nmbug: Translate to Python

This allows us to capture stdout and stderr separately, and do other
explicit subprocess manipulation without resorting to external
packages.  It should be compatible with Python 2.7 and later
(including the 3.x series).

Most of the user-facing interface is the same, but there are a few
changes, where reproducing the original interface was too difficult or
I saw a change to make the underlying Git UI accessible:

* 'nmbug help' has been split between the general 'nmbug --help' and
  the command-specific 'nmbug COMMAND --help'.

* Commands are no longer split into "most common", "other useful", and
  "less common" sets.  If we need something like this, I'd prefer
  workflow examples highlighting common commands in the module
  docstring (available with 'nmbug --help').

* 'nmbug commit' now only uses a single argument for the optional
  commit-message text.  I wanted to expose more of the underlying 'git
  commit' UI, since I personally like to write my commit messages in
  an editor with the notes added by 'git commit -v' to jog my memory.
  Unfortunately, we're using 'git commit-tree' instead of 'git
  commit', and commit-tree is too low-level for editor-launching.  I'd
  be interested in rewriting commit() to use 'git commit', but that
  seemed like it was outside the scope of this rewrite.  So I'm not
  supporting all of Git's commit syntax in this patch, but I can at
  least match 'git commit -m MESSAGE' in requiring command-line commit
  messages to be a single argument.

* The default repository for 'nmbug push' and 'nmbug fetch' is now the
  current branch's upstream (branch.<name>.remote) instead of
  'origin'.  When we have to, we extract this remote by hand, but
  where possible we just call the Git command without a repository
  argument, and leave it to Git to figure out the default.

* 'nmbug push' accepts multiple refspecs if you want to explicitly
  specify what to push.  Otherwise, the refspec(s) pushed depend on
  push.default.  The Perl version hardcoded 'master' as the pushed
  refspec.

* 'nmbug pull' defaults to the current branch's upstream
  (branch.<name>.remote and branch.<name>.merge) instead of hardcoding
  'origin' and 'master'.  It also supports multiple refspecs if for
  some crazy reason you need an octopus merge (but mostly to avoid
  breaking consistency with 'git pull').

* 'nmbug log' now execs 'git log', as there's no need to keep the
  Python process around once we've launched Git there.

* 'nmbug status' now catches stderr, and doesn't print errors like:

    No upstream configured for branch 'master'

  The Perl implementation had just learned to avoid crashing on that
  case, but wasn't yet catching the dying subprocess's stderr.

* 'nmbug archive' now accepts positional arguments for the tree-ish
  and additional 'git archive' options.  For example, you can run:

    $ nmbug archive HEAD -- --format tar.gz

  I wish I could have preserved the argument order from 'git archive'
  (with the tree-ish at the end), but I'm not sure how to make
  argparse accept arbitrary possitional arguments (some of which take
  arguments).  Flipping the order to put the tree-ish first seemed
  easiest.

* 'nmbug merge' and 'pull' no longer checkout HEAD before running
  their command, because blindly clobbering the index seems overly
  risky.

* In order to avoid creating a dirty index, 'nmbug commit' now uses
  the default index (instead of nmbug.index) for composing the commit.
  That way the index matches the committed tree.  To avoid leaving a
  broken index after a failed commit, I've wrapped the whole thing in
  a try/except block that resets the index to match the pre-commit
  treeish on errors.  That means that 'nmbug commit' will ignore
  anything you've cached in the index via direct Git calls, and you'll
  either end up with an index matching your notmuch tags and the new
  HEAD (after a successful commit) or an index matching the original
  HEAD (after a failed commit).

doc: build notmuch-emacs info/html docs, link from index

Although this manual is far from complete, it may be helpful for
someone. In particular building it as part of the standard build
process makes it easier to find problems when editing the
notmuch-emacs-manual.

doc: Emacs manual improvements and expansions

Fix several typos, improve general wording and flow, and add some
information on notmuch-jump.

NEWS: News for notmuch-jump

lib: Simplify close and codify aborting atomic section

In Xapian, closing a database implicitly aborts any outstanding
transaction and commits changes.  For historical reasons,
notmuch_database_close had grown to almost, but not quite duplicate
this behavior.  Before closing the database, it would explicitly (and
unnecessarily) commit it.  However, if there was an outstanding
transaction (ie atomic section), commit would throw a Xapian
exception, which notmuch_database_close would unnecessarily print to
stderr, even though notmuch_database_close would ultimately abort the
transaction anyway when it called close.

This patch simplifies notmuch_database_close to explicitly abort any
outstanding transaction and then just call Database::close.  This
works for both read-only and read/write databases, takes care of
committing changes, unifies the exception handling path, and codifies
aborting outstanding transactions.  This is currently the only way to
abort an atomic section (and may remain so, since it would be
difficult to roll back things we may have cached from rolled-back
modifications).

cli/insert: rehash file writing functions

Make the function calls make more sense as independent building blocks
of the big picture, with clear inputs and outputs. Split up
write_message into two. Improve function documentation. Cleanup and
clarify the error paths.

cli/insert: abstract temporary filename generation

This will clean up the usage. There's the slight functional change of
potentially ending up doing extra gethostname and getpid calls, but
this is neglible.

cli/insert: use a single recursive mkdir function

Combine make_directory() and make_directory_and_parents() into a
single recursive mkdir_recursive() function. Clarify the code and
improve error handling. Improve error messages. Switch to using the
new function in maildir_create_folder(). Constify talloc context.

cli/insert: clean up sync_dir

Clarify the code slightly, improve error messages. Apart from the
error message changes, no functional changes.

cli/insert: rename file copy function

The copying has nothing to do with stdin, so call it copy_fd
instead. While at it, improve documentation and reverse the
parameters, as destination is traditionally the first parameter.

cli/insert: move add_file_to_database to a better place

Move add_file_to_database around to keep the filesystem related
functions grouped together, improving readability. No functional
changes.

cli/insert: rename check_folder_name to is_valid_folder_name

An "is something" predicate conveys the meaning better. While at it,
improve the function documentation and error message. Besides the
error message change, no functional changes.

lib: actually return failures from notmuch_message_tags_to_maildir_flags

The function takes great care to preserve the first error status it
encounters, yet fails to return that status to the caller. Fix it.

emacs: jump: fix compile warning on emacs 23

notmuch-jump uses window-body-width which is not defined in emacs
23. To get around this it does

(unless (fboundp 'window-body-width)
  ;; Compatibility for Emacs pre-24
  (defalias 'window-body-width 'window-width))

This makes sure window-body-width is defined and all should be
well. But it seems that the byte compiler does not realise that this
guarantees that window-body-width will be defined and so, when
compiling with emacs 23, it gives an error

In end of data:
notmuch-jump.el:172:1:Warning: the function `window-body-width' is not known to be defined.

Domo and I came to following on irc: wrap the (unless (fboundp ...))
inside eval-and-compile which ensures that both the test and the
defalias (if needed) happen at both compile and load time.  This fixes
the warning.

python: Add binding for notmuch_query_add_tag_exclude

Implemented as the method `exclude_tag` of the class `Query`. This method takes
one argument, a string containing the name of the tag to exclude.

emacs: Fix coding system in `notmuch-show-view-raw-message'

This fixes the known-broken test of viewing 8bit messages added by the
previous commit.

test: New tests for Emacs charset handling

The test of viewing 8bit messages is known-broken.  The rest pass, but
for very fragile reasons.  The next several commits will fix the
known-broken test and make our charset handling robust.

emacs: Remove redundant NTH argument from `notmuch-get-bodypart-content'.

This can be derived from the PART argument (which is arguably
canonical), so there's no sense in giving the caller an extra foot
gun.

test/emacs: globally force the html renderer to html2text

Previously we did this for a single test, but some other proposed
tests ( id:1398105468-14317-3-git-send-email-amdragon@mit.edu ) show
similar breakage when switching renderers.

debian: re-enable atomicity test on arm64

according to

   https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=757454

the kernel problem which caused this test to fail should be
fixed now

debian: bump SONAME

Note that this is one of those cases where an ABI change is not
obvious from the symbols file. Several previously void functions now
have return codes.

python: bump SONAME

This should have happened in commit 6754ad9f9, but oops.

This was not caught by our test suite because it uses an installed
notmuch library of it cannot find the just built one.

cli: refactor insert

Change insert_message into write_message and move its responsibilities
for indexing the message into the main function, to simplify the control
flow.

ruby: handle return status of database close

Throw an exception if notmuch_database_destroy fails.

go: add return status to database close method

Add return status to the Database.Close() method that calls
notmuch_database_destroy.

python: handle return status of database close and destroy

Throw an exception if notmuch_database_close or notmuch_database_destroy
fail.

lib: bump soname

Adding return values to notmuch_database_close and
notmuch_database_destroy may require bumping the soname.

test: simplify T360-symbol-hiding, use nm instead of objdump

After yet another variation in objdump output caused this test to fail
(on a Debian port, no less), I decided whatever putative benefit we
get from looking at the object files instead of the library isn't
worth the maintenence headache.

This version uses nm -P. nm -P should be portable, and fixed format.
It purposely doesn't use the -D argument, since that is non-POSIX and
nm on GNU/Linux seems do the right thing without it.

It still won't work out of the box on e.g. Mac OS/X. I think the right
thing to do there is to move some more configuration information into
sh.config.

notmuch_thread_get_authors: document match grouping with |

as stated in thread.cc:115

/* Construct an authors string from matched_authors_array and
 * authors_array. The string contains matched authors first, then
 * non-matched authors (with the two groups separated by '|'). Within
 * each group, authors are listed in date order. */

this is, however, not reflected in the public API documentation in
notmuch.h:970. This patch a paragraph explaining how | separates the
group of authors of messages matching the query and those of messages
that do not, but are still contained in the thread.

emacs: jump: sort-order bugfix

default-value needs its argument to be quoted.

Slightly strangely default-value of 't or nil is 't or nil
respectively so the code

(default-value notmuch-search-oldest-first)

just gives the current value of notmuch-search-oldest-first rather
than intended default-value of this variable.

The symptom is that if you are in a search buffer and use notmuch jump
to run a saved search which does not have an explicitly set sort order
then the sort order of the saved-search is inherited from the current
search buffer rather than being the default search order.

Thanks to Jani for finding the bug.

cli: Be more helpful when .notmuch-config does not exist

Previously, if the user ran any subcommand that required a
configuration (e.g., notmuch new) but didn't have a configuration,
notmuch would give the rather un-friendly and un-actionable message

  Error reading configuration file .notmuch-config: No such file or directory

Since this condition is expected for new users, this patch adds
specific handling for the file-not-found case to give a message that
is friendly and actionable.

doc: 'rm -f' potential doxygen temporary output file

Some (older) Doxygen versions do not create such a temporary file.

lib: Fix endless upgrade problem

48db8c8 introduced a disagreement between when
notmuch_database_needs_upgrade returned TRUE and when
notmuch_database_upgrade actually performed an upgrade.  As a result,
if a database had a version less than 3, but no new features were
required, notmuch new would call notmuch_database_upgrade to perform
an upgrade, but notmuch_database_upgrade would return immediately
without updating the database version.  Hence, the next notmuch new
would do the same, and so on.

Fix this by ensuring that the upgrade-required logic is identical
between the two.

lib: Update doc of notmuch_database_{needs_upgrade,upgrade}

Clients are no longer required to call these functions after opening a
database in read/write mode (which is good, because almost none of
them do!).

lib: Return an error from operations that require an upgrade

Previously, there was no protection against a caller invoking an
operation on an old database version that would effectively corrupt
the database by treating it like a newer version.

According to notmuch.h, any caller that opens the database in
read/write mode is supposed to check if the database needs upgrading
and perform an upgrade if it does.  This would protect against this,
but nobody (even the CLI) actually does this.

However, with features, it's easy to protect against incompatible
operations on a fine-grained basis.  This lightweight change allows
callers to safely operate on old database versions, while preventing
specific operations that would corrupt the database with an
informative error message.

lib: Support empty header values in database

Commit 567bcbc2 introduced support for storing various headers in
document values.  However, doing so in a backwards-compatible way
meant that genuinely empty header values could not be distinguished
from the old behavior of not storing the headers at all, so these
required parsing the original message.

Now that we have database features, new databases can declare that all
messages have header values, so if we have this feature flag, we can
use the stored header value even if it's the empty string.

This requires slight cleanup to notmuch_message_get_header, since the
code previously couldn't distinguish between empty headers and headers
that are never stored in the database (previously this distinction
didn't matter).

lib: Report progress for combined upgrade operation

Previously, some parts of upgrade didn't report progress and for
others it was possible for the progress meter to restart at 0 part way
through the upgrade because each stage was reported separately.

Fix this by computing the total amount of work that needs to be done
up-front and updating completed work monotonically.

lib: Reorganize upgrade around document types

Rather than potentially making multiple passes over the same type of
data in the database, reorganize upgrade around each type of data that
may be upgraded.  This eliminates code duplication, will make
multi-version upgrades faster, and will let us improve progress
reporting.

lib: Use database features to drive upgrade

Previously, we had database version information hard-coded in the
upgrade code.  Slightly re-organize the upgrade process around the set
of new database features to be enabled by the upgrade.

lib: Simplify upgrade code using a transaction

Previously, the upgrade was organized as two passes -- an upgrade
pass, and a separate cleanup pass -- so the database was always in a
valid state.  This change substantially simplifies this code by
performing the upgrade in a transaction and combining both passes in
to one.  This 1) eliminates a lot of duplicate code between the
passes, 2) speeds up the upgrade process, 3) makes progress reporting
more accurate, 4) eliminates the potential for stale data if the
upgrade is interrupted during the cleanup pass, and 5) makes it easier
to reason about the safety of the upgrade code.

test: Tests for future version and unknown feature handling

test: Tool to build DB with specific version and features

This will let us test basic version and feature handling.

lib: Database version 3: Introduce fine-grained "features"

Previously, our database schema was versioned by a single number.
Each database schema change had to occur "atomically" in Notmuch's
development history: before some commit, Notmuch used version N, after
that commit, it used version N+1.  Hence, each new schema version
could introduce only one change, the task of developing a schema
change fell on a single person, and it all had to happen and be
perfect in a single commit series.  This made introducing a new schema
version hard.  We've seen only two schema changes in the history of
Notmuch.

This commit introduces database schema version 3; hopefully the last
schema version we'll need for a while.  With this version, we switch
from a single version number to "features": a set of named,
independent aspects of the database schema.

Features should make backwards compatibility easier.  For many things,
it should be easy to support databases both with and without a
feature, which will allow us to make upgrades optional and will enable
"unstable" features that can be developed and tested over time.

Features also make forwards compatibility easier.  The features
recorded in a database include "compatibility flags," which can
indicate to an older version of Notmuch when it must support a given
feature to open the database for read or for write.  This lets us
replace the old vague "I don't recognize this version, so something
might go wrong, but I promise to try my best" warnings upon opening a
database with an unknown version with precise errors.  If a database
is safe to open for read/write despite unknown features, an older
version will know that and issue no message at all.  If the database
is not safe to open for read/write because of unknown features, an
older version will know that, too, and can tell the user exactly which
required features it lacks support for.

new: Don't report version after upgrade

The version number has always been pretty meaningless to the user and
it's about to become even more meaningless with the introduction of
"features".  Hopefully, the database will remain on version 3 for some
time to come; however, the introduction of new features over time in
version 3 will necessitate upgrades within version 3.  It would be
confusing if we always tell the user they've been "upgraded to version
3".  If the user wants to know what's new, they should read the news.

completion: fail silently if _init_completion is not found

The completion script depends on bash-completion 1.90 or later, with
_init_completion function. If that's not present, for some reason, the
completion currently fails with an ugly message, messing up user's
command line:

$ notmuch -bash: _init_completion: command not found

It's better to just not complete

Make parsing of References and In-Reply-To header less error prone

According to RFC2822 References and In-Reply-To headers are supposed
to contain one or more Message-IDs, however older RFC822 allowed
almost any content. When both References and In-Reply-To headers ends
with something else that a Message-ID (see e.g. [1]), the thread
structure presented by notmuch is incorrect. The reason is that
notmuch treats this case as if the email contained no "replyto"
information (see _notmuch_database_link_message_to_parents).

This patch changes the parse_references() function to return the last
valid Message-ID encountered rather than NULL resulting from the last
hunk of text not being the Message-ID.

[1] https://lkml.org/lkml/headers/2014/5/19/864

Add test for incorrect threading of messages

This happens when there is some garbage after the last Message-ID in
the References header. See for example
https://lkml.org/lkml/headers/2014/5/19/864.

emacs: Improved compatibility for window-body-width in Emacs < 24

Fix byte compiler warning "Warning: the function `window-body-width'
is not known to be defined." by moving our compatibility wrapper
before its use and simplify the definition to a defalias for the old
name of the function.

Merge tag 'debian/0.18.1-2'

uploaded to Debian unstable

debian: re-enable atomicity tests on armhf

Commit a33ec9c seems to have fixed the problem on the armhf
porterbox (harris.debian.org).

debian: build with emacs24 by default, disable gdb on arm64

From wookey@debian.org

     id:20140808012130.GT7605@stoneboat.aleph1.co.uk

Fixes for the port in progress of debian to arm64.

notmuch-config: talloc_strdup MAILDIR and NAME environment variables

When defined -- the pointer is soon given to talloc_free() which
expects it to be allocated by talloc.

util: Const version of strtok_len

Because of limitations in the C type system, we can't a strtok_len
that can work on both const string and non-const strings.  The C
library solves this by taking a const char* and returning a char*
in functions like this (e.g., strchr), but that's not const-safe.
Solve it by introducing strtok_len_c, a version of strtok_len for
const strings.

test: Include generated dependencies for test sources

Previously the build system was generating automatic header
dependencies for test sources, but only smtp-dummy was in SRCS, so
only its dependencies were being included.  Add all of the test
sources to SRCS so that the root Makefile.local includes their
dependencies.

new: Report and abort on upgrade failure

Previously the return status of notmuch_database_upgrade went
completely unchecked.

lib: Improve documentation of _notmuch_message_create_for_message_id

Clarify the state of the returned message when
_notmuch_message_create_for_message_id returns
NOTMUCH_PRIVATE_STATUS_NO_DOCUMENT_FOUND.

emacs: Expand default saved searches and add shortcut keys

This should help new users off to a better start with the addition of
more sensible saved searches and default shortcut keys.  Most existing
users have probably customized this variable and won't be affected.

emacs: Introduce notmuch-jump: shortcut keys to saved searches

This introduces notmuch-jump, which is like a user-friendly,
user-configurable global prefix map for saved searches.  This provides
a non-modal and much faster way to access saved searches than
notmuch-hello.

A user configures shortcut keys in notmuch-saved-searches, which are
immediately accessible from anywhere in Notmuch under the "j" key (for
"jump").  When the user hits "j", the minibuffer immediately shows a
helpful table of bindings reminiscent of a completions buffer.

This code is a combination of work from myself (originally,
"notmuch-go"), David Edmondson, and modifications from Mark Walters.

travis: Only notify IRC on success if the previous build failed

Without this, Travis is rather spammy.  Travis will continue to notify
the IRC channel on each build failure, which seems desirable.

lib: Fix slight misinformation in the database schema doc

The database schema documentation made it sound like each mail
document had exactly one on-disk message file, which hasn't been true
for a long time.

lib: Invalidate message metadata in _notmuch_message_gen_terms

Previously, we invalidated stored message metadata in
_notmuch_message_add_term and _notmuch_message_remove_term, but not in
_notmuch_message_gen_terms.  This doesn't currently result in any bugs
because of our limited uses of _notmuch_message_gen_terms, but it may
could cause trouble in the future.

config: read database.path from $MAILDIR if set

Try to read the config parameter database.path from $MAILDIR before
falling back to $HOME/mail

config: read user.name from $NAME if set

Try to read the config parameter user.name from $NAME before taking the
user name from /etc/passwd.

util: Make string-util.h C++-compatible

emacs: Clarify that notmuch-poll-script is deprecated

notmuch-poll-script has long since been deprecated in favor of
post-new hooks, but this wasn't obvious from the documentation.
Update the documentation to make this clear.  Since
notmuch-poll-script could, to some extend, be used to control the path
of the notmuch binary and that use is now clearly discouraged, promote
notmuch-command to a real defcustom instead of just a variable.

emacs: show: make return value of notmuch-show-get-prop explicit

This makes the fact the notmuch-show-get-prop returns nil if the major
mode is neither show not tree explicit.

dump: make dump take Xapian write lock

Dump currently only takes the read lock. Xapian can cope with some
changes while maintaining a read snapshot but with more changes it
fails. Currently notmuch just gives a xapian error.

To avoid this we take the write lock when dumping. This prevents other
notmuch processes from modifying the xapian database preventing this
error.

Discussion with Olly on irc indicates that this is currently the best
solution: in xapian trunk there may be better possibilities using
snapshots but they need to make it to a release and propogate out to
users before we can switch approach.

Finally, this breaks one use case: pipelines of the form

notmuch dump | ... | notmuch restore

According to Olly this is already very fragile: it will only work on
small databases. One of the tests relies on this behaviour so fix that
to store the dump rather than use a pipe.

nmbug: Handle missing @upstream in is_unmerged

If we don't have an upstream, there is nothing to merge, so nothing is
unmerged.  This avoids errors like:

  $ nmbug status
  error: No upstream configured for branch 'master'
  error: No upstream configured for branch 'master'
  fatal: ambiguous argument '@{upstream}': unknown revision or path not in the working tree.
  Use '--' to separate paths from revisions, like this:
  'git <command> [<revision>...] -- [<file>...]'
  'git rev-parse @{upstream}' exited with nonzero value

You might not have an upstream if you're only using nmbug locally to
version-control your tags.

test: Test thread linking in all possible delivery orders

These tests deliver all possible (single-root) four-message threads in
all possible orders and check that notmuch successfully links them
into threads.  These tests supersede and replace the previous and much
less thorough "T260-thread-order" tests.

There are two variants of the test: one delivers messages that
reference only their immediate parent and the other delivers messages
that reference all of their parents.  The latter test is currently
known-broken.

Enable Travis-CI as a backup continuous integration service.

You can access the dashboard at https://travis-ci.org/notmuch/notmuch

emacs: tree/show remove duplicate function

tree overrides notmuch-show-get-prop so that it can use many of the
utility function directly. Now that tree is in mainline the version
from tree can be moved to show and the original overridden show
version dropped.

nmbug: Add a git_with_status helper function

Sometimes we want to catch Git errors and handle them, instead of
dying with an error message.  This lower-level version of git() allows
us to get the error status when we want it.

emacs: set default in notmuch-read-query

This adds the current query as a "default value" to
notmuch-read-qeury. The default value is available via a down-arrow as
opposed to history which is available from the up arrow.

Note if a user presses return in the minibuffer this value is not
returned.

The implementation is simple but notmuch-read-query could be called
via notmuch-search/notmuch-tree etc from any buffer so it makes sense
to put the decision of how to extract the current query in
notmuch-read-query rather than in each of the callers.

nmbug-status: Optionally load the header and footer templates from the config

For folks that don't like the default templates for whatever reason.

nmbug-status: Add the time to the footer's build-date

Our repository [1] has a post-update hook that rebuilds the status
page after each push.  Since that may happen several times a day, we
might as well show the build time (as well as the date) in the footer.

The trailing 'Z' is the ISO 8601 designator for UTC.  Now that we're
showing times, it's nice to be explicit about the timezone we're
using.

The rename from date -> datetime gives us backward-compatibility for
folks that *do* only want the date.  We keep the old date formatting
to support those folks.

[1]: http://nmbug.tethera.net/git/nmbug-tags.git

nmbug-status: Factor out header/footer context into a shared dict

Rather than splitting this context into header-only and footer-only
groups, just dump it all in a shared dict.  This will make it easier
to eventually split the header/footer templates out of this script
(e.g. if we want to load them from the config file).

Move the generated date from the top of the page to the footer.

It's useful reference information, but anyone who wants it will look
for and find it.  We don't need this front-and-center.  Follow the
pattern set by our header template with a triple-quoted string.

The gray <hr> styling is less agressive.  IE uses 'color' for drawing
the rule, while Gecko and Opera use the border or 'background-color'
[1].

[1]: https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=239386

Add a docstring describing the program

Prefer a docstring to a header comment so we can use it as the
ArgumentParser description (formatted with 'nmbug-status --help').
Script readers still have it near the top of the file.  Since it's a
docstring, use PEP 257's summary-line-and-body format [1].

[1]: http://legacy.python.org/dev/peps/pep-0257/#multi-line-docstrings

Add explicit license information

It's nice to have for situations where this script is found outside of
the notmuch source repository (e.g. after being installed).

emacs: search archive tweak

notmuch-search-archive-thread moves to the next line after tagging. In
the normal case this makes sense, but if the region is active, it tags
the whole region and then it doesn't really. Thus only move to the
next line if region is not active.

test: redirect gdb output to a file.

It seems that the normal output redirection in the test suite doesn't
work for gdb, but it's nice to have output in a file for debugging.

devel: news2wiki to recognize yyyy-mm-dd or UNRELEASED as release date

The yyyy-mm-dd (actually \d\d\d\d-\d\d-\d\d) for a bit more restrictive
(and self-documentative) than the \w\w\w\w-... that used to be there and
UNRELEASED so that developers can test the latest NEWS converted to mdwn
format before submitting NEWS patches.

emacs: show: add an update seen function to post-command-hook

Add a function for updating seen messages to the
post-command-hook. This function calls a customizable (by eg
defcustom) function with parameters the start and end of the current
window and that function can decide what to mark read based on that
and the current point.

Since this is in the post-command-hook it should get called after most
user actions (exceptions include user resizing the window) so it
should be possible to make sure the seen status gets updated whether
the user uses notmuch commands like next-message or normal emacs
commands like scroll-up.

It removes all of the old mark read/seen points but introduces a
simple example function that just marks the current message read if it
is open. This function has one small subtlety: it makes sure it
doesn't mark the same message read twice (in the same instance of the
same buffer); otherwise the post-command-hook makes it impossible for
a user to manually mark a message unread.

This fixes the current bugs (imo) that closed messages can be marked
read, and that opening a closed message does not mark it read.

Another advantage of using the post-command-hook any programmatic use
with point passing through a message will not mark it read.

test: make test_emacs call post-command-hook

The unread/read changes will use the post-command-hook. test_emacs
does not call the post-command-hook. This adds a notmuch-test-progn
which takes a list of commands as argument and executes them in turn
but runs the post-command-hook after each one.

The caller can batch operations (ie to stop post-command-hook from
being interleaved) by wrapping the batch of operations inside a progn.

We also explicitly run the post-command-hook before getting the output
from a test; this makes sense as this will be a place the user would
be seeing the information.

emacs: Fix indentation.

Fix the indentation of `notmuch-show-mode-map'.

lib: Start all function names in notmuch-private.h with

As noted in devel/STYLE, every private library function should start
with _notmuch. This patch corrects function naming that did not adhere
to this style in lib/notmuch-private.h. In particular, the old function
names that now begin with _notmuch are

    notmuch_sha1_of_file
    notmuch_sha1_of_string
    notmuch_message_file_close
    notmuch_message_file_get_header
    notmuch_message_file_open
    notmuch_message_get_author
    notmuch_message_set_author

Signed-off-by: Charles Celerier <cceleri@cs.stanford.edu>

test: use sh.config for configuration

build: generate sh.config for feeding configure results to shell scripts

Only include the relevant information.

Amended by David Bremner:

Use a prefix NOTMUCH_ to minimize collisions with other
variables.

docs: remove spurious man page generated from doxygen

There is a doxygen bug about these odd files,

      https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=727796

But it isn't clear if / when a fix will be provided, so just delete it
to avoid e.g. confusing man-to-wiki.pl

NEWS: add minimal item for API change to close/destroy

lib: add return status to database close and destroy

notmuch_database_close may fail in Xapian ->flush() or ->close(), so
report the status. Similarly for notmuch_database_destroy which calls
close.

This is required for notmuch insert to report error status if message
indexing failed.

build: check .git directory existence in srcdir (for out-of-tree builds)

So that $(VERSION) and version.stamp uses the git-describe -based
version data instead of the content of `version' file.

For consistency also the git commands in Makefile[.local] target
`verify-no-dirty-code' uses the git --git-dir=$srcdir/.git ...
commands (inside ifeq($(IS_GIT),yes)). Attempting to make this
target outside of the tree will fail in any case.

doc: postprocess notmuch.3

Remove excess italics from doxygen output. It seems to make no
sense (and is certainly ugly) to italicize the first argument to the
.RI macro.

doc: quiet doxygen warnings

remove some obsolete tags for XML output (which we don't currently
generate in any case)

doc: build and install doxygen api docs

In order to support out of tree builds and avoid hardcoding version
number, generate `doc/config.dox` from configure.

configure: use cc/c++ instead of gcc/g++

Some systems (e.g. FreeBSD 10) do not ship with the GNU Compiler
Collection.  Use generic cc/c++ instead of gcc/g++ (unless the
CC/CXX environment variables are used).

Merge tag '0.18.1'

notmuch 0.18.1 release

version: bump to 0.18.1

Also add precis of NEWS to debian changelog

NEWS: Improve and correct "Fix for phrase indexing" entry

This improves the description of the fix, fixes some typos, and
changes "(re)-indexed" to "indexed" because we have no particular
notion of "re-indexing" a message.

NEWS: quibbles from Tomi

See id:m2vbrsgi7n.fsf@guru.guru-group.fi for details