]> git.notmuchmail.org Git - notmuch/blobdiff - lib/database.cc
lib: Rework interface for maildir_flags synchronization
[notmuch] / lib / database.cc
index 125b37ebb6b5538d4d4d07cf2d6c3eaef2df7ee2..380bbe3daa66e9a878c084b6f1e7fc2b1ace1470 100644 (file)
@@ -22,7 +22,8 @@
 
 #include <iostream>
 
-#include <xapian.h>
+#include <sys/time.h>
+#include <signal.h>
 
 #include <glib.h> /* g_free, GPtrArray, GHashTable */
 
@@ -35,9 +36,15 @@ typedef struct {
     const char *prefix;
 } prefix_t;
 
-/* Here's the current schema for our database:
+#define NOTMUCH_DATABASE_VERSION 1
+
+#define STRINGIFY(s) _SUB_STRINGIFY(s)
+#define _SUB_STRINGIFY(s) #s
+
+/* Here's the current schema for our database (for NOTMUCH_DATABASE_VERSION):
  *
- * We currently have two different types of documents: mail and directory.
+ * We currently have two different types of documents (mail and
+ * directory) and also some metadata.
  *
  * Mail document
  * -------------
@@ -49,8 +56,12 @@ typedef struct {
  *
  *     type:   mail
  *
- *     id:     Unique ID of mail, (from Message-ID header or generated
- *             as "notmuch-sha1-<sha1_sum_of_entire_file>.
+ *     id:     Unique ID of mail. This is from the Message-ID header
+ *             if present and not too long (see NOTMUCH_MESSAGE_ID_MAX).
+ *             If it's present and too long, then we use
+ *             "notmuch-sha1-<sha1_sum_of_message_id>".
+ *              If this header is not present, we use
+ *             "notmuch-sha1-<sha1_sum_of_entire_file>".
  *
  *     thread: The ID of the thread to which the mail belongs
  *
@@ -111,6 +122,51 @@ typedef struct {
  *
  * The data portion of a directory document contains the path of the
  * directory (relative to the database path).
+ *
+ * Database metadata
+ * -----------------
+ * Xapian allows us to store arbitrary name-value pairs as
+ * "metadata". We currently use the following metadata names with the
+ * given meanings:
+ *
+ *     version         The database schema version, (which is distinct
+ *                     from both the notmuch package version (see
+ *                     notmuch --version) and the libnotmuch library
+ *                     version. The version is stored as an base-10
+ *                     ASCII integer. The initial database version
+ *                     was 1, (though a schema existed before that
+ *                     were no "version" database value existed at
+ *                     all). Succesive versions are allocated as
+ *                     changes are made to the database (such as by
+ *                     indexing new fields).
+ *
+ *     last_thread_id  The last thread ID generated. This is stored
+ *                     as a 16-byte hexadecimal ASCII representation
+ *                     of a 64-bit unsigned integer. The first ID
+ *                     generated is 1 and the value will be
+ *                     incremented for each thread ID.
+ *
+ *     thread_id_*     A pre-allocated thread ID for a particular
+ *                     message. This is actually an arbitarily large
+ *                     family of metadata name. Any particular name is
+ *                     formed by concatenating "thread_id_" with a message
+ *                     ID (or the SHA1 sum of a message ID if it is very
+ *                     long---see description of 'id' in the mail
+ *                     document). The value stored is a thread ID.
+ *
+ *                     These thread ID metadata values are stored
+ *                     whenever a message references a parent message
+ *                     that does not yet exist in the database. A
+ *                     thread ID will be allocated and stored, and if
+ *                     the message is later added, the stored thread
+ *                     ID will be used (and the metadata value will
+ *                     be cleared).
+ *
+ *                     Even before a message is added, it's
+ *                     pre-allocated thread ID is useful so that all
+ *                     descendant messages that reference this common
+ *                     parent can be recognized as belonging to the
+ *                     same thread.
  */
 
 /* With these prefix values we follow the conventions published here:
@@ -128,7 +184,7 @@ typedef struct {
  * nearly universal to all mail messages).
  */
 
-prefix_t BOOLEAN_PREFIX_INTERNAL[] = {
+static prefix_t BOOLEAN_PREFIX_INTERNAL[] = {
     { "type",                  "T" },
     { "reference",             "XREFERENCE" },
     { "replyto",               "XREPLYTO" },
@@ -137,13 +193,14 @@ prefix_t BOOLEAN_PREFIX_INTERNAL[] = {
     { "directory-direntry",    "XDDIRENTRY" },
 };
 
-prefix_t BOOLEAN_PREFIX_EXTERNAL[] = {
+static prefix_t BOOLEAN_PREFIX_EXTERNAL[] = {
     { "thread",                        "G" },
     { "tag",                   "K" },
+    { "is",                    "K" },
     { "id",                    "Q" }
 };
 
-prefix_t PROBABILISTIC_PREFIX[]= {
+static prefix_t PROBABILISTIC_PREFIX[]= {
     { "from",                  "XFROM" },
     { "to",                    "XTO" },
     { "attachment",            "XATTACHMENT" },
@@ -198,7 +255,7 @@ notmuch_status_to_string (notmuch_status_t status)
        return "No error occurred";
     case NOTMUCH_STATUS_OUT_OF_MEMORY:
        return "Out of memory";
-    case NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE:
+    case NOTMUCH_STATUS_READ_ONLY_DATABASE:
        return "Attempt to write to a read-only database";
     case NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION:
        return "A Xapian exception occurred";
@@ -282,6 +339,23 @@ find_document_for_doc_id (notmuch_database_t *notmuch, unsigned doc_id)
     return notmuch->xapian_db->get_document (doc_id);
 }
 
+/* Generate a compressed version of 'message_id' of the form:
+ *
+ *     notmuch-sha1-<sha1_sum_of_message_id>
+ */
+static char *
+_message_id_compressed (void *ctx, const char *message_id)
+{
+    char *sha1, *compressed;
+
+    sha1 = notmuch_sha1_of_string (message_id);
+
+    compressed = talloc_asprintf (ctx, "notmuch-sha1-%s", sha1);
+    free (sha1);
+
+    return compressed;
+}
+
 notmuch_message_t *
 notmuch_database_find_message (notmuch_database_t *notmuch,
                               const char *message_id)
@@ -289,13 +363,23 @@ notmuch_database_find_message (notmuch_database_t *notmuch,
     notmuch_private_status_t status;
     unsigned int doc_id;
 
-    status = _notmuch_database_find_unique_doc_id (notmuch, "id",
-                                                  message_id, &doc_id);
+    if (strlen (message_id) > NOTMUCH_MESSAGE_ID_MAX)
+       message_id = _message_id_compressed (notmuch, message_id);
 
-    if (status == NOTMUCH_PRIVATE_STATUS_NO_DOCUMENT_FOUND)
-       return NULL;
+    try {
+       status = _notmuch_database_find_unique_doc_id (notmuch, "id",
+                                                      message_id, &doc_id);
+
+       if (status == NOTMUCH_PRIVATE_STATUS_NO_DOCUMENT_FOUND)
+           return NULL;
 
-    return _notmuch_message_create (notmuch, notmuch, doc_id, NULL);
+       return _notmuch_message_create (notmuch, notmuch, doc_id, NULL);
+    } catch (const Xapian::Error &error) {
+       fprintf (stderr, "A Xapian exception occurred finding message: %s.\n",
+                error.get_msg().c_str());
+       notmuch->exception_reported = TRUE;
+       return NULL;
+    }
 }
 
 /* Advance 'str' past any whitespace or RFC 822 comments. A comment is
@@ -467,6 +551,7 @@ notmuch_database_create (const char *path)
 
     notmuch = notmuch_database_open (path,
                                     NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE);
+    notmuch_database_upgrade (notmuch, NULL, NULL);
 
   DONE:
     if (notmuch_path)
@@ -475,6 +560,17 @@ notmuch_database_create (const char *path)
     return notmuch;
 }
 
+notmuch_status_t
+_notmuch_database_ensure_writable (notmuch_database_t *notmuch)
+{
+    if (notmuch->mode == NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_ONLY) {
+       fprintf (stderr, "Cannot write to a read-only database.\n");
+       return NOTMUCH_STATUS_READ_ONLY_DATABASE;
+    }
+
+    return NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+}
+
 notmuch_database_t *
 notmuch_database_open (const char *path,
                       notmuch_database_mode_t mode)
@@ -483,7 +579,7 @@ notmuch_database_open (const char *path,
     char *notmuch_path = NULL, *xapian_path = NULL;
     struct stat st;
     int err;
-    unsigned int i;
+    unsigned int i, version;
 
     if (asprintf (&notmuch_path, "%s/%s", path, ".notmuch") == -1) {
        notmuch_path = NULL;
@@ -511,14 +607,60 @@ notmuch_database_open (const char *path,
     if (notmuch->path[strlen (notmuch->path) - 1] == '/')
        notmuch->path[strlen (notmuch->path) - 1] = '\0';
 
+    notmuch->needs_upgrade = FALSE;
     notmuch->mode = mode;
     try {
+       string last_thread_id;
+
        if (mode == NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE) {
            notmuch->xapian_db = new Xapian::WritableDatabase (xapian_path,
                                                               Xapian::DB_CREATE_OR_OPEN);
+           version = notmuch_database_get_version (notmuch);
+
+           if (version > NOTMUCH_DATABASE_VERSION) {
+               fprintf (stderr,
+                        "Error: Notmuch database at %s\n"
+                        "       has a newer database format version (%u) than supported by this\n"
+                        "       version of notmuch (%u). Refusing to open this database in\n"
+                        "       read-write mode.\n",
+                        notmuch_path, version, NOTMUCH_DATABASE_VERSION);
+               notmuch->mode = NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_ONLY;
+               notmuch_database_close (notmuch);
+               notmuch = NULL;
+               goto DONE;
+           }
+
+           if (version < NOTMUCH_DATABASE_VERSION)
+               notmuch->needs_upgrade = TRUE;
        } else {
            notmuch->xapian_db = new Xapian::Database (xapian_path);
+           version = notmuch_database_get_version (notmuch);
+           if (version > NOTMUCH_DATABASE_VERSION)
+           {
+               fprintf (stderr,
+                        "Warning: Notmuch database at %s\n"
+                        "         has a newer database format version (%u) than supported by this\n"
+                        "         version of notmuch (%u). Some operations may behave incorrectly,\n"
+                        "         (but the database will not be harmed since it is being opened\n"
+                        "         in read-only mode).\n",
+                        notmuch_path, version, NOTMUCH_DATABASE_VERSION);
+           }
        }
+
+       notmuch->last_doc_id = notmuch->xapian_db->get_lastdocid ();
+       last_thread_id = notmuch->xapian_db->get_metadata ("last_thread_id");
+       if (last_thread_id.empty ()) {
+           notmuch->last_thread_id = 0;
+       } else {
+           const char *str;
+           char *end;
+
+           str = last_thread_id.c_str ();
+           notmuch->last_thread_id = strtoull (str, &end, 16);
+           if (*end != '\0')
+               INTERNAL_ERROR ("Malformed database last_thread_id: %s", str);
+       }
+
        notmuch->query_parser = new Xapian::QueryParser;
        notmuch->term_gen = new Xapian::TermGenerator;
        notmuch->term_gen->set_stemmer (Xapian::Stem ("english"));
@@ -581,6 +723,255 @@ notmuch_database_get_path (notmuch_database_t *notmuch)
     return notmuch->path;
 }
 
+unsigned int
+notmuch_database_get_version (notmuch_database_t *notmuch)
+{
+    unsigned int version;
+    string version_string;
+    const char *str;
+    char *end;
+
+    version_string = notmuch->xapian_db->get_metadata ("version");
+    if (version_string.empty ())
+       return 0;
+
+    str = version_string.c_str ();
+    if (str == NULL || *str == '\0')
+       return 0;
+
+    version = strtoul (str, &end, 10);
+    if (*end != '\0')
+       INTERNAL_ERROR ("Malformed database version: %s", str);
+
+    return version;
+}
+
+notmuch_bool_t
+notmuch_database_needs_upgrade (notmuch_database_t *notmuch)
+{
+    return notmuch->needs_upgrade;
+}
+
+static volatile sig_atomic_t do_progress_notify = 0;
+
+static void
+handle_sigalrm (unused (int signal))
+{
+    do_progress_notify = 1;
+}
+
+/* Upgrade the current database.
+ *
+ * After opening a database in read-write mode, the client should
+ * check if an upgrade is needed (notmuch_database_needs_upgrade) and
+ * if so, upgrade with this function before making any modifications.
+ *
+ * The optional progress_notify callback can be used by the caller to
+ * provide progress indication to the user. If non-NULL it will be
+ * called periodically with 'count' as the number of messages upgraded
+ * so far and 'total' the overall number of messages that will be
+ * converted.
+ */
+notmuch_status_t
+notmuch_database_upgrade (notmuch_database_t *notmuch,
+                         void (*progress_notify) (void *closure,
+                                                  double progress),
+                         void *closure)
+{
+    Xapian::WritableDatabase *db;
+    struct sigaction action;
+    struct itimerval timerval;
+    notmuch_bool_t timer_is_active = FALSE;
+    unsigned int version;
+    notmuch_status_t status;
+    unsigned int count = 0, total = 0;
+
+    status = _notmuch_database_ensure_writable (notmuch);
+    if (status)
+       return status;
+
+    db = static_cast <Xapian::WritableDatabase *> (notmuch->xapian_db);
+
+    version = notmuch_database_get_version (notmuch);
+
+    if (version >= NOTMUCH_DATABASE_VERSION)
+       return NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+
+    if (progress_notify) {
+       /* Setup our handler for SIGALRM */
+       memset (&action, 0, sizeof (struct sigaction));
+       action.sa_handler = handle_sigalrm;
+       sigemptyset (&action.sa_mask);
+       action.sa_flags = SA_RESTART;
+       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
+
+       /* Then start a timer to send SIGALRM once per second. */
+       timerval.it_interval.tv_sec = 1;
+       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+       timerval.it_value.tv_sec = 1;
+       timerval.it_value.tv_usec = 0;
+       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+
+       timer_is_active = TRUE;
+    }
+
+    /* Before version 1, each message document had its filename in the
+     * data field. Copy that into the new format by calling
+     * notmuch_message_add_filename.
+     */
+    if (version < 1) {
+       notmuch_query_t *query = notmuch_query_create (notmuch, "");
+       notmuch_messages_t *messages;
+       notmuch_message_t *message;
+       char *filename;
+       Xapian::TermIterator t, t_end;
+
+       total = notmuch_query_count_messages (query);
+
+       for (messages = notmuch_query_search_messages (query);
+            notmuch_messages_valid (messages);
+            notmuch_messages_move_to_next (messages))
+       {
+           if (do_progress_notify) {
+               progress_notify (closure, (double) count / total);
+               do_progress_notify = 0;
+           }
+
+           message = notmuch_messages_get (messages);
+
+           filename = _notmuch_message_talloc_copy_data (message);
+           if (filename && *filename != '\0') {
+               _notmuch_message_add_filename (message, filename);
+               _notmuch_message_sync (message);
+           }
+           talloc_free (filename);
+
+           notmuch_message_destroy (message);
+
+           count++;
+       }
+
+       notmuch_query_destroy (query);
+
+       /* Also, before version 1 we stored directory timestamps in
+        * XTIMESTAMP documents instead of the current XDIRECTORY
+        * documents. So copy those as well. */
+
+       t_end = notmuch->xapian_db->allterms_end ("XTIMESTAMP");
+
+       for (t = notmuch->xapian_db->allterms_begin ("XTIMESTAMP");
+            t != t_end;
+            t++)
+       {
+           Xapian::PostingIterator p, p_end;
+           std::string term = *t;
+
+           p_end = notmuch->xapian_db->postlist_end (term);
+
+           for (p = notmuch->xapian_db->postlist_begin (term);
+                p != p_end;
+                p++)
+           {
+               Xapian::Document document;
+               time_t mtime;
+               notmuch_directory_t *directory;
+
+               if (do_progress_notify) {
+                   progress_notify (closure, (double) count / total);
+                   do_progress_notify = 0;
+               }
+
+               document = find_document_for_doc_id (notmuch, *p);
+               mtime = Xapian::sortable_unserialise (
+                   document.get_value (NOTMUCH_VALUE_TIMESTAMP));
+
+               directory = notmuch_database_get_directory (notmuch,
+                                                           term.c_str() + 10);
+               notmuch_directory_set_mtime (directory, mtime);
+               notmuch_directory_destroy (directory);
+           }
+       }
+    }
+
+    db->set_metadata ("version", STRINGIFY (NOTMUCH_DATABASE_VERSION));
+    db->flush ();
+
+    /* Now that the upgrade is complete we can remove the old data
+     * and documents that are no longer needed. */
+    if (version < 1) {
+       notmuch_query_t *query = notmuch_query_create (notmuch, "");
+       notmuch_messages_t *messages;
+       notmuch_message_t *message;
+       char *filename;
+
+       for (messages = notmuch_query_search_messages (query);
+            notmuch_messages_valid (messages);
+            notmuch_messages_move_to_next (messages))
+       {
+           if (do_progress_notify) {
+               progress_notify (closure, (double) count / total);
+               do_progress_notify = 0;
+           }
+
+           message = notmuch_messages_get (messages);
+
+           filename = _notmuch_message_talloc_copy_data (message);
+           if (filename && *filename != '\0') {
+               _notmuch_message_clear_data (message);
+               _notmuch_message_sync (message);
+           }
+           talloc_free (filename);
+
+           notmuch_message_destroy (message);
+       }
+
+       notmuch_query_destroy (query);
+    }
+
+    if (version < 1) {
+       Xapian::TermIterator t, t_end;
+
+       t_end = notmuch->xapian_db->allterms_end ("XTIMESTAMP");
+
+       for (t = notmuch->xapian_db->allterms_begin ("XTIMESTAMP");
+            t != t_end;
+            t++)
+       {
+           Xapian::PostingIterator p, p_end;
+           std::string term = *t;
+
+           p_end = notmuch->xapian_db->postlist_end (term);
+
+           for (p = notmuch->xapian_db->postlist_begin (term);
+                p != p_end;
+                p++)
+           {
+               if (do_progress_notify) {
+                   progress_notify (closure, (double) count / total);
+                   do_progress_notify = 0;
+               }
+
+               db->delete_document (*p);
+           }
+       }
+    }
+
+    if (timer_is_active) {
+       /* Now stop the timer. */
+       timerval.it_interval.tv_sec = 0;
+       timerval.it_interval.tv_usec = 0;
+       timerval.it_value.tv_sec = 0;
+       timerval.it_value.tv_usec = 0;
+       setitimer (ITIMER_REAL, &timerval, NULL);
+
+       /* And disable the signal handler. */
+       action.sa_handler = SIG_IGN;
+       sigaction (SIGALRM, &action, NULL);
+    }
+
+    return NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+}
+
 /* We allow the user to use arbitrarily long paths for directories. But
  * we have a term-length limit. So if we exceed that, we'll use the
  * SHA-1 of the path for the database term.
@@ -794,15 +1185,79 @@ notmuch_database_get_directory (notmuch_database_t *notmuch,
 {
     notmuch_status_t status;
 
-    return _notmuch_directory_create (notmuch, path, &status);
+    try {
+       return _notmuch_directory_create (notmuch, path, &status);
+    } catch (const Xapian::Error &error) {
+       fprintf (stderr, "A Xapian exception occurred getting directory: %s.\n",
+                error.get_msg().c_str());
+       notmuch->exception_reported = TRUE;
+       return NULL;
+    }
+}
+
+/* Allocate a document ID that satisfies the following criteria:
+ *
+ * 1. The ID does not exist for any document in the Xapian database
+ *
+ * 2. The ID was not previously returned from this function
+ *
+ * 3. The ID is the smallest integer satisfying (1) and (2)
+ *
+ * This function will trigger an internal error if these constraints
+ * cannot all be satisfied, (that is, the pool of available document
+ * IDs has been exhausted).
+ */
+unsigned int
+_notmuch_database_generate_doc_id (notmuch_database_t *notmuch)
+{
+    assert (notmuch->last_doc_id >= notmuch->xapian_db->get_lastdocid ());
+
+    notmuch->last_doc_id++;
+
+    if (notmuch->last_doc_id == 0)
+       INTERNAL_ERROR ("Xapian document IDs are exhausted.\n");        
+
+    return notmuch->last_doc_id;
+}
+
+static const char *
+_notmuch_database_generate_thread_id (notmuch_database_t *notmuch)
+{
+    /* 16 bytes (+ terminator) for hexadecimal representation of
+     * a 64-bit integer. */
+    static char thread_id[17];
+    Xapian::WritableDatabase *db;
+
+    db = static_cast <Xapian::WritableDatabase *> (notmuch->xapian_db);
+
+    notmuch->last_thread_id++;
+
+    sprintf (thread_id, "%016" PRIx64, notmuch->last_thread_id);
+
+    db->set_metadata ("last_thread_id", thread_id);
+
+    return thread_id;
+}
+
+static char *
+_get_metadata_thread_id_key (void *ctx, const char *message_id)
+{
+    if (strlen (message_id) > NOTMUCH_MESSAGE_ID_MAX)
+       message_id = _message_id_compressed (ctx, message_id);
+
+    return talloc_asprintf (ctx, NOTMUCH_METADATA_THREAD_ID_PREFIX "%s",
+                           message_id);
 }
 
 /* Find the thread ID to which the message with 'message_id' belongs.
  *
- * Returns NULL if no message with message ID 'message_id' is in the
- * database.
+ * Always returns a newly talloced string belonging to 'ctx'.
  *
- * Otherwise, returns a newly talloced string belonging to 'ctx'.
+ * Note: If there is no message in the database with the given
+ * 'message_id' then a new thread_id will be allocated for this
+ * message and stored in the database metadata, (where this same
+ * thread ID can be looked up if the message is added to the database
+ * later).
  */
 static const char *
 _resolve_message_id_to_thread_id (notmuch_database_t *notmuch,
@@ -810,19 +1265,41 @@ _resolve_message_id_to_thread_id (notmuch_database_t *notmuch,
                                  const char *message_id)
 {
     notmuch_message_t *message;
-    const char *ret = NULL;
+    string thread_id_string;
+    const char *thread_id;
+    char *metadata_key;
+    Xapian::WritableDatabase *db;
 
     message = notmuch_database_find_message (notmuch, message_id);
-    if (message == NULL)
-       goto DONE;
 
-    ret = talloc_steal (ctx, notmuch_message_get_thread_id (message));
+    if (message) {
+       thread_id = talloc_steal (ctx, notmuch_message_get_thread_id (message));
 
-  DONE:
-    if (message)
        notmuch_message_destroy (message);
 
-    return ret;
+       return thread_id;
+    }
+
+    /* Message has not been seen yet.
+     *
+     * We may have seen a reference to it already, in which case, we
+     * can return the thread ID stored in the metadata. Otherwise, we
+     * generate a new thread ID and store it there.
+     */
+    db = static_cast <Xapian::WritableDatabase *> (notmuch->xapian_db);
+    metadata_key = _get_metadata_thread_id_key (ctx, message_id);
+    thread_id_string = notmuch->xapian_db->get_metadata (metadata_key);
+
+    if (thread_id_string.empty()) {
+       thread_id = _notmuch_database_generate_thread_id (notmuch);
+       db->set_metadata (metadata_key, thread_id);
+    } else {
+       thread_id = thread_id_string.c_str();
+    }
+
+    talloc_free (metadata_key);
+
+    return talloc_strdup (ctx, thread_id);
 }
 
 static notmuch_status_t
@@ -905,22 +1382,21 @@ _notmuch_database_link_message_to_parents (notmuch_database_t *notmuch,
        const char *parent_thread_id;
 
        parent_message_id = (char *) l->data;
+
+       _notmuch_message_add_term (message, "reference",
+                                  parent_message_id);
+
        parent_thread_id = _resolve_message_id_to_thread_id (notmuch,
                                                             message,
                                                             parent_message_id);
 
-       if (parent_thread_id == NULL) {
-           _notmuch_message_add_term (message, "reference",
-                                      parent_message_id);
-       } else {
-           if (*thread_id == NULL) {
-               *thread_id = talloc_strdup (message, parent_thread_id);
-               _notmuch_message_add_term (message, "thread", *thread_id);
-           } else if (strcmp (*thread_id, parent_thread_id)) {
-               ret = _merge_threads (notmuch, *thread_id, parent_thread_id);
-               if (ret)
-                   goto DONE;
-           }
+       if (*thread_id == NULL) {
+           *thread_id = talloc_strdup (message, parent_thread_id);
+           _notmuch_message_add_term (message, "thread", *thread_id);
+       } else if (strcmp (*thread_id, parent_thread_id)) {
+           ret = _merge_threads (notmuch, *thread_id, parent_thread_id);
+           if (ret)
+               goto DONE;
        }
     }
 
@@ -984,13 +1460,27 @@ _notmuch_database_link_message_to_children (notmuch_database_t *notmuch,
 /* Given a (mostly empty) 'message' and its corresponding
  * 'message_file' link it to existing threads in the database.
  *
- * We first look at 'message_file' and its link-relevant headers
- * (References and In-Reply-To) for message IDs. We also look in the
- * database for existing message that reference 'message'.
+ * The first check is in the metadata of the database to see if we
+ * have pre-allocated a thread_id in advance for this message, (which
+ * would have happened if a message was previously added that
+ * referenced this one).
+ *
+ * Second, we look at 'message_file' and its link-relevant headers
+ * (References and In-Reply-To) for message IDs.
  *
- * The end result is to call _notmuch_message_ensure_thread_id which
- * generates a new thread ID if the message doesn't connect to any
- * existing threads.
+ * Finally, we look in the database for existing message that
+ * reference 'message'.
+ *
+ * In all cases, we assign to the current message the first thread_id
+ * found (through either parent or child). We will also merge any
+ * existing, distinct threads where this message belongs to both,
+ * (which is not uncommon when mesages are processed out of order).
+ *
+ * Finally, if no thread ID has been found through parent or child, we
+ * call _notmuch_message_generate_thread_id to generate a new thread
+ * ID. This should only happen for new, top-level messages, (no
+ * References or In-Reply-To header in this message, and no previously
+ * added message refers to this message).
  */
 static notmuch_status_t
 _notmuch_database_link_message (notmuch_database_t *notmuch,
@@ -998,7 +1488,30 @@ _notmuch_database_link_message (notmuch_database_t *notmuch,
                                notmuch_message_file_t *message_file)
 {
     notmuch_status_t status;
-    const char *thread_id = NULL;
+    const char *message_id, *thread_id = NULL;
+    char *metadata_key;
+    string stored_id;
+
+    message_id = notmuch_message_get_message_id (message);
+    metadata_key = _get_metadata_thread_id_key (message, message_id);
+
+    /* Check if we have already seen related messages to this one.
+     * If we have then use the thread_id that we stored at that time.
+     */
+    stored_id = notmuch->xapian_db->get_metadata (metadata_key);
+    if (! stored_id.empty()) {
+        Xapian::WritableDatabase *db;
+
+       db = static_cast <Xapian::WritableDatabase *> (notmuch->xapian_db);
+
+       /* Clear the metadata for this message ID. We don't need it
+        * anymore. */
+        db->set_metadata (metadata_key, "");
+        thread_id = stored_id.c_str();
+
+        _notmuch_message_add_term (message, "thread", thread_id);
+    }
+    talloc_free (metadata_key);
 
     status = _notmuch_database_link_message_to_parents (notmuch, message,
                                                        message_file,
@@ -1011,8 +1524,12 @@ _notmuch_database_link_message (notmuch_database_t *notmuch,
     if (status)
        return status;
 
-    if (thread_id == NULL)
-       _notmuch_message_ensure_thread_id (message);
+    /* If not part of any existing thread, generate a new thread ID. */
+    if (thread_id == NULL) {
+       thread_id = _notmuch_database_generate_thread_id (notmuch);
+
+       _notmuch_message_add_term (message, "thread", thread_id);
+    }
 
     return NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
 }
@@ -1034,11 +1551,13 @@ notmuch_database_add_message (notmuch_database_t *notmuch,
     if (message_ret)
        *message_ret = NULL;
 
+    ret = _notmuch_database_ensure_writable (notmuch);
+    if (ret)
+       return ret;
+
     message_file = notmuch_message_file_open (filename);
-    if (message_file == NULL) {
-       ret = NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
-       goto DONE;
-    }
+    if (message_file == NULL)
+       return NOTMUCH_STATUS_FILE_ERROR;
 
     notmuch_message_file_restrict_headers (message_file,
                                           "date",
@@ -1080,10 +1599,12 @@ notmuch_database_add_message (notmuch_database_t *notmuch,
            if (message_id == NULL)
                message_id = talloc_strdup (message_file, header);
 
-           /* Reject a Message ID that's too long. */
-           if (message_id && strlen (message_id) + 1 > NOTMUCH_TERM_MAX) {
+           /* If a message ID is too long, substitute its sha1 instead. */
+           if (message_id && strlen (message_id) > NOTMUCH_MESSAGE_ID_MAX) {
+               char *compressed = _message_id_compressed (message_file,
+                                                          message_id);
                talloc_free (message_id);
-               message_id = NULL;
+               message_id = compressed;
            }
        }
 
@@ -1121,6 +1642,13 @@ notmuch_database_add_message (notmuch_database_t *notmuch,
 
        _notmuch_message_add_filename (message, filename);
 
+       /* This is a new message or it has a new filename and as such,
+        * its tags in database either do not exists or might be out
+        * of date. We assign the tags later in notmuch new, but until
+        * then we should not synchronize the tags back to the maildir
+        * flags (if notmuch is configured to do so). */
+       notmuch_message_set_flag(message, NOTMUCH_MESSAGE_FLAG_TAGS_INVALID, TRUE);
+
        /* Is this a newly created message object? */
        if (private_status == NOTMUCH_PRIVATE_STATUS_NO_DOCUMENT_FOUND) {
            _notmuch_message_add_term (message, "type", "mail");
@@ -1141,7 +1669,7 @@ notmuch_database_add_message (notmuch_database_t *notmuch,
        _notmuch_message_sync (message);
     } catch (const Xapian::Error &error) {
        fprintf (stderr, "A Xapian exception occurred adding message: %s.\n",
-                error.get_description().c_str());
+                error.get_msg().c_str());
        notmuch->exception_reported = TRUE;
        ret = NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION;
        goto DONE;
@@ -1149,7 +1677,8 @@ notmuch_database_add_message (notmuch_database_t *notmuch,
 
   DONE:
     if (message) {
-       if (ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS && message_ret)
+       if ((ret == NOTMUCH_STATUS_SUCCESS ||
+            ret == NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID) && message_ret)
            *message_ret = message;
        else
            notmuch_message_destroy (message);
@@ -1166,49 +1695,58 @@ notmuch_database_remove_message (notmuch_database_t *notmuch,
                                 const char *filename)
 {
     Xapian::WritableDatabase *db;
-    void *local = talloc_new (notmuch);
+    void *local;
     const char *prefix = _find_prefix ("file-direntry");
     char *direntry, *term;
     Xapian::PostingIterator i, end;
     Xapian::Document document;
     notmuch_status_t status;
 
-    if (notmuch->mode == NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_ONLY) {
-       fprintf (stderr, "Attempted to update a read-only database.\n");
-       return NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE;
-    }
+    status = _notmuch_database_ensure_writable (notmuch);
+    if (status)
+       return status;
+
+    local = talloc_new (notmuch);
 
     db = static_cast <Xapian::WritableDatabase *> (notmuch->xapian_db);
 
-    status = _notmuch_database_filename_to_direntry (local, notmuch,
-                                                    filename, &direntry);
-    if (status)
-       return status;
+    try {
 
-    term = talloc_asprintf (notmuch, "%s%s", prefix, direntry);
+       status = _notmuch_database_filename_to_direntry (local, notmuch,
+                                                        filename, &direntry);
+       if (status)
+           return status;
 
-    find_doc_ids_for_term (notmuch, term, &i, &end);
+       term = talloc_asprintf (notmuch, "%s%s", prefix, direntry);
 
-    for ( ; i != end; i++) {
-       Xapian::TermIterator j;
+       find_doc_ids_for_term (notmuch, term, &i, &end);
 
-       document = find_document_for_doc_id (notmuch, *i);
+       for ( ; i != end; i++) {
+           Xapian::TermIterator j;
 
-       document.remove_term (term);
+           document = find_document_for_doc_id (notmuch, *i);
 
-       j = document.termlist_begin ();
-       j.skip_to (prefix);
+           document.remove_term (term);
 
-       /* Was this the last file-direntry in the message? */
-       if (j == document.termlist_end () ||
-           strncmp ((*j).c_str (), prefix, strlen (prefix)))
-       {
-           db->delete_document (document.get_docid ());
-           status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
-       } else {
-           db->replace_document (document.get_docid (), document);
-           status = NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID;
+           j = document.termlist_begin ();
+           j.skip_to (prefix);
+
+           /* Was this the last file-direntry in the message? */
+           if (j == document.termlist_end () ||
+               strncmp ((*j).c_str (), prefix, strlen (prefix)))
+           {
+               db->delete_document (document.get_docid ());
+               status = NOTMUCH_STATUS_SUCCESS;
+           } else {
+               db->replace_document (document.get_docid (), document);
+               status = NOTMUCH_STATUS_DUPLICATE_MESSAGE_ID;
+           }
        }
+    } catch (const Xapian::Error &error) {
+       fprintf (stderr, "Error: A Xapian exception occurred removing message: %s\n",
+                error.get_msg().c_str());
+       notmuch->exception_reported = TRUE;
+       status = NOTMUCH_STATUS_XAPIAN_EXCEPTION;
     }
 
     talloc_free (local);
@@ -1254,7 +1792,15 @@ notmuch_tags_t *
 notmuch_database_get_all_tags (notmuch_database_t *db)
 {
     Xapian::TermIterator i, end;
-    i = db->xapian_db->allterms_begin();
-    end = db->xapian_db->allterms_end();
-    return _notmuch_convert_tags(db, i, end);
+
+    try {
+       i = db->xapian_db->allterms_begin();
+       end = db->xapian_db->allterms_end();
+       return _notmuch_convert_tags(db, i, end);
+    } catch (const Xapian::Error &error) {
+       fprintf (stderr, "A Xapian exception occurred getting tags: %s.\n",
+                error.get_msg().c_str());
+       db->exception_reported = TRUE;
+       return NULL;
+    }
 }