Prefer READ_ONLY consistently over READONLY.

Previously we had NOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_ONLY but
NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE which was ugly and confusing. Rename
the latter to NOTMUCH_STATUS_READ_ONLY_DATABASE for consistency.

lib: Consolidate checks for read-only database.

Previously, many checks were deep in the library just before a cast
operation. These have now been replaced with internal errors and new
checks have instead been added at the beginning of all top-levelentry
points requiring a read-write database.

The new checks now also use a single function for checking and
printing the error message. This will give us a convenient location to
extend the check, (such as based on database version as well).

lib: Clarify internal documentation of _notmuch_database_filename_to_direntry

The original wording made it sound like this function was just doing
some string manipulation. But this function actually creates new
directory documents as a side effect. So make that explicit in its
documentation.

notmuch_message_get_filename: Support old-style filename storage.

When a notmuch database is upgraded to the new database format, (to
support file rename and deletion), any message documents corresponding
to deleted files will not currently be upgraded. This means that a
search matching these documents will find no filenames in the expected
place.

Go ahead and return the filename as originally stored, (rather than
aborting with an internal error), in this case.

notmuch new: Never ask the database for any names from a new directory.

When we know that we are adding a new directory to the database, (and
we therefore are using inode rather than strcmp-based sorting of the
filenames), then we *never* want to see any names from the
database. If we get any names that could only make us inadvertently
remove files that we just added.

Since it's not obvious from the Xapian documentation whether new terms
being added as part of new documents will appear in the in-progress
all-terms iteration we are using, (and this might differ based on
Xapian backend and also might differ based on how many new directories
are added and whether a flush threshold is reached).

For all of these reasons, we play it safe and use NULL rather than a
real notmuch_filenames_t iterator in this case to avoid any problem.

lib: Treat NULL as a valid (and empty) notmuch_filenames_t iterator.

This will be convenient to avoid some special-casing in higher-level
code.

notmuch new: Fix bug resulting in file removal on initial build of database.

The bug here was that we would see that the database did not know
anything about a directory so would get results from the filesystem in
inode rather than strcmp order.

However, we wouldn't actually ask for the list of files from the
database until after recursing into the sub-directories. So by the
time we traverse the filenames looking for deletions, the database
*does* have entries and we end up detecting erroneous deletions
because our filename list from the filesystem isn't in strcmp order.

So ask for the list of names from the database before doing any
additions to avoid this problem.

notmuch new: Fix to detect deletions of names at the end of the list.

Previously we only scanned the list of filenames in the filesystem and
detected a deletion whenever that scan skipped a name that existed in
the database. That much was fine, but we *also* need to continue
walking the list of names from the database when the filesystem list
is exhausted.

Without this, removing the last file or directory within any
particular directory would go undetected.

notmuch new: Fix regression preventing addition of symlinked mail files.

As described in the previous commit message, we introduced multiple
symlink-based regressions in commit
3df737bc4addfce71c647792ee668725e5221a98

Here, we fix the case of symlinks to regular files by doing an extra
stat of any DT_LNK files to determine if they do, in fact, link to
regular files.

notmuch new: Fix regression preventing recursion through symlinks.

In commit 3df737bc4addfce71c647792ee668725e5221a98 we switched from
using stat() to using the d_type field in the result of scandir() to
determine whether a filename is a regular file or a directory. This
change introduced a regression in that the recursion would no longer
traverse through a symlink to a directory. (Since stat() would resolve
the symlink but with scandir() we see a distinct DT_LNK value in
d_type).

We fix this for directories by allowing both DT_DIR and DT_LNK values
to recurse, and then downgrading the existing not-a-directory check
within the recursion to not be an error. We also add a new
not-a-directory check outside the recursion that is an error.

Fix typo in comment.

The difference between "now" and "not" ends up being fairly dramatic.

notmuch new: Print counts of deleted and renamed messages.

It's nice to be able to see a report indicating that the recently
added support for detecting file rename and deletion is working.

lib: Indicate whether notmuch_database_remove_message removed anything.

Similar to the return value of notmuch_database_add_message, we now
enhance the return value of notmuch_database_remove_message to
indicate whether the message document was entirely removed (SUCCESS)
or whether only this filename was removed and the document exists
under other filenamed (DUPLICATE_MESSAGE_ID).

lib: Update documentation of notmuch_database_add_message.

Previously, adding a filename with the same message ID as an existing
message would do nothing. But we recently fixed this to instead add
the new filename to the existing message document. So update the
documentation to match now.

Index content from citations and signatures.

In the presentation we often omit citations and signatures, but this
is not content that should be omitted from the index, (especially
when the citation detection is wrong---see cases where a line
beginning with "From" is corrupted to ">From" by mail processing
tools).

notmuch new: Proper support for renamed and deleted files.

The "notmuch new" command will now efficiently notice if any files or
directories have been removed from the mail store and will
appropriately update its database.

Any given mail message (as determined by the message ID) may have
multiple corresponding filenames, and notmuch will return one of
them. When a filen is deleted, the corresponding filename will be
removed from the message in the database. When the last filename is
removed from a message, that message will be entirely removed from the
database.

All file additions are handled before any file removals so that rename
is supported properly.

notmuch new: Store detected removed filenames for later processing.

It is essential to defer the actual removal of any filenames from the
database until we are entirely done adding any new files. This is to
avoid any information loss from the database in the case of a renamed
file or directory.

Note that we're *still* not actually doing any removal---still just
printing messages indicating the filenames that were detected as
removed. But we're at least now printing those messages at a time when
we actually *can* do the actual removal.

notmuch new: Detect deleted (renamed) files and directories.

This takes advantage of the notmuch_directory_t interfaces added
recently (with cooresponding storage of directory documents in the
database) to detect when files or entire directories are deleted or
renamed within the mail store.

This also fixes the recent regression where *all* files would be
processed by every run of "notmuch new", (now only new files are
processed once again).

The deleted files and directories are only detected so far. They
aren't properly removed from the database.

add_files_recursive: Make the maildir detection more efficient.

Previously, we were re-scanning the entire list of entries for every
directory entry. Instead, we can simply check if the entries look like
a maildir once, up-front.

add_files_recursive: Separate scanning for directories and files for legibility.

We now do two scans over the entries returned from scandir. The first
scan is looking for directories (and making the recursive call). The
second scan is looking for new files to add to the database.

This is easier to read than the previous code which had a single loop
and some if statements with ridiculously long bodies. It also has the
advantage that once the directory scan is complete we can do a single
comparison of the filesystem and database mtimes and entirely skip the
second scan if it's not needed.

add_files_recursive: Use consistent naming for array and count variables.

Previously we had an array named "namelist" and its count named
"num_entries". We now use an array name of "fs_entries" and a count
named "num_fs_entries" to try to preserve sanity.

notmuch new: Remove an unnecessary stat of every regular file in the mail store.

We were previousl using the stat for two reasons. One was to obtain
the mtime of the file. This usage was removed in the previous commit,
(since the mtime is unreliable in the case of a file being moved into
the mail store).

The second reason was to identify regular and directory file
types. But this information is already available in the result we get
from scandir.

What's left is simply a stat for each directory in the mailstore,
(which we are still using to compare filesystem mtime with the mtime
stored in the database).

notmuch new: Eliminate the check on the mtime of regular files before adding.

This check was buggy in that moving a pre-existing file into the mail
store, (where the file existed before the last run of "notmuch new"),
does not update the mtime of the file. So the message would never be
added to the database.

The fix here is not practical in the long run, (since it causes *all*
files in the mail store to be processed in every run of "notmuch new"
(!)). But this change will let us drop a stat() call that we don't
otherwise need and will help move us toward proper database-backed
detection of new files, (which will fix the bug without the
performance impact of the current fix).

notmuch new: Fix internal documentation of add_files_recursive.

To make it more clear that the mtime of a directory does not affect
whether further sub-directories are examined, (they are examined
unconditionally).

notmuch new: Rename the various timestamp variables to be more clear.

The previous name of "path_mtime" was very ambiguous. The new names
are much more obvious (fs_mtime is the mtime from the filesystem and
db_mtime is the mtime from the database).

notmuch new: Avoid updating directory timestamp if interrupted.

This was a very dangerous bug. An interrupted "notmuch new" session
would still update the timestamp for the directory in the
database. This would result in mail files that were not processed due
to the original interruption *never* being picked up by future runs of
"notmuch new". Yikes!

notmuch-new: Remove dead add_files_callback code.

Always satisfying to delete code (even if tiny).

Make the add_files function static within notmuch-new.c.

No other files need this function so we don't need it exported in
notmuch-client.h.

Makefiles: Use .DEFAULT to support arbitrary targets from sub directories.

Taking advantage of the .DEFAULT construct means that we won't need to
explicitly list targets such as "clean", etc. in each sub-Makefile.

Add missing comment for NOTMUCH_STATUS_READONLY_DATABASE.

And adjust the string representation of the same to match.

lib: Implement new notmuch_directory_t API.

This new directory ojbect provides all the infrastructure needed to
detect when files or directories are deleted or renamed. There's still
code needed on top of this (within "notmuch new") to actually do that
detection.

Revamp the proposed directory-tracking API slightly.

This commit contains my changes to the API proposed by Keith. Nothing
is dramatically different. There are minor things like changing
notmuch_files_t to notmuch_filenames_t and then various things needed
for completeness as noticed while implementing this, (such as
notmuch_directory_destroy and notmuch_directory_set_mtime).

Prototypes for directory tracking

There's no functionality here yet---just a sketch of what the
interface could look like.

database: Add new, public notmuch_database_remove_message

This will allow applications to support the removal of messages, (such
as when a file is deleted from the mail store). No removal support is
provided yet in commands such as "notmuch new".

database: Add new find_doc_ids_for_term interface.

The existing find_doc_ids function is convenient when the caller
doesn't want to be bothered constructing a term. But when the caller
*does* have the term already, that interface is just wasteful. So we
export a lower-level interface that maps a pre-constructed term to a
document-ID iterators.

database: Make find_unique_doc_id enforce uniqueness (for a debug build)

Catching any violation of this unique-ness constraint is very much in
line with similar, existing INTERNAL_ERROR cases.

database: Abstract _filename_to_direntry from _add_message

The code to map a filename to a direntry is something that we're going
to want in a future _remove_message function, so put it in a new
function _notmuch_database_filename_to_direntry .

database: Allowing storing  multiple filenames for a single message ID.

The library interface is unchanged so far, (still just
notmuch_database_add_message), but internally, the old
_set_filename function is now _add_filename instead.

database: Store mail filename as a new 'direntry' term, not as 'data'.

Instead of storing the complete message filename in the data portion
of a mail document we now store a 'direntry' term that contains the
document ID of a directory document and also the basename of the
message filename within that directory. This will allow us to easily
store multple filenames for a single message, and will also allow us
to find mail documents for files that previously existed in a
directory but that have since been deleted.

database: Split _find_parent_id into _split_path and _find_directory_id

Some pending commits want the _split_path functionality separate from
mapping a directory to a document ID. The split_path function now
returns the basename as well as the directory name.

database: Store directory path in 'data' of directory documents.

We're planning to have mail documents refer to directory documents for
the path of the containing directory. To support this, we need the
path in the data, (since the path in the 'directory' term can be
irretrievable as it will be the SHA1 sum of the path for a very long
path).

database: Export _notmuch_database_find_parent_id for internal use.

We'll soon have mail documents referring to their parent directory's
directory documents, so we'll need access to _find_parent_id in files
such as message.cc.

database: Store the parent ID for each directory document.

Storing the document ID of the parent of each directory document will
allow us to find all child-directory documents for a given directory
document. We will need this in order to detect directories that have
been removed from the mail store, (though we aren't yet doing this).

database: Rename internal directory value from XTIMESTAMP to XDIRECTORY.

The recent change from storing absolute paths to relative paths means
that new directory documents will already be created, (and the old
ones will just linger stale in the database). Given that, we might as
well put a clean name on the term in the new documents, (and no real
flag day is needed).

database: Store directory paths as relative, not absolute.

We were already storing relative mail filenames, so this is consistent
with that. Additionally, it means that directory documents remain
valid even if the database is relocated within its containing
filesystem.

lib: Document that the filename is stored in the 'data' of a mail document

Our database schema documentation previously didn't give any
indication of where this most essential piece of information is
stored.

lib: Rename set/get_timestamp to set/get_directory_mtime.

I've been suitably scolded by Keith for doing a premature
generalization that ended up just making the documentation more
convoluted. Fix that.

lib: Abstract the extraction of a relative path from set_filename

We'll soon be having multiple entry points that accept a filename
path, so we want common code for getting a relative path from a
potentially absolute path.

notmuch new: Remove hack to ignore read-only directories in mail store.

This was really the last thing keeping the initial run of "notmuch
new" being different from all other runs. And I'm taking a fresh
look at the performance of "notmuch new" anyway, so I think we can
safely drop this optimization.

lib: Add missing value to notmuch_private_status_t enum.

And fix the initialization such that the private enum will always have
distinct values from the public enum even if we similarly miss the
addition of a new public value in the future.

notmuch new: Restrict the "not much" pun to the first run.

Several people complained that the humor wore thin very quickly.  The
most significant case of "not much mail" is when counting the user's
initial mail collection. We've promised on the web page that no matter
how much mail the user has, notmuch will consider it to be "not much"
so let's say so. (This message was in place very early on, but was
inadvertently dropped at some point.)

configure: Look for both Xapian 1.1 and 1.0 and allow user override.

The in-development version of Xapian provides a config program named
xapian-config-1.1 while the released version provides a program named
xapian-config instead. By default, we now try each of these in turn,
and we also allow the user to set a XAPIAN_CONFIG environment variable
to explicitly specify a particular program.

emacs: Add instructions to the hidden citations/signatures.

We've received a user report that the hidden citations were annoying
since the user couldn't tell what was being referred to by subsequent
text. Apparently it wasn't obvious enough that the hidden citation
could be revealed by clicking or by pressing Enter. So make the button
text say as much.

emacs: Don't insert extra line after citations.

This extra line had been annoying me for a while, so I'm glad to see
it go away.

emacs: Don't regard a manually indented '>' as introducing a citation.

In the message mentioned in the previous commit, an ASCII diagram was
included in which '>' was used as the first non-whitespace character
in a line. Notmuch previously (and mistakenly) regarded this as a
citation.

We fix this by only regarding a '>' in the first column of an email as
introducing a citation.

emacs: Avoid infinite loop when marking up citations.

Thanks to Dirk Hohndel for reporting the bug. The infinite loop was first
noticed in the following message (available from the Linux kernel mailing list):

alpine.LFD.2.00.0912081304070.3560@localhost.localdomain

Note that the bug does not show up when viewing the message in
isolation---the bug was triggered only when viewing this file indented
to a depth of at least 13.

The fix is simply to use a marker rather than an integer position when
recording a point we plan to move back to later, (since inserting the
indented button causes the buffer position of the desired marker to
change).

Expand scope of items considered when saving attachments

Previously only mime parts that indicated specified a "disposition" of
"attachment" were saved.  However there are time when it is important
to be able to save inline content as well.  After this commit any mime
part that specifies a filename will be considered when saving
attachments.

emacs: Fix '+' and '-' in case of thread no longer matching current search.

Similar to the way thread-viewing was broken after a thread was
archived, (and recently fixed), tag manipulation has also been broken
when the thread no longer matches the current search.

This also means that the behavior of '+' and '-' are now different
than that of '*'. The '+' and '-' bindings now return to the previous
behavior old affecting all messages in the thread, (and not simply
those matching the search).

I actually prefer this behavior, since otherwise a '-' operation on a
thread might not actually remove the tag from the thread, (since it
could operate on a subset of the thread and not hit all messages with
the given tag).

So I'd now like to fix '*' to be consistent with '+' and '-', for
which we add an item to TODO.

notmuch.el: patch notmuch-show to call notmuch show without query-context (i.e. without tag:inbox) if the first query returns nothing.

This fixes the annoying bug of archiving a thread, and then going back
to open it and getting an error.  It needs the notmuch-show API
changing patch of 1259979997-31544-3-git-send-email-david@tethera.net.

notmuch-show: add optional argument for query context instead of using global binding notmuch-search-query-string

Also modify the one call to notmuch-show in notmuch.el.  This makes
the call (notmuch-show thread-id) will work when there is no binding
for notmuch-search-query-string; e.g. when called from user code
outside notmuch.

notmuch-search-process-filter: add text properties for authors and subject to each line

Add functions notmuch-search-find-authors and notmuch-find-subject to
match notmuch-find-thread-id.  These functions are just a wrapper
around get-text-property, but in principle that could change.

TODO: Add idea for an --exclude-threads options to "notmuch search".

This would provide support for "muted" threads, as well as allowing for negative
filtering based on messages not matched by the original search, (but present in
threads that do have at least one matched message).

Nuke the remainings of _notmuch_message_add_thread_id.

The function _notmuch_message_add_thread_id has been removed
from the private interface of notmuch. There's no reason for
one to keep a declaration of its prototype in the code base.
Also, lets update a commentary that referenced that function
and escaped from previous scrutiny.

Signed-off-by: Fernando Carrijo <fcarrijo@yahoo.com.br>

TODO: Note that we should report when two "copies" of a message differ.

Marten Veldthuis pointed out on the mailing list that intentional
spoofing is something that the user should be told about.

Revert "Add some very rudimentary support for handling html parts"

This reverts commit ed16edc94d6a50ca86ff1575d9ea6fb9168b2e81.

The performance hit is just far too severe, (threads with many HTML
messages make emacs stop and pause for seconds before displaying the
thread even if most of the HTML messages are entirely hidden).

fix Makefile.local to install bash completion definitions as not executable

Makefile: Mention "./configure --help" now that it exists.

Since we're directing the user to ./confgiure for more options,
actually tell the user how to discover what those options are.

configure: Implement a --help option to document --prefix.

Also document that values for CC, CFLAGS, etc. can be specified
via environment variables.

Makefile: Silence compiler errors during dependency generation.

We have a bootstrapping issue with our dependency generation. When the
Makefile.config doesn't exist yet, the complete compilation flags are
not yet available for passing to the compiler to generate the
dependencies.

But we don't have explicit rules to create these dependency files,
(just the implicit rule that is created by the -include), so we can't
control when make will attempt to create them.

We do have a dependency of the dependency files on Makefile.config, so
make should eventually call the compiler with the correct flags and
everything should be good. So in the meantime, silence any complaints.

Makefile: Inform user that they might want to call ./configure explicitly.

If the Makefile does this for the user, then no arguments are passed. So
it's only polite to let the user know that it's possible to get pass those
arguments.

configure: Support the capturing of CFLAGS and CXXFLAGS at configure time.

These variables can now be set via configure time via environment
variables like so:

CFLAGS=-g ./configure

and subsequent builds will remember these values. The values can
still be overridden at compile time by passing make variables:

      make CFLAGS=-O2

The CXXFLAGS variable is optional. If unset at either configure
time or at compile time, it will inherit its value from the
CFLAGS variable. (Though if explicitly set at configure time
it must be explicitly overriden at compile time---just overriding
CFLAGS will not override CXXFLAGS as well.)

Fix quiet compilation to print the user's CFLAGS, CXXFLAGS, LDFLAGS.

The only reason I ever call "make V=1" myself, (other than when
debugging the compiler command-line for some reason), is to ensure
whether my CFLAGS, (like "-g -O0" or "-O2"), are actually making it to
the command-line.

But these are hard to find in the V=1 output, and really, we should
just print these even in the quiet case. So do that.

TODO: Note about adding "notmuch search --matching"

This bug was recently discussed on the mailing list:

id:878wdifu13.fsf@yoom.home.cworth.org

so note one idea for fixing it.

Fix option parsing for the case of a value with '='.

To support this we need to match the longest-possible suffix and then
strip the shortest-possible prefix.

Fix configure script to handle --prefix=

Reviewed-by: Carl Worth <cworth@cworth.org>:
This is really the fundamental thing that people expect a configure
script to do, so it's important to support it.

* notmuch-config: fix small leak from 'g_key_file_to_data'

Signed-off-by: Dirk-Jan C. Binnema <djcb.bulk@gmail.com>

Make search filters handle disjunctive queries.

notmuch-search-filter now accepts an arbitrary query and will group if
necessary so that we get

  tag:inbox AND (gravy OR biscuits)

instead of the former

  tag:inbox AND gravy OR biscuits

Signed-off-by: Jed Brown <jed@59A2.org>

Remove unused notmuch_parse_date function prototype.

notmuch_parse_date is not implemented, so remove the unused function
prototype.

Signed-off-by: Jeffrey C. Ollie <jeff@ocjtech.us>

configure: Tweak the working of the example commands slightly.

Basically just getting better parallelism between the descriptions of
the Defora and Debian commands. (And fixing a nearby typo.)

Add some text to configure on how to install dependencies with yum.

Add some text on how to install dependencies with yum for Fedora or
other systems that use yum for package management.  Since the named of
the required packages on Fedora are slightly different from Debian
this will help get new users of notmuch that use Fedora going quicker.

Signed-off-by: Jeffrey C. Ollie <jeff@ocjtech.us>

notmuch-reply: Display reply message part using UTF-8.

Pass the message through the charset filter so that we can view
messages wrote in different charset encoding.

Signed-off-by: Kan-Ru Chen <kanru@kanru.info>

vim: preserve the 'show everything' flag when finding next/prev buffer

When show mode is invoked it could be displaying just the matched messages
or everything.  This flag is passed to NM_search_show_thread().  It is then
stored in a buffer variable, b:nm_show_everything, and used for subsequent
calls to NM_search_show_thread() triggered by <Space>, <C-n> and <C-p>.

Signed-off-by: Bart Trojanowski <bart@jukie.net>

emacs: Open only matched (and unread) messages when displaying a thread.

This is the long-awaited feature that when viewing a thread resulting
from a search, only the messages that actually match the search will
be opened initially (in addition to unread messages).

So now, it's finally useful to tag a single message in a giant thread,
and then do a search later and easily find just the single tagged
message.

emacs: Make message-summary button extend to very beginning of message.

There's no visible change here---we're just making the button extend
through the invisible portions of the message before the
message-summary line. The reason this is important is that it's easy
for the user to position point at the (invisible) `point-min', so we
want to ensure that there's a valid button there.

Since we know what these buttons do it seems like the underlines are
unnecessary.

emacs: notmuch-fontify-headers: Remove unneeded progn and indent correctly.

The defun special form doesn't require a progn. And the remainder
of the function was previously indented in a misleading way, (as
if each "if" was always evaluated, rather than each only being
evaluated if all the previous evaluated to nil).

emacs: Make message-summary button begin at beginning of line.

Otherwise, RET is unreliable for opening/closing messages when
navigating through messages with 'n' and 'p'.

emacs: Highlight message-summary with background-color instead of inverse video.

Also, do this with a notmuch-message-summary-face variable so that
the user can easily customize the desried effect.

emacs: Make the message-summary highlighting extend to end of visible line.

This will look much nicer than the highlighting terminating at the
end of the summary text.

emacs: Fix notmuch-show-next-open-message.

This function was still implemented in terms of the old, global toggle
for visibility of unread messages, (which no longer exists). Fix it to
use the local 'invisibility-spec property on the button controlling
message visibility.

TODO, emacs: Correct a few typos.

Sometime I'll stop misspelling things so much, honets.

TODO: Add some tasks, delete some tasks.

A new item from IRC discussion, (speeding up "notmuch restore"), as
well as a bug I just hit myself, (content from citations is not being
indexed).

While here, notce that several items have recently been completed ('?'
now displays documentation, not function names; we have a search
binding from notmush-show-mode; and "notmuch new" responds to SIGINT
by flushing). Finally, the item regarding optimizing chunky searching
is irrelevant since we dropped chunky searching in favor of the much
better streamed searching.

notmuch show: Preserve thread-ordering and nesting without --entire-thread

When "notmuch show" was recently modified to not show an entire thread
by default, it also lost all capability to properly order the messages
in a thread and to print their proper depth. For example, the command:

notmuch show thread:6d5e3e276461188c5778c9f219f63782

had dramatically different output than:

notmuch show --entire-thread thread:6d5e3e276461188c5778c9f219f63782

even though both commands were selecting and displaying the same set
of messages. The first command would diplay them "flat", (all with
depth:0), and in strict date order; while the second command would
display them "nested" (with depth based on threading), and in thread
order.

We now fix "notmuch show" without the --entire-thread option to also
display nested and thread-ordered messages.

If some messages in the thread are not included in the displayed
results, then they are not counted when computing depth values.

notmuch.1: Document the new --entire-thread option to "notmuch show".

This was added to "notmuch help" earlier, but not to the man page.
Add it there, and use consistent wording in both places.

emacs: Add --entire-thread option to "notmuch show" command line.

We (plan to) do any hiding of messages from within emacs, so don't
let notmuch hide messages from us.

vim: use notmuch show --entire-thread

notmuch show: limit display to only matching messages

This patch changes the default behaviour of notmuch show to display only
messages that match the search expression.  However, --entire-thread
option is provided to display all messages in threads that matched the
search expression.

It is deemed that will be more useful for human users on the command line.
Scripts can be modified to include the --entire-thread option so that they
can display all messages once more.

Example:

$ notmuch search subject:git AND thread:23d99d0f364f93e90e15df8b42eddb5b
thread:23d99d0f364f93e90e15df8b42eddb5b      July 31 [4/12] Johan Herland; [RFCv2 00/12] Foreign VCS helper program for CVS repositories (inbox unread)

Note that in this thread 4 out of 12 messages matched.  The default show
behaviour is to show only those messages that match:

$ notmuch show subject:git AND thread:23d99d0f364f93e90e15df8b42eddb5b | grep 'message{' | wc -l
4

With the --entire-thread option the output will contain all dozen
messages:

$ notmuch show --entire-thread subject:git AND thread:23d99d0f364f93e90e15df8b42eddb5b | grep 'message{' | wc -l
12

Signed-off-by: Bart Trojanowski <bart@jukie.net>

configure: Allow user to specify compiler to be used.

The environment variables CC and CXX can be set at configure time to
specify what compiler to use. This compiler will be used for any
configure-time compilation, and will also be recorded in
Makefile.config to be used during the actual build.

The compiler to be used can still be overridden at build time by using
a make variable such as:

make CC=gcc

configure: Generate more friendly Makefile.config with separated CFLAGS

Each dependency now gets its own variable in the resulting
Makefile.config to make it much easier to debug where the various
flags came from in the case of any problems.

configure: Clarify pkg-config warning now that Makefile does not invoke pkg-config.

It's probably a bit more work to use this configure script without
pkg-config, but it's at least possible, (and we could make it even
easier if this becomes an important use case).