]> git.notmuchmail.org Git - notmuch/blobdiff - notmuch-new.c
perf-test: split basic into 00-new, 01-dump-restore, and 02-tag
[notmuch] / notmuch-new.c
index b2b6043a5de051598051c418bfd7d3a46745e597..feb9c32fda52e6b9d6d5490320e86f5a107b03ac 100644 (file)
 
 #include <unistd.h>
 
+typedef struct _filename_node {
+    char *filename;
+    time_t mtime;
+    struct _filename_node *next;
+} _filename_node_t;
+
+typedef struct _filename_list {
+    unsigned count;
+    _filename_node_t *head;
+    _filename_node_t **tail;
+} _filename_list_t;
+
 typedef struct {
     int output_is_a_tty;
-    int verbose;
+    notmuch_bool_t verbose;
+    notmuch_bool_t debug;
+    const char **new_tags;
+    size_t new_tags_length;
+    const char **new_ignore;
+    size_t new_ignore_length;
 
     int total_files;
     int processed_files;
-    int added_messages;
+    int added_messages, removed_messages, renamed_messages;
     struct timeval tv_start;
+
+    _filename_list_t *removed_files;
+    _filename_list_t *removed_directories;
+    _filename_list_t *directory_mtimes;
+
+    notmuch_bool_t synchronize_flags;
 } add_files_state_t;
 
-static volatile sig_atomic_t do_add_files_print_progress = 0;
+static volatile sig_atomic_t do_print_progress = 0;
 
 static void
 handle_sigalrm (unused (int signal))
 {
-    do_add_files_print_progress = 1;
+    do_print_progress = 1;
 }
 
 static volatile sig_atomic_t interrupted;
@@ -45,44 +68,77 @@ static volatile sig_atomic_t interrupted;
 static void
 handle_sigint (unused (int sig))
 {
-    ssize_t ignored;
     static char msg[] = "Stopping...         \n";
 
-    ignored = write(2, msg, sizeof(msg)-1);
+    /* This write is "opportunistic", so it's okay to ignore the
+     * result.  It is not required for correctness, and if it does
+     * fail or produce a short write, we want to get out of the signal
+     * handler as quickly as possible, not retry it. */
+    IGNORE_RESULT (write (2, msg, sizeof(msg)-1));
     interrupted = 1;
 }
 
-static void
-tag_inbox_and_unread (notmuch_message_t *message)
+static _filename_list_t *
+_filename_list_create (const void *ctx)
 {
-    notmuch_message_add_tag (message, "inbox");
-    notmuch_message_add_tag (message, "unread");
+    _filename_list_t *list;
+
+    list = talloc (ctx, _filename_list_t);
+    if (list == NULL)
+       return NULL;
+
+    list->head = NULL;
+    list->tail = &list->head;
+    list->count = 0;
+
+    return list;
+}
+
+static _filename_node_t *
+_filename_list_add (_filename_list_t *list,
+                   const char *filename)
+{
+    _filename_node_t *node = talloc (list, _filename_node_t);
+
+    list->count++;
+
+    node->filename = talloc_strdup (list, filename);
+    node->next = NULL;
+
+    *(list->tail) = node;
+    list->tail = &node->next;
+
+    return node;
 }
 
 static void
-add_files_print_progress (add_files_state_t *state)
+generic_print_progress (const char *action, const char *object,
+                       struct timeval tv_start, unsigned processed, unsigned total)
 {
     struct timeval tv_now;
     double elapsed_overall, rate_overall;
 
     gettimeofday (&tv_now, NULL);
 
-    elapsed_overall = notmuch_time_elapsed (state->tv_start, tv_now);
-    rate_overall = (state->processed_files) / elapsed_overall;
-
-    printf ("Processed %d", state->processed_files);
+    elapsed_overall = notmuch_time_elapsed (tv_start, tv_now);
+    rate_overall = processed / elapsed_overall;
 
-    if (state->total_files) {
-       double time_remaining;
+    printf ("%s %d ", action, processed);
 
-       time_remaining = ((state->total_files - state->processed_files) /
-                         rate_overall);
-       printf (" of %d files (", state->total_files);
-       notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
-       printf (" remaining).      \r");
+    if (total) {
+       printf ("of %d %s", total, object);
+       if (processed > 0 && elapsed_overall > 0.5) {
+           double time_remaining = ((total - processed) / rate_overall);
+           printf (" (");
+           notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
+           printf (" remaining)");
+       }
     } else {
-       printf (" files (%d files/sec.)    \r", (int) rate_overall);
+       printf ("%s", object);
+       if (elapsed_overall > 0.5)
+           printf (" (%d %s/sec.)", (int) rate_overall, object);
     }
+    printf (".\033[K\r");
 
     fflush (stdout);
 }
@@ -99,6 +155,48 @@ dirent_sort_strcmp_name (const struct dirent **a, const struct dirent **b)
     return strcmp ((*a)->d_name, (*b)->d_name);
 }
 
+/* Return the type of a directory entry relative to path as a stat(2)
+ * mode.  Like stat, this follows symlinks.  Returns -1 and sets errno
+ * if the file's type cannot be determined (which includes dangling
+ * symlinks).
+ */
+static int
+dirent_type (const char *path, const struct dirent *entry)
+{
+    struct stat statbuf;
+    char *abspath;
+    int err, saved_errno;
+
+#ifdef _DIRENT_HAVE_D_TYPE
+    /* Mapping from d_type to stat mode_t.  We omit DT_LNK so that
+     * we'll fall through to stat and get the real file type. */
+    static const mode_t modes[] = {
+       [DT_BLK]  = S_IFBLK,
+       [DT_CHR]  = S_IFCHR,
+       [DT_DIR]  = S_IFDIR,
+       [DT_FIFO] = S_IFIFO,
+       [DT_REG]  = S_IFREG,
+       [DT_SOCK] = S_IFSOCK
+    };
+    if (entry->d_type < ARRAY_SIZE(modes) && modes[entry->d_type])
+       return modes[entry->d_type];
+#endif
+
+    abspath = talloc_asprintf (NULL, "%s/%s", path, entry->d_name);
+    if (!abspath) {
+       errno = ENOMEM;
+       return -1;
+    }
+    err = stat(abspath, &statbuf);
+    saved_errno = errno;
+    talloc_free (abspath);
+    if (err < 0) {
+       errno = saved_errno;
+       return -1;
+    }
+    return statbuf.st_mode & S_IFMT;
+}
+
 /* Test if the directory looks like a Maildir directory.
  *
  * Search through the array of directory entries to see if we can find all
@@ -107,12 +205,12 @@ dirent_sort_strcmp_name (const struct dirent **a, const struct dirent **b)
  * Return 1 if the directory looks like a Maildir and 0 otherwise.
  */
 static int
-_entries_resemble_maildir (struct dirent **entries, int count)
+_entries_resemble_maildir (const char *path, struct dirent **entries, int count)
 {
     int i, found = 0;
 
     for (i = 0; i < count; i++) {
-       if (entries[i]->d_type != DT_DIR)
+       if (dirent_type (path, entries[i]) != S_IFDIR)
            continue;
 
        if (strcmp(entries[i]->d_name, "new") == 0 ||
@@ -128,6 +226,20 @@ _entries_resemble_maildir (struct dirent **entries, int count)
     return 0;
 }
 
+/* Test if the file/directory is to be ignored.
+ */
+static notmuch_bool_t
+_entry_in_ignore_list (const char *entry, add_files_state_t *state)
+{
+    size_t i;
+
+    for (i = 0; i < state->new_ignore_length; i++)
+       if (strcmp (entry, state->new_ignore[i]) == 0)
+           return TRUE;
+
+    return FALSE;
+}
+
 /* Examine 'path' recursively as follows:
  *
  *   o Ask the filesystem for the mtime of 'path' (fs_mtime)
@@ -135,15 +247,20 @@ _entries_resemble_maildir (struct dirent **entries, int count)
  *
  *   o Ask the filesystem for files and directories within 'path'
  *     (via scandir and stored in fs_entries)
- *   o Ask the database for files and directories within 'path'
- *     (db_files and db_subdirs)
  *
  *   o Pass 1: For each directory in fs_entries, recursively call into
  *     this same function.
  *
- *   o Pass 2: If 'fs_mtime' > 'db_mtime', then walk fs_entries
- *     simultaneously with db_files and db_subdirs. Look for one of
- *     three interesting cases:
+ *   o Compare fs_mtime to db_mtime. If they are equivalent, terminate
+ *     the algorithm at this point, (this directory has not been
+ *     updated in the filesystem since the last database scan of PASS
+ *     2).
+ *
+ *   o Ask the database for files and directories within 'path'
+ *     (db_files and db_subdirs)
+ *
+ *   o Pass 2: Walk fs_entries simultaneously with db_files and
+ *     db_subdirs. Look for one of three interesting cases:
  *
  *        1. Regular file in fs_entries and not in db_files
  *            This is a new file to add_message into the database.
@@ -162,11 +279,12 @@ _entries_resemble_maildir (struct dirent **entries, int count)
  *     information is lost from the database).
  *
  *   o Tell the database to update its time of 'path' to 'fs_mtime'
+ *     if fs_mtime isn't the current wall-clock time.
  */
 static notmuch_status_t
-add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
-                    const char *path,
-                    add_files_state_t *state)
+add_files (notmuch_database_t *notmuch,
+          const char *path,
+          add_files_state_t *state)
 {
     DIR *dir = NULL;
     struct dirent *entry = NULL;
@@ -175,18 +293,21 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
     notmuch_status_t status, ret = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
     notmuch_message_t *message = NULL;
     struct dirent **fs_entries = NULL;
-    int i, num_fs_entries;
+    int i, num_fs_entries = 0, entry_type;
     notmuch_directory_t *directory;
     notmuch_filenames_t *db_files = NULL;
     notmuch_filenames_t *db_subdirs = NULL;
+    time_t stat_time;
     struct stat st;
     notmuch_bool_t is_maildir;
+    const char **tag;
 
     if (stat (path, &st)) {
        fprintf (stderr, "Error reading directory %s: %s\n",
                 path, strerror (errno));
        return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
     }
+    stat_time = time (NULL);
 
     if (! S_ISDIR (st.st_mode)) {
        fprintf (stderr, "Error: %s is not a directory.\n", path);
@@ -195,25 +316,33 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
 
     fs_mtime = st.st_mtime;
 
-    directory = notmuch_database_get_directory (notmuch, path);
-    db_mtime = notmuch_directory_get_mtime (directory);
+    status = notmuch_database_get_directory (notmuch, path, &directory);
+    if (status) {
+       ret = status;
+       goto DONE;
+    }
+    db_mtime = directory ? notmuch_directory_get_mtime (directory) : 0;
 
     /* If the database knows about this directory, then we sort based
      * on strcmp to match the database sorting. Otherwise, we can do
      * inode-based sorting for faster filesystem operation. */
     num_fs_entries = scandir (path, &fs_entries, 0,
-                             db_mtime ?
+                             directory ?
                              dirent_sort_strcmp_name : dirent_sort_inode);
 
     if (num_fs_entries == -1) {
        fprintf (stderr, "Error opening directory %s: %s\n",
                 path, strerror (errno));
+       /* We consider this a fatal error because, if a user moved a
+        * message from another directory that we were able to scan
+        * into this directory, skipping this directory will cause
+        * that message to be lost. */
        ret = NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
        goto DONE;
     }
 
     /* Pass 1: Recurse into all sub-directories. */
-    is_maildir = _entries_resemble_maildir (fs_entries, num_fs_entries);
+    is_maildir = _entries_resemble_maildir (path, fs_entries, num_fs_entries);
 
     for (i = 0; i < num_fs_entries; i++) {
        if (interrupted)
@@ -221,40 +350,71 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
 
        entry = fs_entries[i];
 
-       if (entry->d_type != DT_DIR)
+       /* Ignore any files/directories the user has configured to
+        * ignore.  We do this before dirent_type both for performance
+        * and because we don't care if dirent_type fails on entries
+        * that are explicitly ignored.
+        */
+       if (_entry_in_ignore_list (entry->d_name, state)) {
+           if (state->debug)
+               printf ("(D) add_files_recursive, pass 1: explicitly ignoring %s/%s\n",
+                       path, entry->d_name);
+           continue;
+       }
+
+       /* We only want to descend into directories (and symlinks to
+        * directories). */
+       entry_type = dirent_type (path, entry);
+       if (entry_type == -1) {
+           /* Be pessimistic, e.g. so we don't lose lots of mail just
+            * because a user broke a symlink. */
+           fprintf (stderr, "Error reading file %s/%s: %s\n",
+                    path, entry->d_name, strerror (errno));
+           return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
+       } else if (entry_type != S_IFDIR) {
            continue;
+       }
 
        /* Ignore special directories to avoid infinite recursion.
         * Also ignore the .notmuch directory and any "tmp" directory
         * that appears within a maildir.
         */
-       /* XXX: Eventually we'll want more sophistication to let the
-        * user specify files to be ignored. */
        if (strcmp (entry->d_name, ".") == 0 ||
            strcmp (entry->d_name, "..") == 0 ||
            (is_maildir && strcmp (entry->d_name, "tmp") == 0) ||
-           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") ==0)
-       {
+           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0)
            continue;
-       }
 
        next = talloc_asprintf (notmuch, "%s/%s", path, entry->d_name);
-       status = add_files_recursive (notmuch, next, state);
-       if (status && ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS)
+       status = add_files (notmuch, next, state);
+       if (status) {
            ret = status;
+           goto DONE;
+       }
        talloc_free (next);
        next = NULL;
     }
 
-    /* If this directory hasn't been modified since the last
-     * "notmuch new", then we can skip the second pass entirely. */
-    if (fs_mtime <= db_mtime)
+    /* If the directory's modification time in the filesystem is the
+     * same as what we recorded in the database the last time we
+     * scanned it, then we can skip the second pass entirely.
+     *
+     * We test for strict equality here to avoid a bug that can happen
+     * if the system clock jumps backward, (preventing new mail from
+     * being discovered until the clock catches up and the directory
+     * is modified again).
+     */
+    if (directory && fs_mtime == db_mtime)
        goto DONE;
 
-    /* Pass 2: Scan for new files, removed files, and removed directories. */
-    db_files = notmuch_directory_get_child_files (directory);
-    db_subdirs = notmuch_directory_get_child_directories (directory);
+    /* If the database has never seen this directory before, we can
+     * simply leave db_files and db_subdirs NULL. */
+    if (directory) {
+       db_files = notmuch_directory_get_child_files (directory);
+       db_subdirs = notmuch_directory_get_child_directories (directory);
+    }
 
+    /* Pass 2: Scan for new files, removed files, and removed directories. */
     for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
     {
        if (interrupted)
@@ -262,39 +422,64 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
 
         entry = fs_entries[i];
 
+       /* Ignore files & directories user has configured to be ignored */
+       if (_entry_in_ignore_list (entry->d_name, state)) {
+           if (state->debug)
+               printf ("(D) add_files_recursive, pass 2: explicitly ignoring %s/%s\n",
+                       path,
+                       entry->d_name);
+           continue;
+       }
+
        /* Check if we've walked past any names in db_files or
         * db_subdirs. If so, these have been deleted. */
-       while (notmuch_filenames_has_more (db_files) &&
+       while (notmuch_filenames_valid (db_files) &&
               strcmp (notmuch_filenames_get (db_files), entry->d_name) < 0)
        {
-           printf ("Detected deleted file %s/%s\n", path,
-                   notmuch_filenames_get (db_files));
+           char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_files,
+                                             "%s/%s", path,
+                                             notmuch_filenames_get (db_files));
+
+           _filename_list_add (state->removed_files, absolute);
 
-           notmuch_filenames_advance (db_files);
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
        }
 
-       while (notmuch_filenames_has_more (db_subdirs) &&
+       while (notmuch_filenames_valid (db_subdirs) &&
               strcmp (notmuch_filenames_get (db_subdirs), entry->d_name) <= 0)
        {
-           if (strcmp (notmuch_filenames_get (db_subdirs), entry->d_name) < 0)
-               printf ("Detected deleted directory %s/%s", path,
-                       notmuch_filenames_get (db_subdirs));
+           const char *filename = notmuch_filenames_get (db_subdirs);
 
-           notmuch_filenames_advance (db_subdirs);
+           if (strcmp (filename, entry->d_name) < 0)
+           {
+               char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_directories,
+                                                 "%s/%s", path, filename);
+
+               _filename_list_add (state->removed_directories, absolute);
+           }
+
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_subdirs);
        }
 
-       if (entry->d_type != DT_REG)
+       /* Only add regular files (and symlinks to regular files). */
+       entry_type = dirent_type (path, entry);
+       if (entry_type == -1) {
+           fprintf (stderr, "Error reading file %s/%s: %s\n",
+                    path, entry->d_name, strerror (errno));
+           return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
+       } else if (entry_type != S_IFREG) {
            continue;
+       }
 
        /* Don't add a file that we've added before. */
-       if (notmuch_filenames_has_more (db_files) &&
+       if (notmuch_filenames_valid (db_files) &&
            strcmp (notmuch_filenames_get (db_files), entry->d_name) == 0)
        {
-           notmuch_filenames_advance (db_files);
+           notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
            continue;
        }
 
-       /* We're not looking at a regular file that doesn't yet exist
+       /* We're now looking at a regular file that doesn't yet exist
         * in the database, so add it. */
        next = talloc_asprintf (notmuch, "%s/%s", path, entry->d_name);
 
@@ -313,23 +498,35 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
            fflush (stdout);
        }
 
+       status = notmuch_database_begin_atomic (notmuch);
+       if (status) {
+           ret = status;
+           goto DONE;
+       }
+
        status = notmuch_database_add_message (notmuch, next, &message);
        switch (status) {
        /* success */
        case NOTMUCH_STATUS_SUCCESS:
            state->added_messages++;
-           tag_inbox_and_unread (message);
+           notmuch_message_freeze (message);
+           for (tag=state->new_tags; *tag != NULL; tag++)
+               notmuch_message_add_tag (message, *tag);
+           if (state->synchronize_flags == TRUE)
+               notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
+           notmuch_message_thaw (message);
            break;
        /* Non-fatal issues (go on to next file) */
        case NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID:
-           /* Stay silent on this one. */
+           if (state->synchronize_flags == TRUE)
+               notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
            break;
        case NOTMUCH_STATUS_FILE_NOT_EMAIL:
            fprintf (stderr, "Note: Ignoring non-mail file: %s\n",
                     next);
            break;
        /* Fatal issues. Don't process anymore. */
-       case NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE:
+       case NOTMUCH_STATUS_READ_ONLY_DATABASE:
        case NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION:
        case NOTMUCH_STATUS_OUT_OF_MEMORY:
            fprintf (stderr, "Error: %s. Halting processing.\n",
@@ -341,40 +538,79 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
        case NOTMUCH_STATUS_NULL_POINTER:
        case NOTMUCH_STATUS_TAG_TOO_LONG:
        case NOTMUCH_STATUS_UNBALANCED_FREEZE_THAW:
+       case NOTMUCH_STATUS_UNBALANCED_ATOMIC:
        case NOTMUCH_STATUS_LAST_STATUS:
            INTERNAL_ERROR ("add_message returned unexpected value: %d",  status);
            goto DONE;
        }
 
+       status = notmuch_database_end_atomic (notmuch);
+       if (status) {
+           ret = status;
+           goto DONE;
+       }
+
        if (message) {
            notmuch_message_destroy (message);
            message = NULL;
        }
 
-       if (do_add_files_print_progress) {
-           do_add_files_print_progress = 0;
-           add_files_print_progress (state);
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Processed", "files", state->tv_start,
+                                   state->processed_files, state->total_files);
        }
 
        talloc_free (next);
        next = NULL;
     }
 
-    if (! interrupted) {
-       status = notmuch_directory_set_mtime (directory, fs_mtime);
-       if (status && ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS)
-           ret = status;
+    if (interrupted)
+       goto DONE;
+
+    /* Now that we've walked the whole filesystem list, anything left
+     * over in the database lists has been deleted. */
+    while (notmuch_filenames_valid (db_files))
+    {
+       char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_files,
+                                         "%s/%s", path,
+                                         notmuch_filenames_get (db_files));
+
+       _filename_list_add (state->removed_files, absolute);
+
+       notmuch_filenames_move_to_next (db_files);
     }
 
+    while (notmuch_filenames_valid (db_subdirs))
+    {
+       char *absolute = talloc_asprintf (state->removed_directories,
+                                         "%s/%s", path,
+                                         notmuch_filenames_get (db_subdirs));
+
+       _filename_list_add (state->removed_directories, absolute);
+
+       notmuch_filenames_move_to_next (db_subdirs);
+    }
+
+    /* If the directory's mtime is the same as the wall-clock time
+     * when we stat'ed the directory, we skip updating the mtime in
+     * the database because a message could be delivered later in this
+     * same second.  This may lead to unnecessary re-scans, but it
+     * avoids overlooking messages. */
+    if (fs_mtime != stat_time)
+       _filename_list_add (state->directory_mtimes, path)->mtime = fs_mtime;
+
   DONE:
     if (next)
        talloc_free (next);
-    if (entry)
-       free (entry);
     if (dir)
        closedir (dir);
-    if (fs_entries)
+    if (fs_entries) {
+       for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
+           free (fs_entries[i]);
+
        free (fs_entries);
+    }
     if (db_subdirs)
        notmuch_filenames_destroy (db_subdirs);
     if (db_files)
@@ -385,55 +621,46 @@ add_files_recursive (notmuch_database_t *notmuch,
     return ret;
 }
 
-/* This is the top-level entry point for add_files. It does a couple
- * of error checks, sets up the progress-printing timer and then calls
- * into the recursive function. */
-static notmuch_status_t
-add_files (notmuch_database_t *notmuch,
-          const char *path,
-          add_files_state_t *state)
+static void
+setup_progress_printing_timer (void)
 {
-    notmuch_status_t status;
     struct sigaction action;
     struct itimerval timerval;
-    notmuch_bool_t timer_is_active = FALSE;
-
-    if (state->output_is_a_tty && ! debugger_is_active () && ! state->verbose) {
-       /* Setup our handler for SIGALRM */
-       memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
-       action.sa_handler = handle_sigalrm;
-       sigemptyset (&action.sa_mask);
-       action.sa_flags = SA_RESTART;
-       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
-
-       /* Then start a timer to send SIGALRM once per second. */
-       timerval.it_interval.tv_sec = 1;
-       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
-       timerval.it_value.tv_sec = 1;
-       timerval.it_value.tv_usec = 0;
-       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
-
-       timer_is_active = TRUE;
-    }
 
-    status = add_files_recursive (notmuch, path, state);
+    /* Setup our handler for SIGALRM */
+    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
+    action.sa_handler = handle_sigalrm;
+    sigemptyset (&action.sa_mask);
+    action.sa_flags = SA_RESTART;
+    sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
+
+    /* Then start a timer to send SIGALRM once per second. */
+    timerval.it_interval.tv_sec = 1;
+    timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+    timerval.it_value.tv_sec = 1;
+    timerval.it_value.tv_usec = 0;
+    setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+}
 
-    if (timer_is_active) {
-       /* Now stop the timer. */
-       timerval.it_interval.tv_sec = 0;
-       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
-       timerval.it_value.tv_sec = 0;
-       timerval.it_value.tv_usec = 0;
-       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+static void
+stop_progress_printing_timer (void)
+{
+    struct sigaction action;
+    struct itimerval timerval;
 
-       /* And disable the signal handler. */
-       action.sa_handler = SIG_IGN;
-       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
-    }
+    /* Now stop the timer. */
+    timerval.it_interval.tv_sec = 0;
+    timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+    timerval.it_value.tv_sec = 0;
+    timerval.it_value.tv_usec = 0;
+    setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
 
-    return status;
+    /* And disable the signal handler. */
+    action.sa_handler = SIG_IGN;
+    sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
 }
 
+
 /* XXX: This should be merged with the add_files function since it
  * shares a lot of logic with it. */
 /* Recursively count all regular files in path and all sub-directories
@@ -441,7 +668,7 @@ add_files (notmuch_database_t *notmuch,
  * initialized to zero by the top-level caller before calling
  * count_files). */
 static void
-count_files (const char *path, int *count)
+count_files (const char *path, int *count, add_files_state_t *state)
 {
     struct dirent *entry = NULL;
     char *next;
@@ -463,14 +690,18 @@ count_files (const char *path, int *count)
         entry = fs_entries[i++];
 
        /* Ignore special directories to avoid infinite recursion.
-        * Also ignore the .notmuch directory.
+        * Also ignore the .notmuch directory and files/directories
+        * the user has configured to be ignored.
         */
-       /* XXX: Eventually we'll want more sophistication to let the
-        * user specify files to be ignored. */
        if (strcmp (entry->d_name, ".") == 0 ||
            strcmp (entry->d_name, "..") == 0 ||
-           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0)
+           strcmp (entry->d_name, ".notmuch") == 0 ||
+           _entry_in_ignore_list (entry->d_name, state))
        {
+           if (_entry_in_ignore_list (entry->d_name, state) && state->debug)
+               printf ("(D) count_files: explicitly ignoring %s/%s\n",
+                       path,
+                       entry->d_name);
            continue;
        }
 
@@ -490,17 +721,122 @@ count_files (const char *path, int *count)
                fflush (stdout);
            }
        } else if (S_ISDIR (st.st_mode)) {
-           count_files (next, count);
+           count_files (next, count, state);
        }
 
        free (next);
     }
 
   DONE:
-    if (entry)
-       free (entry);
-    if (fs_entries)
+    if (fs_entries) {
+       for (i = 0; i < num_fs_entries; i++)
+           free (fs_entries[i]);
+
         free (fs_entries);
+    }
+}
+
+static void
+upgrade_print_progress (void *closure,
+                       double progress)
+{
+    add_files_state_t *state = closure;
+
+    printf ("Upgrading database: %.2f%% complete", progress * 100.0);
+
+    if (progress > 0) {
+       struct timeval tv_now;
+       double elapsed, time_remaining;
+
+       gettimeofday (&tv_now, NULL);
+
+       elapsed = notmuch_time_elapsed (state->tv_start, tv_now);
+       time_remaining = (elapsed / progress) * (1.0 - progress);
+       printf (" (");
+       notmuch_time_print_formatted_seconds (time_remaining);
+       printf (" remaining)");
+    }
+
+    printf (".      \r");
+
+    fflush (stdout);
+}
+
+/* Remove one message filename from the database. */
+static notmuch_status_t
+remove_filename (notmuch_database_t *notmuch,
+                const char *path,
+                add_files_state_t *add_files_state)
+{
+    notmuch_status_t status;
+    notmuch_message_t *message;
+    status = notmuch_database_begin_atomic (notmuch);
+    if (status)
+       return status;
+    status = notmuch_database_find_message_by_filename (notmuch, path, &message);
+    if (status || message == NULL)
+       goto DONE;
+
+    status = notmuch_database_remove_message (notmuch, path);
+    if (status == NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID) {
+       add_files_state->renamed_messages++;
+       if (add_files_state->synchronize_flags == TRUE)
+           notmuch_message_maildir_flags_to_tags (message);
+       status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+    } else if (status == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS) {
+       add_files_state->removed_messages++;
+    }
+    notmuch_message_destroy (message);
+
+  DONE:
+    notmuch_database_end_atomic (notmuch);
+    return status;
+}
+
+/* Recursively remove all filenames from the database referring to
+ * 'path' (or to any of its children). */
+static notmuch_status_t
+_remove_directory (void *ctx,
+                  notmuch_database_t *notmuch,
+                  const char *path,
+                  add_files_state_t *add_files_state)
+{
+    notmuch_status_t status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+    notmuch_directory_t *directory;
+    notmuch_filenames_t *files, *subdirs;
+    char *absolute;
+
+    status = notmuch_database_get_directory (notmuch, path, &directory);
+    if (status || !directory)
+       return status;
+
+    for (files = notmuch_directory_get_child_files (directory);
+        notmuch_filenames_valid (files);
+        notmuch_filenames_move_to_next (files))
+    {
+       absolute = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", path,
+                                   notmuch_filenames_get (files));
+       status = remove_filename (notmuch, absolute, add_files_state);
+       talloc_free (absolute);
+       if (status)
+           goto DONE;
+    }
+
+    for (subdirs = notmuch_directory_get_child_directories (directory);
+        notmuch_filenames_valid (subdirs);
+        notmuch_filenames_move_to_next (subdirs))
+    {
+       absolute = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", path,
+                                   notmuch_filenames_get (subdirs));
+       status = _remove_directory (ctx, notmuch, absolute, add_files_state);
+       talloc_free (absolute);
+       if (status)
+           goto DONE;
+    }
+
+  DONE:
+    notmuch_directory_destroy (directory);
+    return status;
 }
 
 int
@@ -510,100 +846,207 @@ notmuch_new_command (void *ctx, int argc, char *argv[])
     notmuch_database_t *notmuch;
     add_files_state_t add_files_state;
     double elapsed;
-    struct timeval tv_now;
+    struct timeval tv_now, tv_start;
     int ret = 0;
     struct stat st;
     const char *db_path;
     char *dot_notmuch_path;
     struct sigaction action;
+    _filename_node_t *f;
+    int opt_index;
     int i;
+    notmuch_bool_t timer_is_active = FALSE;
+    notmuch_bool_t no_hooks = FALSE;
 
-    add_files_state.verbose = 0;
+    add_files_state.verbose = FALSE;
+    add_files_state.debug = FALSE;
     add_files_state.output_is_a_tty = isatty (fileno (stdout));
 
-    for (i = 0; i < argc && argv[i][0] == '-'; i++) {
-       if (STRNCMP_LITERAL (argv[i], "--verbose") == 0) {
-           add_files_state.verbose = 1;
-       } else {
-           fprintf (stderr, "Unrecognized option: %s\n", argv[i]);
-           return 1;
-       }
-    }
+    notmuch_opt_desc_t options[] = {
+       { NOTMUCH_OPT_BOOLEAN,  &add_files_state.verbose, "verbose", 'v', 0 },
+       { NOTMUCH_OPT_BOOLEAN,  &add_files_state.debug, "debug", 'd', 0 },
+       { NOTMUCH_OPT_BOOLEAN,  &no_hooks, "no-hooks", 'n', 0 },
+       { 0, 0, 0, 0, 0 }
+    };
 
-    /* Setup our handler for SIGINT */
-    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
-    action.sa_handler = handle_sigint;
-    sigemptyset (&action.sa_mask);
-    action.sa_flags = SA_RESTART;
-    sigaction (SIGINT, &action, NULL);
+    opt_index = parse_arguments (argc, argv, options, 1);
+    if (opt_index < 0) {
+       /* diagnostics already printed */
+       return 1;
+    }
 
     config = notmuch_config_open (ctx, NULL, NULL);
     if (config == NULL)
        return 1;
 
+    add_files_state.new_tags = notmuch_config_get_new_tags (config, &add_files_state.new_tags_length);
+    add_files_state.new_ignore = notmuch_config_get_new_ignore (config, &add_files_state.new_ignore_length);
+    add_files_state.synchronize_flags = notmuch_config_get_maildir_synchronize_flags (config);
     db_path = notmuch_config_get_database_path (config);
 
+    if (!no_hooks) {
+       ret = notmuch_run_hook (db_path, "pre-new");
+       if (ret)
+           return ret;
+    }
+
     dot_notmuch_path = talloc_asprintf (ctx, "%s/%s", db_path, ".notmuch");
 
     if (stat (dot_notmuch_path, &st)) {
        int count;
 
        count = 0;
-       count_files (db_path, &count);
+       count_files (db_path, &count, &add_files_state);
        if (interrupted)
            return 1;
 
        printf ("Found %d total files (that's not much mail).\n", count);
-       notmuch = notmuch_database_create (db_path);
+       if (notmuch_database_create (db_path, &notmuch))
+           return 1;
        add_files_state.total_files = count;
     } else {
-       notmuch = notmuch_database_open (db_path,
-                                        NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE);
+       if (notmuch_database_open (db_path, NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE,
+                                  &notmuch))
+           return 1;
+
+       if (notmuch_database_needs_upgrade (notmuch)) {
+           printf ("Welcome to a new version of notmuch! Your database will now be upgraded.\n");
+           gettimeofday (&add_files_state.tv_start, NULL);
+           notmuch_database_upgrade (notmuch, upgrade_print_progress,
+                                     &add_files_state);
+           printf ("Your notmuch database has now been upgraded to database format version %u.\n",
+                   notmuch_database_get_version (notmuch));
+       }
+
        add_files_state.total_files = 0;
     }
 
     if (notmuch == NULL)
        return 1;
 
+    /* Setup our handler for SIGINT. We do this after having
+     * potentially done a database upgrade we this interrupt handler
+     * won't support. */
+    memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
+    action.sa_handler = handle_sigint;
+    sigemptyset (&action.sa_mask);
+    action.sa_flags = SA_RESTART;
+    sigaction (SIGINT, &action, NULL);
+
     talloc_free (dot_notmuch_path);
     dot_notmuch_path = NULL;
 
     add_files_state.processed_files = 0;
     add_files_state.added_messages = 0;
+    add_files_state.removed_messages = add_files_state.renamed_messages = 0;
     gettimeofday (&add_files_state.tv_start, NULL);
 
+    add_files_state.removed_files = _filename_list_create (ctx);
+    add_files_state.removed_directories = _filename_list_create (ctx);
+    add_files_state.directory_mtimes = _filename_list_create (ctx);
+
+    if (! debugger_is_active () && add_files_state.output_is_a_tty
+       && ! add_files_state.verbose) {
+       setup_progress_printing_timer ();
+       timer_is_active = TRUE;
+    }
+
     ret = add_files (notmuch, db_path, &add_files_state);
+    if (ret)
+       goto DONE;
+
+    gettimeofday (&tv_start, NULL);
+    for (f = add_files_state.removed_files->head; f && !interrupted; f = f->next) {
+       ret = remove_filename (notmuch, f->filename, &add_files_state);
+       if (ret)
+           goto DONE;
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Cleaned up", "messages",
+               tv_start, add_files_state.removed_messages + add_files_state.renamed_messages,
+               add_files_state.removed_files->count);
+       }
+    }
+
+    gettimeofday (&tv_start, NULL);
+    for (f = add_files_state.removed_directories->head, i = 0; f && !interrupted; f = f->next, i++) {
+       ret = _remove_directory (ctx, notmuch, f->filename, &add_files_state);
+       if (ret)
+           goto DONE;
+       if (do_print_progress) {
+           do_print_progress = 0;
+           generic_print_progress ("Cleaned up", "directories",
+               tv_start, i,
+               add_files_state.removed_directories->count);
+       }
+    }
+
+    for (f = add_files_state.directory_mtimes->head; f && !interrupted; f = f->next) {
+       notmuch_status_t status;
+       notmuch_directory_t *directory;
+       status = notmuch_database_get_directory (notmuch, f->filename, &directory);
+       if (status == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS && directory) {
+           notmuch_directory_set_mtime (directory, f->mtime);
+           notmuch_directory_destroy (directory);
+       }
+    }
+
+  DONE:
+    talloc_free (add_files_state.removed_files);
+    talloc_free (add_files_state.removed_directories);
+    talloc_free (add_files_state.directory_mtimes);
+
+    if (timer_is_active)
+       stop_progress_printing_timer ();
 
     gettimeofday (&tv_now, NULL);
     elapsed = notmuch_time_elapsed (add_files_state.tv_start,
                                    tv_now);
+
     if (add_files_state.processed_files) {
        printf ("Processed %d %s in ", add_files_state.processed_files,
                add_files_state.processed_files == 1 ?
                "file" : "total files");
        notmuch_time_print_formatted_seconds (elapsed);
        if (elapsed > 1) {
-           printf (" (%d files/sec.).                 \n",
+           printf (" (%d files/sec.).\033[K\n",
                    (int) (add_files_state.processed_files / elapsed));
        } else {
-           printf (".                    \n");
+           printf (".\033[K\n");
        }
     }
+
     if (add_files_state.added_messages) {
-       printf ("Added %d new %s to the database.\n",
+       printf ("Added %d new %s to the database.",
                add_files_state.added_messages,
                add_files_state.added_messages == 1 ?
                "message" : "messages");
     } else {
-       printf ("No new mail.\n");
+       printf ("No new mail.");
+    }
+
+    if (add_files_state.removed_messages) {
+       printf (" Removed %d %s.",
+               add_files_state.removed_messages,
+               add_files_state.removed_messages == 1 ? "message" : "messages");
     }
 
-    if (ret) {
-       printf ("\nNote: At least one error was encountered: %s\n",
-               notmuch_status_to_string (ret));
+    if (add_files_state.renamed_messages) {
+       printf (" Detected %d file %s.",
+               add_files_state.renamed_messages,
+               add_files_state.renamed_messages == 1 ? "rename" : "renames");
     }
 
-    notmuch_database_close (notmuch);
+    printf ("\n");
+
+    if (ret)
+       fprintf (stderr, "Note: A fatal error was encountered: %s\n",
+                notmuch_status_to_string (ret));
+
+    notmuch_database_destroy (notmuch);
+
+    if (!no_hooks && !ret && !interrupted)
+       ret = notmuch_run_hook (db_path, "post-new");
 
     return ret || interrupted;
 }