Hide away the details of the implementation of notmuch_tags_t.

We will soon be wanting multiple different implementations of
notmuch_tags_t iterators, so we need to keep the actual structure
as an implementation detail inside of tags.cc.

Move terms and tags code to a new tags.cc file.

We want to start using this from both message.cc and thread.cc so we
need it in a place we can share the code. This also requires a new
notmuch-private-cxx.h header file for interfaces that include
C++-specific datatypes (such as Xapian::Document).

results_get: Fix to return NULL if past the end of the results

We had documented both notmuch_thread_results_get and
notmuch_message_results_get to return NULL if (! has_more)
but we hadn't actually implemented that. Fix.

Add TODO file.

I've been maintaining this for a while now, so I might as well
start tracking it with revision control as well.

Add an initial implementation of a notmuch_thread_t object.

We've now got a new notmuch_query_search_threads and a
notmuch_threads_result_t iterator. The thread object itself
doesn't do much yet, (just allows one to get the thread_id),
but that's at least enough to see that "notmuch search" is
actually doing something now, (since it has been converted
to print thread IDs instead of message IDs).

And maybe that's all we need. Getting the messages belonging
to a thread is as simple as a notmuch_query_search_messages
with a string of "thread:<thread-id>".

Though it would be convenient to add notmuch_thread_get_messages
which could use the existing notmuch_message_results_t iterator.

Now we just need an implementation of "notmuch show" and we'll
have something somewhat usable.

Rename notmuch_query_search to notmuch_query_search_messages

Along with renaming notmuch_results_t to notmuch_message_results_t.
The new type is quite a mouthful, but I don't expect it to be
used much other than the for-loop idiom in the documentation,
(which does at least fit nicely within 80 columns).

This is all in preparation for the addition of a new
notmuch_query_search_threads of course.

Drop dead function add_term.

Even with the recent warnings work, gcc didn't tell me about a static
function that I'm not calling? Apparently I get "defined but not
used" in C files, but not C++ files. That's bogus, and yet one more
reason for me to push the C++ to a minimal lower layer.

Fix missing xapian-flags when generating dependencies.

I didn't notice this because `xapian-config -cxxflags` gives empty
output on my system. But for someone with the xapian library
installed in some non-standard location this would be important.

Drop unused variable.

I didn't end up adding any of the warnings options that aren't allowed
for C++, (such as -Wold-style-definition, -Wnested-externs,
-Werror-implicit-function-declaration, -Wstrict-prototypes,
-Wmissing-prototypes, or -Wbad-function-cast). So for now we can
drop the separate C and C++ variables for warnings.

Add -Wswitch-enum and fix warnings.

Having to enumerate all the enum values at every switch is annoying,
but this warning actually found a bug, (missing support for
NOTMUCH_STATUS_OUT_OF_MEMORY in notmuch_status_to_string).

Add -Wmising-declarations and fix warnings.

Wow, lots of missing 'static' on internal functions.

Add -Wwrite-strings and fix warnings.

Need to be const-clean when handling string literals.

Re-enable the warning for unused parameters.

It's easy enough to squelch the warning with an __attribute__ ((unused))
and it might just catch something for us in the future.

Add -Wextra and fix warnings.

When adding -Wextra we also add -Wno-ununsed-parameters since that
function means well enough, but is really annoying in practice.

So the warnings we fix here are basically all comparsions between
signed and unsigned values.

Rework Makefile just a bit to enable adding flags for more compiler warnings

We have to carefully separate the C and C++ flags here since a
bunch of the warnings options for gcc are valid for compiling C,
but not for C++.

_notmuch_database_linke_message: Fix error-status propagation.

The _notmuch_database_link_message_to_parents function was void
in an earlier draft. Now, ensure that we don't miss any error
return value from it.

Change database to store only a single thread ID per message.

Instead of supporting multiple thread IDs, we now merge together
thread IDs if one message is ever found to belong to more than one
thread. This allows for constructing complete threads when, for
example, a child message doesn't include a complete list of References
headers back to the beginning of the thread.

It also simplifies dealing with mapping a message ID to a thread ID
which is now a simple get_thread_id just like get_message_id, (and no
longer an iterator-based thing like get_tags).

link_message: Remove dead code.

We dropped the THREAD_ID value from the database a while back, but here
is code that's carefully computing that value and then never doing
anything with it. Delete, delete, delete.

add_message: Pull the thread-stitching portion out into new _notmuch_database_link_message

The function was getting too long-winded before. Add since I'm about
to change how we handle the thread linking, it's convenient to have
it in an isolated function.

Add an INTERNAL_ERROR macro and use it for all internal errors.

We were previously just doing fprintf;exit at each point, but I
wanted to add file and line-number details to all messages, so it
makes sense to use a single macro for that.

add_message: Propagate error status from notmuch_message_create_for_message_id

What a great feeling to remove an XXX comment.

notmuch dump: Eliminate extra space in error message.

Little details can make big impressions.

Move read-only-archive hint from "notmuch setup" to "notmuch new"

The "notmuch setup" output was getting overwhelmingly verbose.

Also, some people might not have a lot of mail, so might never need
this optimization. It's much better to move the hint to the time
when the user could actually benefit from it, (it's easy to detect
that "notmuch new" took more than 1 second, and we know if there
are any read-only directories there or not).

Add comment documenting our current database schema.

I've got schemes to change this schema somewhat dramatically, so I
want a place to be able to record and review those changes.

Drop the storage of thread ID(s) in a value.

Now that we are iterating over the thread terms instead, we can
drop this redundant storage (which should shrink our database a
tiny bit).

Convert notmuch_thread_ids_t to notmuch_terms_t

Aside from increased code sharing, the benefit here is that now
thread_ids iterates over the terms of a message rather than the
thread_id value. So we'll now be able to drop that value.

Implement notmuch_tags_t on top of new notmuch_terms_t

The generic notmuch_terms_t iterator should provide support for
notmuch_thread_ids_t when we switch as well, (And it would be
interesting to see if we could reasonably make this support a
PostingIterator too. Time will tell.)

Shuffle the value numbers around in the database.

First, it's nice that for now we don't have any users yet, so we
can make incompatible changes to the database layout like this
without causing trouble. ;-)

There are a few reasons for this change. First, we now use value 0
uniformly as a timestamp for both mail and timestamp documents, (which
lets us cleanup an ugly and fragile bare 0 in the add_value and
get_value calls in the timestamp code).

Second, I want to drop the thread value entirely, so putting it at the
end of the list means we can drop it as compatible change in the
future. (I almost want to drop the message-ID value too, but it's nice
to be able to sort on it to get diff-able output from "notmuch dump".)

But the thread value we never use as a value, (we would never sort on
it, for example). And it's totally redundant with the thread terms we
store already. So expect it to disappear soon.

Invent our own prefix values.

We're now dropping all pretense of keeping the database directly
compatible with sup's current xapian backend. (But perhaps someone
might write a new nothmuch backend for sup in the future.)

In coming up with the prefix values here, I tried to follow the
conventions of http://xapian.org/docs/omega/termprefixes.html as
closely as makes sense, (with some domain translation from "web"
to "email archive").

Split BOOLEAN_PREFIX into INTERNAL and EXTERNAL subsets.

The idea here is that only some of the prefix names (such as "id" and
"tag") actually make sense in external user-supplied query
strings. Other things like "type" are internal implementation details
of how we store things in the database. So internal machinery will add
those terms to the database and we don't need to support them in the
string itself.

With this, we can now simply loop over the external prefix values to
let the quiery parser know about them. So as we add prefixes in the
future, we'll only need to add them to this list.

Change all occurrences of "msgid" to "id".

What's good for the user is good for the internals.

Add bash-completion script for notmuch.

It's not much of a script, (we don't have that many commands after
all), but it's the kind of thing that's nice to have and gives the
tool a slightly more polished feel.

Add the magic to allow searches such as "tag:inbox".

The key for this is call add_boolean_prefix on the QueryParser
object. That tells the query parser to take something like "tag:inbox"
and transform it into the "Linbox" term and do what it needs to do to
make this term a requirement of the search. We're starting to have a
real system here.

Also, I didn't want to expose the ugly name of "msgid" to the user, so
we add a prefix name of simply "id" instead.

Use _find_prefix instead of hard-coded term in notmuch_query_search

I'm planning to change prefix values soon, which would break code
like this. So eliminate the fragility by going through our existing
_find_prefix function.

Fix bit-twiddling brain damage in notmuch_query_search

Here's the big bug that was preventing any searches from working at
all like desired. I did the work to carefully pick out exactly the
flags that I wanted, and then I threw it away by trying to combine
them with & instead of | (so just passing 0 for flags instead).

Much better now.

Add debugging code for examining query strings.

It's nice that Xapian provides a little function to print a textual
representation of the entire query tree. So now, if you compile
like so:

make CFLAGS=-DDEBUG_QUERY

then you get a nice output of the query string received by the query
module, and the final query actually being sent to Xapian.

Add a preliminary "notmuch search" command.

This isn't behaving at all like it's documented yet, (for example,
it's returning message IDs not thread IDs[*]). In fact, the output
code is just a copy of the body of "notmuch dump", so all you
get for now is message ID and tags.

But this should at least be enough to start exercising the query
functionality, (which is currently very buggy).

[*] I'll want to convert the databse to store thread documents
before fixing that.

notmuch_database_create: Document idea to (optionally) return a status

The current problem is that when this function fails the caller
doesn't get any information about what the particular failure
was, (something in the filesystem? or in Xapian?). We should fix
that.

notmuch setup/new: Propagate failure from notmuch_database_set_timestamp

With some recent testing, the timestamp was failing, (overflowing
the term limit), and reporting an error, but the top-level notmuch
command was still returning a success return value.

I think it's high time to add a test suite, (and the code base is
small enough that if we add it now it shouldn't be *too* hard to
shoot for a very high coverage percentage).

Fix timestamp generation to avoid overflowing the term limit

The previous code was only correct as long as the timestamp prefix
was only a single character. But with the recent change to a
multi-character prefix, this broke. So fix it now.

Trim down prefix list to things we are actually using.

I've decided not to try for sup compatibility at the leve of the
xapian datbase. There's just too much about sup's usage of the
database that I don't like, (beyond the embedded ruby data structures
there is redundant storage of message IDs, thread IDs, and dates (in
both terms and values)).

I'm going to fix that up in the database of notmuch, with some other
changes as well. (I plan to drop "reference" terms once linkage to a
thread ID through the reference is established.  I also plan to add
actual documents to represent threads.)

So with all that incompatibility, I might as well make my own prefix
values. And while doing that, I should try to be as compatible as
possible with the conventions described here:

http://xapian.org/docs/omega/termprefixes.html

Move the prefix-string arrays back into database.cc from message.cc

Yes, I'm being wishy-washy here, moving code back and forth. But
this is where these really do belong.

Revert "Remove some unneeded initializers."

This reverts commit fb1bae07002d45138832eacb280419dbd7a19774.

These initializers were totally necessary. I clearly wasn't
thinking straight when I removed them.

Cut the enthusiasm a bit.

It gets annoying pretty quick.

Make "notmuch new" ignore directories that are read-only.

With this, "notmuch new" is now plenty fast even with large archives
spanning many sub-directories. Document this both in "notmuch help"
and also in the output of notmuch setup.

add_files: Pull one stat out of the recrusive function.

There's no need to stat each directory both before and after each
recursive call.

More fixing of plurals.

It definitely doesn't help that we have the same messages in both
"setup" and "new". Should combine those really.

More care in final status reporting.

Printing "Added 1 new messages" just looks like lack of attention
to detail, (but yes plurals can be annoying this way).

Print a better message than "0s" for zero seconds.

It's nice to have a tool that at least construct actual sentences.

Add new "notmuch new" command.

Finally, I can get new messages into my notmuch database without
having to run a complete "notmuch setup" again. This takes
advantage of the recent timestamp capabilities in the database
to avoid looking into directories that haven't changed since the
last time "notmuch new" was run.

add_files: Change to return a status value instead of void

Also change to use goto rather than early returns. And once again,
there were lots of bugs in the error cases previously.

notmuch setup: Clean up the progress printing a bit.

Get rid of a useless leading 0 on the seconds value, and make a
distinction between "files" and "messages", (we process many
files, but not all of them are recongized as messages). Finally,
add a summary line at the end saying how many unique messages
were added to the database. Since this comes right after the
total number of files, it gives the user at least a hint as
to how many messages were encountered with duplicate message IDs.

Re-order documentation a bit.

The notmuch_database_get_default_path function is unique in not
accepting a notmuch_database_t* (nor creating one). So list it
outside the other notmuch_database functions.

notmuch_message_get_filename: Improve documentation.

Fix a typo, and add clarifications about the lifetime and readonly
nature of the return value.

Remove some unneeded initializers.

Some people might argue for more initializers to be "safer",
but I actually prefer to leave things this way. It saves
typing, but the real benefit is that the things that do
require initialization stand out so we know to watch them
carefully. And with valgrind, we actually get to catch
errors earlier if we *don't* initialize them. So that can
be "safer" ironically enough.

notmuch setup: Fix a couple of error paths.

We had early returns instead of goto statments, and sure enough,
they were leaking. Much cleaner this way.

_find_prefix: Exit when given an invalid prefix name.

This will be a nice safety check for internal sanity.

Add NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID

And document that notmuch_database_add_message can return this
value. This pushes the hard decision of what to do with duplicate
messages out to the user, but that's OK. (We weren't really doing
anything with these ourselves, and this way the user is at least
informed of the issue, rather than it just getting papered over
internally.)

Clean up comments to not include spaces before tabs.

This were just unclean, (an invisble sort of uncleanliness, but still
there are liable to make for ugly diffs). Oh, wait, like this one!
But at least it's not sprinkled among code changes.

Clarify documentation and error string for NOTMUCH_STATUS_TAG_TOO_LONG

It's helpful to point out NOTMUCH_STATUS_TAG_MAX for users.

Add notmuch_database_set_timestamp and notmuch_database_get_timestamp

These will be very helpful to implement an efficient "notmuch new"
command which imports new mail messages that have appeared.

database: Add private find_unique_doc_id and find_unique_document functions

These are a generalization of the unique-ness testing of
notmuch_database_find_message. More preparation for
firectory timestamps.

database: Similarly rename find_message_by_docid to find_document_for_doc_id

Again preferring notmuch_database_t* over Xapian::Database*.

Also, we're standardizing on "doc_id" rather than "docid" locally, (as
an analoge to "message_id"), in spite of the "Xapian::docid" name,
(which, fortunately, we can ignore and just us "unsigned int" instead).

database: Rename internal find_messages_by_term to find_doc_ids

This name is a more accurate description of what it does, and
the more general naming will make sense as we start storing
non-message documents in the database (such as directory
timestamps).

Also, don't pass around a Xapian::Database where it's more our
style to pass a notmuch_database_t*.

sha1: Add new notmuch_sha1_of_string function

We'll be using this for storing really long terms in the database
and when we just need to look them up, (and never read back the
original data directly from the database). For example, storing
arbitrarily long directory paths in the database along with
mtime timestamps.

Note that if we did want to store arbitrarily long terms and also
be able to read them back, the Xapian folks recommending splitting
the term off with multiple prefixes. See the note near the end
of this page:

http://trac.xapian.org/wiki/FAQ/UniqueIds

notmuch restore: Print names of tags that cannot be applied

This helps the user gauge the severity of the error.

For example, when restoring my sup tags I see a bunch of tags missing
for message IDs of the form "sup-faked-...". That's not surprising
since I know that sup generates these with the md5sum of the message
header while notmuch uses the sha-1 of the entire message. But how
much will this hurt?

Well, now that I can see that most of the missing tags are just
"attachment", then I'm not concerned, (I'll be automatically creating
that tag in the future based on the message contents). But if a
missing tag is "inbox" then that's more concerning because that's data
that I can't easily regenerate outside of sup.

notmuch_tags_has_more: Fix to use string.empty rather than string.size

I'm really interested in the length of the data here, not the size
of the storage.

Fix notmuch_message_get_message_id to never return NULL.

With the recent improvements to the handling of message IDs we
"know" that a NULL message ID is impossible, (so we simply
abort if the impossible happens).

add_message: Fix to not add multiple documents with the same message ID

Here's the second big fix to message-ID handling, (the first was to
generate message IDs when an email contained none). Now, with no
document missing a message ID, and no two documents having the same
message ID, we have a nice consistent database where the message ID
can be used as a unique key.

Add _notmuch_message_create_for_message_id

This is the last piece needed for add_message to be able to properly
support a message with a duplicate message ID.  This function creates
a new notmuch_message_t object but one that may reference an existing
document in the database.

Fix _notmuch_message_create to catch Xapian DocNotFoundError.

This function is only supposed to be called with a doc_id that
was queried from the database already. So there's an internal
error if no document with that doc_id can be found in the database.

In that case, return NULL.

Add internal functions for manipulating a new notmuch_message_t

This will support the add_message function in incrementally creating
state in a new notmuch_message_t. The new functions are

      _notmuch_message_set_filename
      _notmuch_message_add_thread_id
      _notmuch_message_ensure_thread_id
      _notmuch_message_set_date
      _notmuch_message_sync

Add notmuch_message_get_filename

This is a new public function to find the filename of the original
email message for a message-object that was found in the database.

We may change this function in the future to support returning a
list of filenames, (for messages with duplicate message IDs).

add_message: Re-order the code a bit (find message-id first).

We're preparing for being able to deal with files with duplicate
message IDs here. The plan is to create a notmuch_message_t object in
add_message that may or may not reference a document that exists in
the database. So to do this, we have to find the message ID before we
do any manipulation of the doc.

Move thread_id generation code from database.cc to message.cc

It's really up to the message to decide how to generate these.

Move the _notmuch_message_sync from private to public interfaces

The idea here is to allow internal users to see a non-synced message
object, (for example, while parsing a message file and incrementally
adding terms, etc.). We're willing to take the care to get the
improved performance.

But for the public interface, keeping everything synced will be much
less confusing, (reference lots of sup bugs that happen due to
message state being altered by the user but not synced to the database).

add_message: Rename message to message_file

I still don't like the name message_file at all, but we're about
to start using a notmuch_message_t in this function so we need
to do something to keep the identifiers separate for now.

Eventually, it probably makes sense to push the message-parsing
code from database.cc to message.cc.

Prevent that last bug from reoccurring.

It's even enough to check if a "missing" header was accidentally
left off the list in the call to restrict_headers. (And it's
cheap since we only check in case no such header was found in the
message.)

Don't forget the "to" header when restrict parsing to certain headers

We recently started discarding files as "not email" if they have none
of Subject, From, nor To. Apaprently, my mail collection contains a
number of messages that I sent, that are saved without Subject and
From, (perhaps these were drafts?).

Anyway, it's fortunate I had those since they alerted me to this bug,
where we were not parsing the "To" header in some cases.

Fix missing error check.

The notmuch_message_file_open function is perfectly capable of
returning NULL. So check for it.

Generate message ID (using SHA1) when a mail message contains none.

This is important as we're using the message ID as the unique key
in our database. So previously, all messages with no message ID
would be treated as the same message---not good at all.

Rename sha1.c to libsha1.c

This way both the .c and .h files have the same name, and all of the
code imported from the "libsha1" implementation is in filenames
matching libsha1.*.

This also gives me room to make my own notmuch_sha1 wrapper functions
in sha1.c.

Merge branch from fixing up bugs after bisecting.

I'm glad that when I implemented "notmuch restore" I went through the
extra effort to take the code I had written in one sitting into over a
dozen commits. Sure enough, I hadn't tested well enough and had
totally broken "notmuch setup", (segfaults and bogus thread_id
values).

With the little commits I had made, git bisect saved the day, and I
went back to make the fixes right on top of the commits that
introduced the bugs. So now we octopus merge those in.

Bring back the insert_thread_id function.

We deleted this in favor of our fancy new thread_ids iterator
from the message object. But one of the previous callers of
insert_thread_id isn't using notmuch_message_t yet. I made
the mistake of thinking I could just call g_hash_table_insert
directly, but the problem was that nobody was splitting
up the thread_id string at its commas.

So with this, we were inserting bogus comma-separated IDs
into the hash table, so thread_id values were ballooning
out of control. Should be much better now.

Fix lifetime-maintenance bug with std::string and c_str()

Here's more evidence that C++ is a nightmare to program---or that
I'm smart enough to realize that C++ is more clever than I will
ever be.

Most of my issues with C++ have to do with it hiding things from
me that I'd really like to and expect to be aware of as a C
programmer.

For example, the specific problem here is that there's a
short-lived std::string, from which I just want to copy
the C string. I try to do that on the next line, but before
I can, C++ has already called the destructor on the std::string.

Now, C++ isn't alone in doing garbage collecting like this.
But in a *real* garbage-collecting system, everything would
work that way. For example, here, I'm still holding a pointer
to the C string contents, so if the garbage collector were
aware of that reference, then it might clean up the std::string
container and leave the data I'm still using.

But that's not what we get with C++. Instead, some things are
reference counted and collected, (like the std::string), and
some things just aren't (like the C string it contains). The
end result is that it's very fragile. It forces me to be aware
of the timing of hidden functions. In a "real" system I wouldn't
have to be aware of that timing, and in C the function just
wouldn't be hidden.

List a few more co-conspirators.

Keith's name already shows up in the git log, so it would be
wrong to not mention him. And Martin and Jamey have been
helpful in discussions about what an ideal mail system
would look like.

Add an AUTHORS file.

Now that I've copied in another source file from someone else, I
want to be sure I'm keeping a good list of everyone who has helped.

Add sha1.c and libsha1.h for doing SHA-1-based message-ID generation.

This code comes courtesy of Brian Gladman and Mikhail Gusarov.

Both files are available under the GPL and were downloaded as
version 0.2 of libsha1 from git://github.com/dottedmag/libsha1.git
with the following commit:

commit d0f0e7e0dc5ce2d58972cb5a492183c0d4e58433
Author: Mikhail Gusarov <dottedmag@dottedmag.net>
Date:   Mon Oct 20 22:38:47 2008 +0700

    Version bump.

Signed-off-by: Mikhail Gusarov <dottedmag@dottedmag.net>

Add copy of GNU General Public License (version 3).

All the files were already advertising the license, but we didn't
actually have a copy of the license in the repository until now.

Add notmuch_status_to_string function.

Be kind and let the user print error messages, not just error
codes.

Implement "notmuch restore".

It's pretty easy to do with all the right infrastructure in place.
Now that I can get my tags from sup to notmuch, maybe I'll be able
to start reading mail again.

Pull out a chomp_newline function from "notmuch setup"

We'll want this same thing with "notmuch restore", (and really
anything using getline).

Add notmuch_message_add_tag and notmuch_message_remove_tag

With these two added, we now have enough functionality in the
library to implement "notmuch restore".

notmuch-private.h: Move NOTMUCH_BEGIN_DECLS earlier

We actually need this before the include of xutil.h, but
it was previously stuck randomly among various system
includes. Instead, put it at the top, right after include
the notmuch.h header that defines it.

notmuch_query_search: Clarify the documentation.

This is where we wanted to put the note to recommend the user
call notmuch_message_destroy if the lifetime of the message
is much shorter than the lifetime of the query. (Somehow this
had ended up in the documentation of notmuch_message_get_tags
before.)

notmuch.h: Fix some copy-paste errors in the documentaton.

In several places we had "results" where "tags" was intended.
It actually read fine in some cases, but this is still better.

notmuch_message_get_message_id: Fix to cache result

Previously, this would allocate new memory with every call. That
was with talloc, of course, so there wasn't any leaking (eventually).
But since we're now calling this internally we want to be a little
less wasteful. It's easy enough to just stash the result into the
message on the first call, and then just return that on subsequent
calls.

database: Add new notmuch_database_find_message

With this function, and the recently added support for
notmuch_message_get_thread_ids, we now recode the find_thread_ids
function to work just the way we expect a user of the public
notmuch API to work. Not too bad really.

Add notmuch_message_get_thread_ids function

Along with all of the notmuch_thread_ids_t iterator functions.
Using a consistent idiom seems better here rather than returning
a comma-separated string and forcing the user to parse it.

Add wrappers for regcomp and regexec to xutil.c.

These will be handy for some parsing.