CLI: set NOTMUCH_CONFIG in hooks.

This addresses a bug report / feature request of Uwe Kleine-König. The
assumption is that we always load a config file in the CLI (i.e. we
never pass "" as the config file argument to
notmuch_database_open_with_config).

[1]: id:8baa58c3-7ab9-ec03-1bbd-28aa5be838f2@kleine-koenig.org

test: add known broken tests for setting NOTMUCH_CONFIG in hooks

Setting this according to --config was requested by Uwe
Kleine-König. There are some other ways that the configuration file
might be found in current notmuch, so check those as well.

As a bonus, fix a bug in the hook tests that left NOTMUCH_CONFIG set
even though a config file was provided via NOTMUCH_PROFILE.

[1]: id:8baa58c3-7ab9-ec03-1bbd-28aa5be838f2@kleine-koenig.org

debian: install notmuch-git

Use a separate binary package to avoid dragging in dependencies on
python and git for those that do not want them.

CLI/git: add safety checks for checkout and commit

Commits or checkouts that modify a large fraction of the messages in
the database should be relatively rare (and in some automated process,
probably non-existent). For initial setup, where such operations are
expected, the user can pass --force.

CLI/git: support configuration for repo location / prefix

This is probably more convenient than always passing a command line
argument.

Use notmuch-config for consistency with other notmuch CLI tools.

Now that there is something relevant in the config files, test the
--config option.

CLI/git: change defaults for repo and prefix

The previous defaults were not suitable for personal (i.e. not
bugtracking for notmuch development) use.

Provide two ways for the user to select nmbug compatible defaults;
command line argument and checking the name of the script.

doc/notmuch-git: initial documentation

This is mainly derived from the various help outputs from the script,
with some massaging of markup and addition of links.

CLI/git: cache git indices

If the private index file matches a previously known revision of the
database, we can update the index incrementally using the recorded
lastmod counter. This is typically much faster than a full update,
although it could be slower in the case of large changes to the
database.

The "git-read-tree HEAD" is also a bottleneck, but unfortunately
sometimes is needed. Cache the index checksum and hash to reduce the
number of times the operation is run. The overall design is a
simplified version of the PrivateIndex class.

CLI/git: add @timed decorator, time a few functions

Perf will show which binaries are using the CPU cycles, and standard
python profilers will show which python functions, but neither is
great at finding which call to an external binary is taking time, or
locating I/O hotspots.

CLI/git: replace enumeration of tags with sexp query.

Unlike the (current) infix query parser provided by Xapian, the
notmuch specific sexp query parser supports prefixed wildcard queries,
so use those. In addition to being somewhat faster, this avoids
needing to escape all of the user's tags to pass via the shell.

test/git: add known broken test for tag with quotes.

There is current insufficient sanitization and/or escaping of tag names
internally in notmuch-git.

CLI/git: suppress warnings about initial branch name

The canonical nmbug repository still uses "master" as the main branch
name, so defer any potential switch away from that name.

CLI/git: rename environment variables.

Although the code required to support both new and old environment
variables is small, it complicates the semantics of configuration, and
make the documentation harder to follow.

test: initial tests for notmuch-git

Exercise the main functionality of notmuch-git.  add_git_repos() will
hopefully be simplifed when an init subcommand is added.

CLI/git: Add an 'init' command

For folks that want to start versioning a new tag-space, instead of
cloning one that someone else has already started.

The empty-blob hash-object call avoids errors like:

  $ nmbug commit
  error: invalid object 100644 e69de29bb2d1d6434b8b29ae775ad8c2e48c5391 for
'tags/...'
  fatal: git-write-tree: error building trees
  'git HASH(0x9ef3eb8) write-tree' exited with nonzero value

David Bremner suggested [1]:

  $ git hash-object -w /dev/null

instead of my Python version of:

  $ git hash-object -w --stdin <&-

but I expect that closing stdin is more portable than the /dev/null
path (which doesn't exist on Windows, for example).

The --bare init and use of NMBGIT as the work tree (what could go
wrong with an empty commit?) are suggestions from Michal Sojka [2].

[1]: id:87y4vu6uvf.fsf@maritornes.cs.unb.ca
     http://thread.gmane.org/gmane.mail.notmuch.general/18626/focus=18720
[2]: id:87a93a5or2.fsf@resox.2x.cz
     http://thread.gmane.org/gmane.mail.notmuch.general/19495/focus=19767

CLI/git: make existance of config branch optional on clone

This branch is actually only used by an associated
utility (notmuch-report), and notmuch-git works fine without it.

notmuch-git: add --git-dir, --tag-prefix arguments

It is often more convenient to use command line arguments than
environment variables.

CLI/git: drop support for python < 3.2

Debian stable had python 3.4.2 3 releases ago (approximately 6 years
ago), so attempting to keep track of the changes in python is probably
no longer worthwhile. We already require python 3.5 for the
python-cffi bindings (although those are not yet used in notmuch-git).

nmbug: promote to user tool "notmuch-git"

Initially just a rename, and drop the --version argument that clashes
with the global notmuch --version argument.

emacs: use message-dont-reply-to-names when composing replies

notmuch-mua functions for replies now use the built-in customizable
variable message-dont-reply-to-names with the same semantics as
message-mode.

emacs: Make notmuch-show-next-thread return nil on failure

Having notmuch-show-next-thread return non-nil on success and nil on
failure makes it easier for users to interact with notmuch via elisp.

This commit changes notmuch-search-show-thread too since the return
value of notmuch-show-next-thread depends on notmuch-search-show-thread.

Amended by db: fix whitespace in T450-emacs-show

CLI: document handling of --config for external commands

Create a section of the notmuch(1) manpage to have some place to put
this documentation.

CLI: pass --config to external commands via NOTMUCH_CONFIG.

This makes `notmuch --config foo external-subcommand` work
consistently with the built in subcommands.

test: initial tests for external commands

The main goal is to test the setting of NOTMUCH_CONFIG, but also
include a basic sanity test for execing scripts.

CLI: mention sexp-queries in help topics, alphabetize

There does not seem to be an easy way to automate maintaining this
list, but new topics are not added very often.

CLI: simplify help command

This will allow "notmuch help" to work for arbitrary external commands
and for any added non-command topics (such as notmuch-sexp-queries).

emacs: change where notmuch-mua-mail moves point

Move point to the position that makes the most sense instead of always
moving point to the TO.  This is useful when TO/SUBJECT are passed as
argument.

Amended by db: move news item to UNRELEASED.

emacs: notmuch-show-header-line: allow format strings and functions

If a string value is assigned to notmuch-show-header-line, it's used
as a format string to be passed passed to format-spec with `%s`
substituted by the message's subject.  If a function is given, it's
called with the subject as argument, and its return value used as
header line.

As before, t means displaying the subject and nil not using any header
line.

Signed-off-by: jao <jao@gnu.org>
Amended-by: db, docstring spelling fix

test: replace deprecated use of notmuch_database_create

Like notmuch_database_open, we need to conditionally print the error
message.

test: replace deprecated use of notmuch_database_open

This is a bit more involved than replacing the use of
notmuch_database_open_verbose, as we have to effectively inline the
definition of notmuch_database_open.

test: replace deprecated use of notmuch_database_open_verbose

We need to do it some day, and it is a bit annoying to read
deprecation messages in broken tests.

doc/emacs: document a few notmuch-hello customizable variables.

A user asked about the thousands separator on IRC, and I had to check
the source.

test: make T450 independent of application/octet-stream interpretation

The actual content type of `application/octet-stream` is up to content
type detection of the reader, and thus may not be stable across
implementations or versions. This showed up when

fd46fc19 ("emacs:  document/defcustom notmuch-multipart/alternative-discouraged", 2022-05-14)

introduced a test for omitting a part of type `text/html` because it
expected a part of type `application/octet-stream` to remain in place,
i.e. a part of "unstable type". In particular, tests with `fd46fc19`
would succeed on RHEL/EPEL but fail on all current Fedoras with

```
 FAIL   multipart/alternative hides html by default
--- T450-emacs-show.16.notmuch-show-multipart-alternative 2022-05-26 15:34:42.100557244 +0000
+++ T450-emacs-show.16.OUTPUT 2022-05-26 15:34:42.102557207 +0000
@@ -24,7 +24,7 @@
 uses 64 as the
 buffer size.
 [ text/html (hidden) ]
-[ 0001-Deal-with-situation-where-sysconf-_SC_GETPW_R_SIZE_M.patch: application/octet-stream (as text/x-diff) ]
+[ 0001-Deal-with-situation-where-sysconf-_SC_GETPW_R_SIZE_M.patch: application/octet-stream (as text/x-patch) ]
 From e3bc4bbd7b9d0d086816ab5f8f2d6ffea1dd3ea4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
 From: Alexander Botero-Lowry <alex.boterolowry@gmail.com>
 Date: Tue, 17 Nov 2009 11:30:39 -0800
```

due to the different type detected.

Fix this by giving that message a specicific type of `text/x-diff` in
the test corpus, and adjust all affected test outputs.

Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>
Amended-by: db, fix some trailing whitespace

Merge branch 'release'

lib/message: use false from stdbool.h

As far as I know, this is just a style / consistency thing, unless
notmuch code starts defining FALSE inconsistently with false.

merge uninitialized field fix from release

lib: fix uninitialized field in message objects.

Initially reported by Eliza Vasquez [1] (via valgrind).

[1]: id:87o7zxj086.fsf@eliza.

emacs:  document/defcustom notmuch-multipart/alternative-discouraged

This variable is important for people who want to change the default
behaviour when displaying multipart/alternative messages.  Previously
it was undocumented.  Add a defcustom to help users and copy some
documentation from the wiki. The usual machinery of re-using
docstrings is a bit tricky to use here because it mangles the example
lisp code, and the link to the info node should not be in e.g. the
html page.

Add a simple test to make sure the switch from defvar to defcustom did
not break something obvious.

doc: define and use semantic markup for configuration items

This makes sure each configuration item is cross referenceable without
extra markup, and also adds index entries.

emacs/reply: restrict what mime types are inlined by default

Apply the previously factored-out function used by notmuch-show.

emacs: factor out calculation of mm-inline-override-types

The intended use case of this new function is to make reply behaviour
track that of show with respect to attachments.

Also fix the glob (which worked by fluke) into the documented regexp.

test: add known broken test for inlining in emacs/reply

The same mitigation already applied for show should also be applied
for reply

test/emacs: add regression test for display of tar attachments

These should continue to display as buttons by default, even as we
update the handling for reply.

test: start corpus for attachments

Initially these are to test the emacs frontend.

doc/emacs: document notmuch-show-toggle-toggle-elide-non-matching

Recently there was a question on the mailing list about the existence
of this function, so let us try to make it more discoverable.

doc/sexp-queries: be more consistent about ending example text

Most, but not all of the the explanatory texts already end in
'.'. This makes the remainder match.

doc/sexp-queries: fix example

Update the explanatory text to match the query.

doc/sexp-queries: escape @ in non-verbatim text

This prevents sphinx-doc from creating spurious mailto: links. Thanks
to Jakub Wilk for telling me about the fix.

Merge branch 'release'

debian: changelog for 0.36-1

NEWS: set release date

version: bump to 0.36

Merge branch 'release'

NEWS: user visible changes for 0.36

NEWS: fix location for notmuch-web

It actually lives under 'devel/', not 'contrib/`.

configure: avoid warning with -Wall

7228fe68 ("configure: restructure gmime cert validity checker code",
2022-04-09) restructured generated C code to repurpose it later on. This
put usage of `validity` within an `#if`, resulting in an "unused
warning" if that `#if` is not executed.

Put the variable declariation inside the same if branch and, thus,  quel
the warning.

Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>

debian: changelog for 0.36~rc1-1

version: bump to new release candidate

fix build without sfsexp

a1d139de ("lib: add sexp: prefix to Xapian (infix) query parser.",
2022-04-09) introduced sfsexp infix queries. This requires the infix
preprocessor to be built in in a way which does not require sfsexp when
notmuch is built without it.

Make the preprocessor throw a Xapian error in this case (and fix the
build).

Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>

release: automate upload of pre-release tarballs

The tarballs were requested by some distro-packagers, and this
automation will hopefully reduce the number of errors from the current
manual process.

release: save more release files to releases/

The main change is to move the signatures to releases/ when invoking
the pre-release target; also stash the debian symlink for the release
target.

NEWS: add header for 0.36

debian: changelog for 0.36~rc0-1

version: bump to 0.36~rc0

lib: add sexp: prefix to Xapian (infix) query parser.

This is analogous to the "infix" prefix provided by the s-expression
based query parser.

test/sexp: add test for and of stemmed terms.

Previously only singled stemmed terms were tested.

configure: clean up new test source and binary files.

The previous source was renamed and a new binary generated in
commit 8723e707c15f7b435f07f5d5ea693496bb9769bb.

debian: don't skip test smime.4

The test is fixed now.

test/smime: fix signature verification test with newer gmime.

The extra machinery to check for the actual output format is justified
by the possibility that distros may patch this newer output format
into older versions of gmime.

Amended-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>
Signed-off-by: Michael J Gruber <git@grubix.eu>
Amended-again-by: db

configure: restructure gmime cert validity checker code

The goal is to generalize this to also check the output format of
g_mime_certificate_get_email.

Merge branch 'release'

debian: upload 0.35-2 ; disable failing test

We should fix this flaky test upstream, but for now, fix the build.

test: unset XDG_DATA_HOME and MAILDIR for tests.

The some of the tests (and the library functions they exercise) that
rely on XDG_CONFIG_HOME also check XDG_DATA_HOME and MAILDIR.

lib: do not phrase parse prefixed bracketed subexpressions

Since Xapian does not preserve quotes when passing the subquery to a
field processor, we have to make a guess as to what the user
intended. Here the added assumption is that a string surrounded by
parens is not intended to be a phrase.

test: known broken tests for bracketed terms in subject

The heuristics in the field processor currently incorrectly trigger
phrase parsing.

emacs: whitespace cleanup for keybindings

Changing the width of a column requires rewriting all the rows.

emacs: Document undo binding.

This messes up whitespace, which will require a global change to fix.

emacs: redirect undo to notmuch-tag-undo

The double remap is a bit ugly, but it seems better than adding
another layer of keymaps for those modes where notmuch-tag-undo makes
sense.

emacs: add notmuch-tag-undo

Keybindings are deferred to a future commit.

emacs/tag: keep tag history

This buffer local list will be used to provide an undo facility for
tagging operations. Keeping history can be disabled with the new
OMIT-HIST option.

emacs: remove non-batch code path from function notmuch-tag

It is no slower (according to T06-emacs) to use batch for everything,
and it simplifies the code.

perf-test: emacs tagging

Time tag operations, to see if it is worthwhile keeping both the
batch and the non-batch calls to notmuch tag.

perf-test: allow running test_emacs from performance test suite.

test_require_external prereq has to move to test-lib-common.sh, and
the new shell functions print_emacs_header and time_emacs are provided.

The somewhat indirect way of printing the output is to avoid the extra
"" present on string values from emacsclient.

test/emacs: split out tagging related tests

T310-emacs is one of the largest and longest running sets of
tests. Splitting out the tagging operations will help maintainability
as well as potentially improve the parallel running time of the test
suite. Some slowdown in running the tests sequentially may result
since there is repeated setup.

test: split variable settings to their own file

This allows sharing more variable settings between the (correctness)
tests and the performance-tests. Unfortunately it seems a bit tricky
to move settings to test-lib-common.sh, as that is sourced late in
test-lib.sh, and moving it earlier breaks things.

doc/emacs: add minimal documentation for notmuch-unthreaded mode.

If nothing else it means the mode is discoverable by browsing the
documentation, and also provides a target for links when enumerating
modes.

devel/notmuch-web: single user web front end using python-cffi

Originally contributed by Brian Sniffen [1]. Quite a few unpublished
fixes from Daniel Kahn Gilmour. We've been running it a few years now
as the "official" archive of the notmuch mailing list. There also a
few fixes from myself and Austin Ray. Finally I converted it to the
new python bindings.

This commit squashes the several years of development history and
moves it under devel, in recognition of the now established role it
plays in the project infrastructure.

[1]: id:87tvyvp4f2.fsf@istari.evenmere.org

removed use of 'echo -n' (and echo -n -e ...)

In most cases used printf %s ... instead.

echo -n > file  lines to create empty / truncate files were
changed to : > file lines, like done in in test-lib-emacs.sh

And one echo -n "  " replaced with use of sed "s/^/  /" in next line.

doc: use hyperlinks for config options in notmuch-insert(1)

The tradeoff is no bold/italic in the man pages to get actual
hyperlinks in the html output.

doc: add configuration section to notmuch-insert(1)

This is partially redudant given some existing cross references, but
it is useful to have all of the config keys listed in one place, to
help keep track of them if nothing else.

doc: add configuration section to notmuch-new(1)

Increase discoverability.

doc: alphabetize options in notmuch-config(1)

Originally (I think) these were in the order generated by notmuch
setup. As the number of options grows, and several are not in the
initial setup generated file, the original order becomes less useful
for users. This commit alphabetizes the keys to help users
search. There is only one content change, an added cross-reference
from user.other_email to user.primary_email.

CLI/insert: escape envelope from

The idea is to do as little parsing and modification of the delivered
message as possible. Luckily the position of the "envelope header"
lets us escape it by replacing the first 5 characters of the stream
with a regular header name (with ':').

CLI/insert: split copy_fd

This helps maintainability and enables code-reuse of our home-brewed
buffered-write code.

This commit is mostly code movement.

test: add known broken test for insert with mbox as input

It seems reasonable that notmuch should try to avoid delivering
messages in formats it cannot index.

test: start new corpus of test messages for indexing code

This particular message is not recognized by notmuch as mail, but is
fine according to e.g. mutt. The trigger for this bad behaviour seems
to be a second "From " ocurring at the beginning of the line but
inside an attachment.

python-cffi: use config_pairs API in ConfigIterator

This returns all of the config keys with non-empty values, not just
those that happen to be stored in the database.

test: known broken test for list(db.config) in python-cffi bindings

As of notmuch 0.34.2 [1], the python-cffi bindings make available the
configuration from both a config file and the database when accessing
Database.config like a dictionary.  It is therefore confusing that the
iterator operations only work on the configuration information stored
in the database.

[1]: d7f95724132bf658fd151630185899737e2ed829

emacs: escape quote in notmuch-search-result-format docstring

Prevent Emacs' mangling of quotes, which breaks the code sample.

emacs: remove png logo

Reduce chance of downstream packagers packing the wrong file.