total)
 {
     struct timeval tv_now;
     double elapsed_overall, rate_overall;
 
     gettimeofday (&tv_now, NULL);
 
-    elapsed_overall = notmuch_time_elapsed (state->tv_start, tv_now);
-    rate_overall = (state->processed_files) / elapsed_overall;
+    elapsed_overall = notmuch_time_elapsed (tv_start, tv_now);
+    rate_overall = processed / elapsed_overall;
 
-    printf ("Processed %d", state->processed_files);
+    printf ("%s %d ", action, processed);
 
-    if (state->total_files) {
-       double time_remaining;
-
-       time_remaining = ((state->total_files - state->processed_files) /
-                         rate_overall);
-       printf (" of %d files (", state->total_files);
-       notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
-       printf (" remaining).      \r");
+    if (total) {
+       printf ("of %d %s", total, object);
+       if (processed > 0 && elapsed_overall > 0.5) {
+           double time_remaining = ((total - processed) / rate_overall);
+           printf (" (");
+           notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
+           printf (" remaining)");
+       }
     } else {
-       printf (" files (%d files/sec.)    \r", (int) rate_overall);
+       printf ("%s", object);
+       if (elapsed_overall > 0.5)
+           printf (" (%d %s/sec.)", (int) rate_overall, object);
     }
+    printf (".\033[K\r");
 
     fflush (stdout);
 }
 
-static int ino_cmp(const struct dirent **a, const struct dirent **b)
+static int
+dirent_sort_inode (const struct dirent **a, const struct dirent **b)
 {
     return ((*a)->d_ino < (*b)->d_ino) ? -1 : 1;
 }
 
+static int
+dirent_sort_strcmp_name (const struct dirent **a, const struct dirent **b)
+{
+    return strcmp ((*a)->d_name, (*b)->d_name);
+}
+
 /* Test if the directory looks like a Maildir directory.
  *
  * Search through the array of directory entries to see if we can find all
@@ -100,12 +162,14 @@ static int ino_cmp(const struct dirent **a, const struct dirent **b)
  * Return 1 if the directory looks like a Maildir and 0 otherwise.
  */
 static int
-is_maildir (struct dirent **entries, int count)
+_entries_resemble_maildir (struct dirent **entries, int count)
 {
     int i, found = 0;
 
     for (i = 0; i < count; i++) {
-       if (entries[i]->d_type != DT_DIR) continue;
+       if (entries[i]->d_type != DT_DIR && entries[i]->d_type != DT_UNKNOWN)
+           continue;
+
        if (strcmp(entries[i]->d_name, "new") == 0 ||
            strcmp(entries[i]->d_name, "cur") == 0 ||
            strcmp(entries[i]->d_name, "tmp") == 0)
@@ -119,30 +183,64 @@ is_maildir (struct dirent **entries, int count)
     return 0;
 }
 
+/* Test if the file/directory is to be ignored.
+ */
+static notmuch_bool_t
+_entry_in_ignore_list (const char *entry, add_files_state_t *state)
+{
+    size_t i;
+
+    for (i = 0; i < state->new_ignore_length; i++)
+       if (strcmp (entry, state->new_ignore[i]) == 0)
+           return TRUE;
+
+    return FALSE;
+}
+
 /* Examine 'path' recursively as follows:
  *
  *   o Ask the filesystem for the mtime of 'path' (fs_mtime)
- *
  *   o Ask the database for its timestamp of 'path' (db_mtime)
  *
- *   o If 'fs_mtime' > 'db_mtime'
+ *   o Ask the filesystem for files and directories within 'path'
+ *     (via scandir and stored in fs_entries)
  *
- *       o For each regular file in 'path' with mtime newer than the
- *         'db_mtime' call add_message to add the file to the
- *         database.
+ *   o Pass 1: For each directory in fs_entries, recursively call into
+ *     this same function.
  *
- *   o For each sub-directory of path, recursively call into this
- *     same function.
+ *   o Compare fs_mtime to db_mtime. If they are equivalent, terminate
+ *     the algorithm at this point, (this directory has not been
+ *     updated in the filesystem since the last database scan of PASS
+ *     2).
  *
- *   o Tell the database to update its time of 'path' to 'fs_mtime'
+ *   o Ask the database for files and directories within 'path'
+ *     (db_files and db_subdirs)
+ *
+ *   o Pass 2: Walk fs_entries simultaneously with db_files and
+ *     db_subdirs. Look for one of three interesting cases:
+ *
+ *        1. Regular file in fs_entries and not in db_files
+ *            This is a new file to add_message into the database.
+ *
+ *         2. Filename in db_files not in fs_entries.
+ *            This is a file that has been removed from the mail store.
  *
- * The 'struct stat *st' must point to a structure that has already
- * been initialized for 'path' by calling stat().
+ *         3. Directory in db_subdirs not in fs_entries
+ *            This is a directory that has been removed from the mail store.
+ *
+ *     Note that the addition of a directory is not interesting here,
+ *     since that will have been taken care of in pass 1. Also, we
+ *     don't immediately act on file/directory removal since we must
+ *     ensure that in the case of a rename that the new filename is
+ *     added before the old filename is removed, (so that no
+ *     information is lost from the database).
+ *
+ *   o Tell the database to update its time of 'path' to 'fs_mtime'
+ *     if fs_mtime isn't the current wall-clock time.
  */
 static notmuch_status_t
 add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
                     const char *path,
-                    struct stat *st,
                     add_files_state_t *state)
 {
     DIR *dir = NULL;
@@ -151,177 +249,409 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
     time_t fs_mtime, db_mtime;
     notmuch_status_t status, ret = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
     notmuch_message_t *message = NULL;
-    struct dirent **namelist = NULL;
-    int num_entries;
+    struct dirent **fs_entries = NULL;
+    int i, num_fs_entries;
     notmuch_directory_t *directory;
+    notmuch_filenames_t *db_files = NULL;
+    notmuch_filenames_t *db_subdirs = NULL;
+    time_t stat_time;
+    struct stat st;
+    notmuch_bool_t is_maildir, new_directory;
+    const char **tag;
+
+    if (stat (path, &st)) {
+       fprintf (stderr, "Error reading directory %s: %s\n",
+                path, strerror (errno));
+       return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
+    }
+    stat_time = time (NULL);
+
+    /* This is not an error since we may have recursed based on a
+     * symlink to a regular file, not a directory, and we don't know
+     * that until this stat. */
+    if (! S_ISDIR (st.st_mode))
+       return NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
 
-    fs_mtime = st->st_mtime;
+    fs_mtime = st.st_mtime;
 
     directory = notmuch_database_get_directory (notmuch, path);
     db_mtime = notmuch_directory_get_mtime (directory);
 
-    num_entries = scandir (path, &namelist, 0, ino_cmp);
-
-    if (num_entries == -1) {
+    new_directory = db_mtime ? FALSE : TRUE;
+
+    /* XXX This is a temporary workaround.  If we don't update the
+     * database mtime until after processing messages in this
+     * directory, then a 0 mtime is *not* sufficient to indicate that
+     * this directory has no messages or subdirs in the database (for
+     * example, if an earlier run skipped the mtime update because
+     * fs_mtime == stat_time, or was interrupted before updating the
+     * mtime at the end).  To address this, we record a (bogus)
+     * non-zero value before processing any child messages so that a
+     * later run won't mistake this for a new directory (and, for
+     * example, fail to detect removed files and subdirs).
+     *
+     * A better solution would be for notmuch_database_get_directory
+     * to indicate if it really created a new directory or not, either
+     * by a new out-argument, or by recording this information and
+     * providing an accessor.
+     */
+    if (new_directory)
+       notmuch_directory_set_mtime (directory, -1);
+
+    /* If the database knows about this directory, then we sort based
+     * on strcmp to match the database sorting. Otherwise, we can do
+     * inode-based sorting for faster filesystem operation. */
+    num_fs_entries = scandir (path, &fs_entries, 0,
+                             new_directory ?
+                             dirent_sort_inode : dirent_sort_strcmp_name);
+
+    if (num_fs_entries == -1) {
        fprintf (stderr, "Error opening directory %s: %s\n",
                 path, strerror (errno));
+       /* We consider this a fatal error because, if a user moved a
+        * message from another directory that we were able to scan
+        * into this directory, skipping this directory will cause
+        * that message to be lost. */
        ret = NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
        goto DONE;
     }
 
-    int i=0;
+    /* Pass 1: Recurse into all sub-directories. */
+    is_maildir = _entries_resemble_maildir (fs_entries, num_fs_entries);
 
-    while (!interrupted) {
-       if (i == num_entries)
+    for (i = 0; i < num_fs_entries; i++) {
+       if (interrupted)
            break;
 
-        entry= namelist[i++];
-
-       /* If this directory hasn't been modified since the last
-        * add_files, then we only need to look further for
-        * sub-directories. */
-       if (fs_mtime <= db_mtime && entry->d_type == DT_REG)
+       entry = fs_entries[i];
+
+       /* We only want to descend into directories.
+        * But symlinks can be to directories too, of course.
+        *
+        * And if the filesystem doesn't tell us the file type in the
+        * scandir results, then it might be a directory (and if not,
+        * then we'll stat and return immediately in the next level of
+        * recursion). */
+       if (entry->d_type != DT_DIR &&
+           entry->d_type != DT_LNK &&
+           entry->d_type != DT_UNKNOWN)
+       {
            continue;
+       }
 
        /* Ignore special directories to avoid infinite recursion.
-        * Also ignore the .notmuch directory.
+        * Also ignore the .notmuch directory, any "tmp" directory
+        * that appears within a maildir and files/directories
+        * the user has configured to be ignored.
         */
-       /* XXX: Eventually we'll want more sophistication to let the
-        * user specify files to be ignored. */
        if (strcmp (entry->d_name, ".") == 0 ||
            strcmp (entry->d_name, "..") == 0 ||
-           (entry->d_type == DT_DIR &&
-            (strcmp (entry->d_name, "tmp") == 0) &&
-            is_maildir (namelist, num_entries)) ||
-           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") ==0)
+           (is_maildir && strcmp (entry->d_name, "tmp") == 0) ||
+           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0 ||
+           _entry_in_ignore_list (entry->d_name, state))
        {
            continue;
        }
 
        next = talloc_asprintf (notmuch, "%s/%s", path, entry->d_name);
+       status = add_files_recursive (notmuch, next, state);
+       if (status) {
+           ret = status;
+           goto DONE;
+       }
+       talloc_free (next);
+       next = NULL;
+    }
 
-       if (stat (next, st)) {
-           int err = errno;
+    /* If the directory's modification time in the filesystem is the
+     * same as what we recorded in the database the last time we
+     * scanned it, then we can skip the second pass entirely.
+     *
+     * We test for strict equality here to avoid a bug that can happen
+     * if the system clock jumps backward, (preventing new mail from
+     * being discovered until the clock catches up and the directory
+     * is modified again).
+     */
+    if (fs_mtime == db_mtime)
+       goto DONE;
 
-           switch (err) {
-           case ENOENT:
-               /* The file was removed between scandir and now... */
-           case EPERM:
-           case EACCES:
-               /* We can't read this file so don't add it to the cache. */
-               continue;
+    /* new_directory means a directory that the database has never
+     * seen before. In that case, we can simply leave db_files and
+     * db_subdirs NULL. */
+    if (!new_directory) {
+       db_files = notmuch_directory_get_child_files (directory);
+       db_subdirs = notmuch_directory_get_child_directories (directory);
+    }
+
+    /* Pass 2: Scan for new files, removed files, and removed directories. */
+    for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
+    {
+       if (interrupted)
+           break;
+
+        entry = fs_entries[i];
+
+       /* Ignore files & directories user has configured to be ignored */
+       if (_entry_in_ignore_list (entry->d_name, state))
+           continue;
+
+       /* Check if we've walked past any names in db_files or
+        * db_subdirs. If so, these have been deleted. */
+       while (notmuch_filenames_valid (db_files) &&
+              strcmp (notmuch_filenames_get (db_files), entry->d_name) < 0)
+       {
+           char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_files,
+                                             "%s/%s", path,
+                                             notmuch_filenames_get (db_files));
+
+           _filename_list_add (state->removed_files, absolute);
+
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
+       }
+
+       while (notmuch_filenames_valid (db_subdirs) &&
+              strcmp (notmuch_filenames_get (db_subdirs), entry->d_name) <= 0)
+       {
+           const char *filename = notmuch_filenames_get (db_subdirs);
+
+           if (strcmp (filename, entry->d_name) < 0)
+           {
+               char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_directories,
+                                                 "%s/%s", path, filename);
+
+               _filename_list_add (state->removed_directories, absolute);
            }
 
-           fprintf (stderr, "Error reading %s: %s\n",
-                    next, strerror (errno));
-           ret = NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_subdirs);
+       }
+
+       /* If we're looking at a symlink, we only want to add it if it
+        * links to a regular file, (and not to a directory, say).
+        *
+        * Similarly, if the file is of unknown type (due to filesystem
+        * limitations), then we also need to look closer.
+        *
+        * In either case, a stat does the trick.
+        */
+       if (entry->d_type == DT_LNK || entry->d_type == DT_UNKNOWN) {
+           int err;
+
+           next = talloc_asprintf (notmuch, "%s/%s", path, entry->d_name);
+           err = stat (next, &st);
+           talloc_free (next);
+           next = NULL;
+
+           /* Don't emit an error for a link pointing nowhere, since
+            * the directory-traversal pass will have already done
+            * that. */
+           if (err)
+               continue;
+
+           if (! S_ISREG (st.st_mode))
+               continue;
+       } else if (entry->d_type != DT_REG) {
+           continue;
+       }
+
+       /* Don't add a file that we've added before. */
+       if (notmuch_filenames_valid (db_files) &&
+           strcmp (notmuch_filenames_get (db_files), entry->d_name) == 0)
+       {
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
+           continue;
+       }
+
+       /* We're now looking at a regular file that doesn't yet exist
+        * in the database, so add it. */
+       next = talloc_asprintf (notmuch, "%s/%s", path, entry->d_name);
+
+       state->processed_files++;
+
+       if (state->verbose) {
+           if (state->output_is_a_tty)
+               printf("\r\033[K");
+
+           printf ("%i/%i: %s",
+                   state->processed_files,
+                   state->total_files,
+                   next);
+
+           putchar((state->output_is_a_tty) ? '\r' : '\n');
+           fflush (stdout);
+       }
+
+       status = notmuch_database_begin_atomic (notmuch);
+       if (status) {
+           ret = status;
            goto DONE;
        }
 
-       if (S_ISREG (st->st_mode)) {
-           /* If the file hasn't been modified since the last
-            * add_files, then we need not look at it. */
-           if (db_mtime == 0 || st->st_mtime > db_mtime) {
-               state->processed_files++;
-
-               if (state->verbose) {
-                   if (state->output_is_a_tty)
-                       printf("\r\033[K");
-
-                   printf ("%i/%i: %s",
-                           state->processed_files,
-                           state->total_files,
-                           next);
-
-                   putchar((state->output_is_a_tty) ? '\r' : '\n');
-                   fflush (stdout);
-               }
-
-               status = notmuch_database_add_message (notmuch, next, &message);
-               switch (status) {
-                   /* success */
-                   case NOTMUCH_STATUS_SUCCESS:
-                       state->added_messages++;
-                       tag_inbox_and_unread (message);
-                       break;
-                   /* Non-fatal issues (go on to next file) */
-                   case NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID:
-                       /* Stay silent on this one. */
-                       break;
-                   case NOTMUCH_STATUS_FILE_NOT_EMAIL:
-                       fprintf (stderr, "Note: Ignoring non-mail file: %s\n",
-                                next);
-                       break;
-                   /* Fatal issues. Don't process anymore. */
-                   case NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE:
-                   case NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION:
-                   case NOTMUCH_STATUS_OUT_OF_MEMORY:
-                       fprintf (stderr, "Error: %s. Halting processing.\n",
-                                notmuch_status_to_string (status));
-                       ret = status;
-                       goto DONE;
-                   default:
-                   case NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR:
-                   case NOTMUCH_STATUS_NULL_POINTER:
-                   case NOTMUCH_STATUS_TAG_TOO_LONG:
-                   case NOTMUCH_STATUS_UNBALANCED_FREEZE_THAW:
-                   case NOTMUCH_STATUS_LAST_STATUS:
-                       INTERNAL_ERROR ("add_message returned unexpected value: %d",  status);
-                       goto DONE;
-               }
-
-               if (message) {
-                   notmuch_message_destroy (message);
-                   message = NULL;
-               }
-
-               if (do_add_files_print_progress) {
-                   do_add_files_print_progress = 0;
-                   add_files_print_progress (state);
-               }
-           }
-       } else if (S_ISDIR (st->st_mode)) {
-           status = add_files_recursive (notmuch, next, st, state);
-           if (status && ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS)
-               ret = status;
+       status = notmuch_database_add_message (notmuch, next, &message);
+       switch (status) {
+       /* success */
+       case NOTMUCH_STATUS_SUCCESS:
+           state->added_messages++;
+           notmuch_message_freeze (message);
+           for (tag=state->new_tags; *tag != NULL; tag++)
+               notmuch_message_add_tag (message, *tag);
+           if (state->synchronize_flags == TRUE)
+               notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
+           notmuch_message_thaw (message);
+           break;
+       /* Non-fatal issues (go on to next file) */
+       case NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID:
+           if (state->synchronize_flags == TRUE)
+               notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
+           break;
+       case NOTMUCH_STATUS_FILE_NOT_EMAIL:
+           fprintf (stderr, "Note: Ignoring non-mail file: %s\n",
+                    next);
+           break;
+       /* Fatal issues. Don't process anymore. */
+       case NOTMUCH_STATUS_READ_ONLY_DATABASE:
+       case NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION:
+       case NOTMUCH_STATUS_OUT_OF_MEMORY:
+           fprintf (stderr, "Error: %s. Halting processing.\n",
+                    notmuch_status_to_string (status));
+           ret = status;
+           goto DONE;
+       default:
+       case NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR:
+       case NOTMUCH_STATUS_NULL_POINTER:
+       case NOTMUCH_STATUS_TAG_TOO_LONG:
+       case NOTMUCH_STATUS_UNBALANCED_FREEZE_THAW:
+       case NOTMUCH_STATUS_UNBALANCED_ATOMIC:
+       case NOTMUCH_STATUS_LAST_STATUS:
+           INTERNAL_ERROR ("add_message returned unexpected value: %d",  status);
+           goto DONE;
+       }
+
+       status = notmuch_database_end_atomic (notmuch);
+       if (status) {
+           ret = status;
+           goto DONE;
+       }
+
+       if (message) {
+           notmuch_message_destroy (message);
+           message = NULL;
+       }
+
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Processed", "files", state->tv_start,
+                                   state->processed_files, state->total_files);
        }
 
        talloc_free (next);
        next = NULL;
     }
 
-    if (! interrupted) {
-       status = notmuch_directory_set_mtime (directory, fs_mtime);
-       if (status && ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS)
-           ret = status;
+    if (interrupted)
+       goto DONE;
+
+    /* Now that we've walked the whole filesystem list, anything left
+     * over in the database lists has been deleted. */
+    while (notmuch_filenames_valid (db_files))
+    {
+       char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_files,
+                                         "%s/%s", path,
+                                         notmuch_filenames_get (db_files));
+
+       _filename_list_add (state->removed_files, absolute);
+
+       notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
+    }
+
+    while (notmuch_filenames_valid (db_subdirs))
+    {
+       char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_directories,
+                                         "%s/%s", path,
+                                         notmuch_filenames_get (db_subdirs));
+
+       _filename_list_add (state->removed_directories, absolute);
+
+       notmuch_filenames_move_to_next (db_subdirs);
     }
 
+    /* If the directory's mtime is the same as the wall-clock time
+     * when we stat'ed the directory, we skip updating the mtime in
+     * the database because a message could be delivered later in this
+     * same second.  This may lead to unnecessary re-scans, but it
+     * avoids overlooking messages. */
+    if (fs_mtime != stat_time)
+       _filename_list_add (state->directory_mtimes, path)->mtime = fs_mtime;
+
   DONE:
     if (next)
        talloc_free (next);
-    if (entry)
-       free (entry);
     if (dir)
        closedir (dir);
-    if (namelist)
-       free (namelist);
+    if (fs_entries) {
+       for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
+           free (fs_entries[i]);
+
+       free (fs_entries);
+    }
+    if (db_subdirs)
+       notmuch_filenames_destroy (db_subdirs);
+    if (db_files)
+       notmuch_filenames_destroy (db_files);
+    if (directory)
+       notmuch_directory_destroy (directory);
 
     return ret;
 }
 
+static void
+setup_progress_printing_timer (void)
+{
+    struct sigaction action;
+    struct itimerval timerval;
+
+    /* Setup our handler for SIGALRM */
+    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
+    action.sa_handler = handle_sigalrm;
+    sigemptyset (&action.sa_mask);
+    action.sa_flags = SA_RESTART;
+    sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
+
+    /* Then start a timer to send SIGALRM once per second. */
+    timerval.it_interval.tv_sec = 1;
+    timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+    timerval.it_value.tv_sec = 1;
+    timerval.it_value.tv_usec = 0;
+    setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+}
+
+static void
+stop_progress_printing_timer (void)
+{
+    struct sigaction action;
+    struct itimerval timerval;
+
+    /* Now stop the timer. */
+    timerval.it_interval.tv_sec = 0;
+    timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+    timerval.it_value.tv_sec = 0;
+    timerval.it_value.tv_usec = 0;
+    setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+
+    /* And disable the signal handler. */
+    action.sa_handler = SIG_IGN;
+    sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
+}
+
+
 /* This is the top-level entry point for add_files. It does a couple
- * of error checks, sets up the progress-printing timer and then calls
- * into the recursive function. */
+ * of error checks and then calls into the recursive function. */
 static notmuch_status_t
 add_files (notmuch_database_t *notmuch,
           const char *path,
           add_files_state_t *state)
 {
-    struct stat st;
     notmuch_status_t status;
-    struct sigaction action;
-    struct itimerval timerval;
-    notmuch_bool_t timer_is_active = FALSE;
+    struct stat st;
 
     if (stat (path, &st)) {
        fprintf (stderr, "Error reading directory %s: %s\n",
@@ -334,38 +664,7 @@ add_files (notmuch_database_t *notmuch,
        return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
     }
 
-    if (state->output_is_a_tty && ! debugger_is_active () && ! state->verbose) {
-       /* Setup our handler for SIGALRM */
-       memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
-       action.sa_handler = handle_sigalrm;
-       sigemptyset (&action.sa_mask);
-       action.sa_flags = SA_RESTART;
-       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
-
-       /* Then start a timer to send SIGALRM once per second. */
-       timerval.it_interval.tv_sec = 1;
-       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
-       timerval.it_value.tv_sec = 1;
-       timerval.it_value.tv_usec = 0;
-       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
-
-       timer_is_active = TRUE;
-    }
-
-    status = add_files_recursive (notmuch, path, &st, state);
-
-    if (timer_is_active) {
-       /* Now stop the timer. */
-       timerval.it_interval.tv_sec = 0;
-       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
-       timerval.it_value.tv_sec = 0;
-       timerval.it_value.tv_usec = 0;
-       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
-
-       /* And disable the signal handler. */
-       action.sa_handler = SIG_IGN;
-       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
-    }
+    status = add_files_recursive (notmuch, path, state);
 
     return status;
 }
@@ -377,35 +676,35 @@ add_files (notmuch_database_t *notmuch,
  * initialized to zero by the top-level caller before calling
  * count_files). */
 static void
-count_files (const char *path, int *count)
+count_files (const char *path, int *count, add_files_state_t *state)
 {
     struct dirent *entry = NULL;
     char *next;
     struct stat st;
-    struct dirent **namelist = NULL;
-    int n_entries = scandir (path, &namelist, 0, ino_cmp);
+    struct dirent **fs_entries = NULL;
+    int num_fs_entries = scandir (path, &fs_entries, 0, dirent_sort_inode);
     int i = 0;
 
-    if (n_entries == -1) {
+    if (num_fs_entries == -1) {
        fprintf (stderr, "Warning: failed to open directory %s: %s\n",
                 path, strerror (errno));
        goto DONE;
     }
 
     while (!interrupted) {
-        if (i == n_entries)
+        if (i == num_fs_entries)
            break;
 
-        entry= namelist[i++];
+        entry = fs_entries[i++];
 
        /* Ignore special directories to avoid infinite recursion.
-        * Also ignore the .notmuch directory.
+        * Also ignore the .notmuch directory and files/directories
+        * the user has configured to be ignored.
         */
-       /* XXX: Eventually we'll want more sophistication to let the
-        * user specify files to be ignored. */
        if (strcmp (entry->d_name, ".") == 0 ||
            strcmp (entry->d_name, "..") == 0 ||
-           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0)
+           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0 ||
+           _entry_in_ignore_list (entry->d_name, state))
        {
            continue;
        }
@@ -426,17 +725,117 @@ count_files (const char *path, int *count)
                fflush (stdout);
            }
        } else if (S_ISDIR (st.st_mode)) {
-           count_files (next, count);
+           count_files (next, count, state);
        }
 
        free (next);
     }
 
   DONE:
-    if (entry)
-       free (entry);
-    if (namelist)
-        free (namelist);
+    if (fs_entries) {
+       for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
+           free (fs_entries[i]);
+
+        free (fs_entries);
+    }
+}
+
+static void
+upgrade_print_progress (void *closure,
+                       double progress)
+{
+    add_files_state_t *state = closure;
+
+    printf ("Upgrading database: %.2f%% complete", progress * 100.0);
+
+    if (progress > 0) {
+       struct timeval tv_now;
+       double elapsed, time_remaining;
+
+       gettimeofday (&tv_now, NULL);
+
+       elapsed = notmuch_time_elapsed (state->tv_start, tv_now);
+       time_remaining = (elapsed / progress) * (1.0 - progress);
+       printf (" (");
+       notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
+       printf (" remaining)");
+    }
+
+    printf (".      \r");
+
+    fflush (stdout);
+}
+
+/* Remove one message filename from the database. */
+static notmuch_status_t
+remove_filename (notmuch_database_t *notmuch,
+                const char *path,
+                add_files_state_t *add_files_state)
+{
+    notmuch_status_t status;
+    notmuch_message_t *message;
+    status = notmuch_database_begin_atomic (notmuch);
+    if (status)
+       return status;
+    status = notmuch_database_find_message_by_filename (notmuch, path, &message);
+    if (status || message == NULL)
+       return status;
+    status = notmuch_database_remove_message (notmuch, path);
+    if (status == NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID) {
+       add_files_state->renamed_messages++;
+       if (add_files_state->synchronize_flags == TRUE)
+           notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
+       status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+    } else if (status == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS) {
+       add_files_state->removed_messages++;
+    }
+    notmuch_message_destroy (message);
+    notmuch_database_end_atomic (notmuch);
+    return status;
+}
+
+/* Recursively remove all filenames from the database referring to
+ * 'path' (or to any of its children). */
+static notmuch_status_t
+_remove_directory (void *ctx,
+                  notmuch_database_t *notmuch,
+                  const char *path,
+                  add_files_state_t *add_files_state)
+{
+    notmuch_status_t status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+    notmuch_directory_t *directory;
+    notmuch_filenames_t *files, *subdirs;
+    char *absolute;
+
+    directory = notmuch_database_get_directory (notmuch, path);
+
+    for (files = notmuch_directory_get_child_files (directory);
+        notmuch_filenames_valid (files);
+        notmuch_filenames_move_to_next (files))
+    {
+       absolute = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", path,
+                                   notmuch_filenames_get (files));
+       status = remove_filename (notmuch, absolute, add_files_state);
+       talloc_free (absolute);
+       if (status)
+           goto DONE;
+    }
+
+    for (subdirs = notmuch_directory_get_child_directories (directory);
+        notmuch_filenames_valid (subdirs);
+        notmuch_filenames_move_to_next (subdirs))
+    {
+       absolute = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", path,
+                                   notmuch_filenames_get (subdirs));
+       status = _remove_directory (ctx, notmuch, absolute, add_files_state);
+       talloc_free (absolute);
+       if (status)
+           goto DONE;
+    }
+
+  DONE:
+    notmuch_directory_destroy (directory);
+    return status;
 }
 
 int
@@ -446,46 +845,54 @@ notmuch_new_command (void *ctx, int argc, char *argv[])
     notmuch_database_t *notmuch;
     add_files_state_t add_files_state;
     double elapsed;
-    struct timeval tv_now;
+    struct timeval tv_now, tv_start;
     int ret = 0;
     struct stat st;
     const char *db_path;
     char *dot_notmuch_path;
     struct sigaction action;
+    _filename_node_t *f;
     int i;
+    notmuch_bool_t timer_is_active = FALSE;
+    notmuch_bool_t run_hooks = TRUE;
 
     add_files_state.verbose = 0;
     add_files_state.output_is_a_tty = isatty (fileno (stdout));
 
+    argc--; argv++; /* skip subcommand argument */
+
     for (i = 0; i < argc && argv[i][0] == '-'; i++) {
        if (STRNCMP_LITERAL (argv[i], "--verbose") == 0) {
            add_files_state.verbose = 1;
+       } else if (strcmp (argv[i], "--no-hooks") == 0) {
+           run_hooks = FALSE;
        } else {
            fprintf (stderr, "Unrecognized option: %s\n", argv[i]);
            return 1;
        }
     }
-
-    /* Setup our handler for SIGINT */
-    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
-    action.sa_handler = handle_sigint;
-    sigemptyset (&action.sa_mask);
-    action.sa_flags = SA_RESTART;
-    sigaction (SIGINT, &action, NULL);
-
     config = notmuch_config_open (ctx, NULL, NULL);
     if (config == NULL)
        return 1;
 
+    add_files_state.new_tags = notmuch_config_get_new_tags (config, &add_files_state.new_tags_length);
+    add_files_state.new_ignore = notmuch_config_get_new_ignore (config, &add_files_state.new_ignore_length);
+    add_files_state.synchronize_flags = notmuch_config_get_maildir_synchronize_flags (config);
     db_path = notmuch_config_get_database_path (config);
 
+    if (run_hooks) {
+       ret = notmuch_run_hook (db_path, "pre-new");
+       if (ret)
+           return ret;
+    }
+
     dot_notmuch_path = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", db_path, ".notmuch");
 
     if (stat (dot_notmuch_path, &st)) {
        int count;
 
        count = 0;
-       count_files (db_path, &count);
+       count_files (db_path, &count, &add_files_state);
        if (interrupted)
            return 1;
 
@@ -495,51 +902,146 @@ notmuch_new_command (void *ctx, int argc, char *argv[])
     } else {
        notmuch = notmuch_database_open (db_path,
                                         NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE);
+       if (notmuch == NULL)
+           return 1;
+
+       if (notmuch_database_needs_upgrade (notmuch)) {
+           printf ("Welcome to a new version of notmuch! Your database will now be upgraded.\n");
+           gettimeofday (&add_files_state.tv_start, NULL);
+           notmuch_database_upgrade (notmuch, upgrade_print_progress,
+                                     &add_files_state);
+           printf ("Your notmuch database has now been upgraded to database format version %u.\n",
+                   notmuch_database_get_version (notmuch));
+       }
+
        add_files_state.total_files = 0;
     }
 
     if (notmuch == NULL)
        return 1;
 
+    /* Setup our handler for SIGINT. We do this after having
+     * potentially done a database upgrade we this interrupt handler
+     * won't support. */
+    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
+    action.sa_handler = handle_sigint;
+    sigemptyset (&action.sa_mask);
+    action.sa_flags = SA_RESTART;
+    sigaction (SIGINT, &action, NULL);
+
     talloc_free (dot_notmuch_path);
     dot_notmuch_path = NULL;
 
     add_files_state.processed_files = 0;
     add_files_state.added_messages = 0;
+    add_files_state.removed_messages = add_files_state.renamed_messages = 0;
     gettimeofday (&add_files_state.tv_start, NULL);
 
+    add_files_state.removed_files = _filename_list_create (ctx);
+    add_files_state.removed_directories = _filename_list_create (ctx);
+    add_files_state.directory_mtimes = _filename_list_create (ctx);
+
+    if (! debugger_is_active () && add_files_state.output_is_a_tty
+       && ! add_files_state.verbose) {
+       setup_progress_printing_timer ();
+       timer_is_active = TRUE;
+    }
+
     ret = add_files (notmuch, db_path, &add_files_state);
+    if (ret)
+       goto DONE;
+
+    gettimeofday (&tv_start, NULL);
+    for (f = add_files_state.removed_files->head; f && !interrupted; f = f->next) {
+       ret = remove_filename (notmuch, f->filename, &add_files_state);
+       if (ret)
+           goto DONE;
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Cleaned up", "messages",
+               tv_start, add_files_state.removed_messages + add_files_state.renamed_messages,
+               add_files_state.removed_files->count);
+       }
+    }
+
+    gettimeofday (&tv_start, NULL);
+    for (f = add_files_state.removed_directories->head, i = 0; f && !interrupted; f = f->next, i++) {
+       ret = _remove_directory (ctx, notmuch, f->filename, &add_files_state);
+       if (ret)
+           goto DONE;
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Cleaned up", "directories",
+               tv_start, i,
+               add_files_state.removed_directories->count);
+       }
+    }
+
+    for (f = add_files_state.directory_mtimes->head; f && !interrupted; f = f->next) {
+       notmuch_directory_t *directory;
+       directory = notmuch_database_get_directory (notmuch, f->filename);
+       if (directory) {
+           notmuch_directory_set_mtime (directory, f->mtime);
+           notmuch_directory_destroy (directory);
+       }
+    }
+
+  DONE:
+    talloc_free (add_files_state.removed_files);
+    talloc_free (add_files_state.removed_directories);
+    talloc_free (add_files_state.directory_mtimes);
+
+    if (timer_is_active)
+       stop_progress_printing_timer ();
 
     gettimeofday (&tv_now, NULL);
     elapsed = notmuch_time_elapsed (add_files_state.tv_start,
                                    tv_now);
+
     if (add_files_state.processed_files) {
        printf ("Processed %d %s in ", add_files_state.processed_files,
                add_files_state.processed_files == 1 ?
                "file" : "total files");
        notmuch_time_print_formatted_seconds (elapsed);
        if (elapsed > 1) {
-           printf (" (%d files/sec.).                 \n",
+           printf (" (%d files/sec.).\033[K\n",
                    (int) (add_files_state.processed_files / elapsed));
        } else {
-           printf (".                    \n");
+           printf (".\033[K\n");
        }
     }
+
     if (add_files_state.added_messages) {
-       printf ("Added %d new %s to the database.\n",
+       printf ("Added %d new %s to the database.",
                add_files_state.added_messages,
                add_files_state.added_messages == 1 ?
                "message" : "messages");
     } else {
-       printf ("No new mail.\n");
+       printf ("No new mail.");
+    }
+
+    if (add_files_state.removed_messages) {
+       printf (" Removed %d %s.",
+               add_files_state.removed_messages,
+               add_files_state.removed_messages == 1 ? "message" : "messages");
     }
 
-    if (ret) {
-       printf ("\nNote: At least one error was encountered: %s\n",
-               notmuch_status_to_string (ret));
+    if (add_files_state.renamed_messages) {
+       printf (" Detected %d file %s.",
+               add_files_state.renamed_messages,
+               add_files_state.renamed_messages == 1 ? "rename" : "renames");
     }
 
+    printf ("\n");
+
+    if (ret)
+       fprintf (stderr, "Note: A fatal error was encountered: %s\n",
+                notmuch_status_to_string (ret));
+
     notmuch_database_close (notmuch);
 
+    if (run_hooks && !ret && !interrupted)
+       ret = notmuch_run_hook (db_path, "post-new");
+
     return ret || interrupted;
 }